Biyoenformatik (SE 446) Ders Detayları

Biyoenformatik (SE 446) Ders Detayları
Ders Adı
Ders Dönemi Ders Uygulama Laboratuar Kredi AKTS
Kodu
Saati Saati
Saati
Biyoenformatik SE
446
Her
İkisi
3
0
Ön Koşul Ders(ler)i
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Teknik Seçmeli Dersler
Dersin Seviyesi
Lisans
Ders Verilme Şekli
Yüz Yüze
Dersin Öğrenme ve Anlatım
Öğretme Teknikleri
Dersin
Koordinatörü
Dersin
Öğretmen(ler)i
0
3
5
Dersin Asistanı
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, büyük miktardaki biyolojik
verilerin analizi için gereken hesaplamalı teknikler
ile ilgili bilgi ve becerilerin kazandırılmasıdır. Bu
derste bioenformatikteki hesaplamalı tekniklerin
uygulamaları tanıtılacaktır.
Dersin Eğitim
Çıktıları
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
Dersin İçeriği
DNA ve protein dizilerini hizalama. Filogenetik
ağaçları. Protein yapılarını kestirme. Motif bulma.
DNA mikroçip veri analizi. Gen/protein ağları.
• DNA ve protein dizilerini hizalama tekniklerini
uygulama
• Filogenetik ağaçları oluşturma
• Protein yapılarını kestirme tekniklerini uygulama
• Bioenformatikte kullanılan kümeleme yöntemleri
ile ilgili beceriler kazanma
• Gen/protein ağlarını analiz etme
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
Hafta Konular
Ön Hazırlık
1
Temel bilgiler
Bölüm 1,2,3 (ana kaynak)
2
Dizi hizalama ve analizi
Bölüm 4
3
İkişerli dizi hizalama ve veritabanı Bölüm 5
arama
4
İkişerli dizi hizalama ve veritabanı Bölüm 5
arama
5
Örüntüler, profiller ve çoklu dizi
hizalama
Bölüm 6
6
Örüntüler, profiller ve çoklu dizi
hizalama
Bölüm 6
7
Recovering Evolutionary History
Chapter 7
8
Filogenetik ağaç oluşturma
Bölüm 8
9
Diziden ikincil yapıyı elde etme
Bölüm 11
10
İkincil yapıyı kestirme
Bölüm 12
11
Protein yapılarını modelleme
Bölüm 13
12
Kümeleme yöntemleri ve istatistik Bölüm 16
13
Kümeleme yöntemleri ve istatistik Bölüm 16
14
Sistem biyolojisi
Bölüm 17
15
Dönem Sonu Sınav çalışmaları
Dönem için konuların tekrarı
16
Dönem Sonu Sınav çalışmaları
Dönem için konuların tekrarı
Kaynaklar
Ders Kitabı:
1. M. Zvelebil and J. O. Baum, Understanding
Bioinformatics, Garland Science, 2008
Diğer
Kaynaklar:
1. N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to
Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004
2. A. M. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford
University Press, 2002
3. D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome
analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001
4. T. Jiang, Y. Xu, and M. Zhang, eds. Current Topics in
Computational Molecular Biology, MIT press, 2002
Değerlendirme Sistemi
Çalışmalar
Devam/Katılım
Sayı
Katkı Payı
-
-
Laboratuar
-
-
Uygulama
-
-
Alan Çalışması
-
-
Derse Özgü Staj
-
-
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
-
-
Ödevler
3
30
Sunum
-
-
Projeler
-
-
Seminer
-
-
Ara Sınavlar/Ara Juri
2
40
Genel Sınav/Final Juri
1
30
Toplam
6
100
Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notu
Katkısı
70
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı
Notuna Katkısı
30
Toplam
100
Ders Kategorisi
Temel Meslek
Dersleri
Uzmanlık/Alan
Dersleri
X
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim
Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri
Dersleri
Dersin Öğrenim Çıktılarının Program Yeterlilikleri ile İlişkisi
# Program Yeterlilikleri / Çıktıları
Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 Matematik, fen bilimleri ve hesaplama alanlarındaki
bilgi birikimini yazılım mühendisliği problemlerinin
çözümüne uygulama becerisi.
X
2 Alana özgü sorunları analiz etme ve modelleme,
çözümleri için uygun yazılım gereksinimlerini belirleme
ve tanımlama becerisi.
X
3 Belirlenen gereksinimleri karşılayacak bir yazılım
sistemini, sistem parçasını, işlemi veya programı
tasarlama, geliştirme ve değerlendirme becerisi.
4 Yazılım mühendislik uygulamaları için modern teknik ve
mühendislik araçlarını kullanma becerisi.
5 Yazılım ihtiyaçlarını anlamak için veri toplama, analiz
etme ve yorumlama becerisi.
6 Disiplin içi ve disiplinler arası takımlarda veya bireysel
olarak etkin biçimde çalışabilmek için gerekli
organizasyonel ve iş yeteneklerini ortaya koyabilme
becerisi.
X
7 Türkçe ve İngilizce dillerinde etkin iletişim kurabilme
becerisi.
X
8 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci ve bilgiye
erişebilme, bilim ve teknolojideki son gelişmeleri takip
edebilme ve kendini sürekli yenileme becerisi.
9 Mesleki, hukuksal, etik ve sosyal sorunlar hakkında
farkındalık ve sorumluluk bilinci.
X
X
10 Proje ve risk yönetim becerisi; girişimciliğin, yenilikçilik
ve sürdürülebilir kalkınmanın önemi hakkında
farkındalık; uluslararası standartların ve yöntemlerin
bilinmesi.
X
11 Yazılım mühendisliği uygulamalarının evrensel, sosyal
ve hukuksal sonuçları konusunda farkındalık.
X
12 Yazılım alternatiflerini irdeleyerek bilgisayar tabanlı
sistemlerin modellenmesi ve tasarımında, algoritma
prensiplerini, matematiksel temelleri ve bilgisayar
bilimleri teorisini uygulama becerisi.
13 Yazılım sistemlerinin analiz, tasarım, uygulama,
doğrulama, geçerleme ve bakım süreçlerini
uygulayarak geliştirilmesinde mühendislik
yaklaşımlarını uygulama becerisi.
ECTS/İş Yükü Tablosu
Aktiviteler
Ders saati (Sınav haftası
dahildir: 16 x toplam ders
saati)
Laboratuar
Uygulama
Derse Özgü Staj
Sayı
Süresi (Saat) Toplam İş
Yükü
16
3
48
Alan Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışma
Süresi
16
3
48
3
6
18
Ara Sınavlara/Ara Juriye
Hazırlanma Süresi
2
10
20
Genel Sınava/Genel Juriye
Hazırlanma Süresi
1
15
15
Sunum/Seminer Hazırlama
Projeler
Ödevler
Küçük Sınavlar/Stüdyo
Kritiği
Toplam İş Yükü
149