Bahçe Bitkilerinde Biyoteknoloji Moleküler Yöntemler ve Bahçe

Bahçe Bitkilerinde Biyoteknoloji
Moleküler Yöntemler ve Bahçe Bitkilerinde Uygulama Alanları
Konu: DNA markerlar kapsamında RFLP, AFLP, RAPD tekniği
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism=Restriksiyon Parça Uzunluk
Polimorfizmi) 1990’lı yıllarda geliştirilmiştir.
Teknik, DNA molekülünün bir restriksiyon enzimi ile kesimi, buna bağlı oluşan farklı
uzunluktaki DNA parçalarının incelenmesine dayalıdır.
RFLP aşamaları:
Aşamaları:
1. DNA İzolasyonu
2. DNA’nın restriksiyon enzimleri ile kesilmesi
3. Kesilen DNA’ların radyoaktifli problarla işaretlenmesi
4. Görüntülenmesi
Dezavantajları: İş gücü, radyoaktif işaretli probe kullanımı
PCR (Polimerase Chain Reaction=Polimeraz Zincir Reaksiyonu)’a dayalı teknikler
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA= Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA)
RAPD tekniği, 9-10 baz uzunluğundaki rastgele primerlerin kalıp (template) DNA’nın iki
iplikçiği üzerinde, birbirine karşıt iki farklı noktada tamamlayıcılarını (komplementerlerini)
bularak, bu ara bölgenin çoğaltılmasını (amplifikasyonunu) esas almaktadır.
Avantajları:
-Kolay uygulanabilir oluşu
-Ön sekans bilgisine ihtiyaç duyulmaması, rastgele primerler kullanıldığı için primer
geliştirme çalışmalarına gereksinim duyulmaması
-Yüksek polimorfizm göstermesi
Genom düzeyinde tarama olanağı sağlaması
Dezavantajları:
-Kısa primerler kullanıldığından güvenilirliği düşük
-Farklı laboratuvarlarda tekrarlanabilirliği düşük
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) (Çoğaltılmış Parça uzunluk
Polimorfizmi)
AFLP Vos vd. 1995 tarafından geliştirilmiştir. RFLP ve RAPD yöntemlerinin dezavantajlarını
gidermek amacıyla geliştirilmiştir.
• DNA’nın spesifik restriksiyon enzimleri ile (ECoR1/Mse I) kesimi
• Bu enzim sistemlerine uygun adaptörlerin kesim bölgelerine DNA ligaz enzimi ile
bağlanması
• Adaptörlere uygun primerler ile restriksiyon parçalarının PCR ile ön çoğaltımı (preamplifikasyonu)
• PCR ön çoğaltımının ardından özel oluşturulan ve değişik şekillerde işaretlenmiş primerlerle
DNA bölgelerinin çoğaltımının (selektif PCR amplifikasyonunun) sağlanması ve sonuçların
görüntülenmesi
Bahçe Bitkilerinde Kullanım Alanları
-Bitkilerin genom düzeyinde taranması
- Akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi
-Genetik haritaların oluşturulması
-QTL bölgelerinin tespiti
Avantajları:
-RAPD tekniğine göre daha güvenilir
-Genom düzeyinde tarama olanağı sağlar
Dezavantajı:
-Dominant bir marker yöntemidir
-Çok aşamalı bir tekniktir.