Microsoft PowerPoint - Molek\374ler Genetik_Hafta

03.10.2007
GENETĐK
111-503
HAFTA III
Bağlantı, Asosiyasyon,
Haritalama
Doç. Dr. Hilâl Özdağ
T.H. Morgan ve A.H. Sturtevant
1911
Morgan’ın soruları:
1. Gen ayrılmasının kaynağı nedir?
• Janssens ve ark: kiyazma
2. Görünüşteki ayrılmanın frekansı, niçin çalışılan genlere bağlı olarak
değişti?
• Bir kromozom boyunca birbirine nispeten yakın olan iki genin kendi
aralarında kiyazma oluşturması, kromozomda birbirleri arasında daha
uzak mesafede bulunan genlerinkine oranla daha azdır.
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
1
03.10.2007
Rekombinasyon
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Bağımlı düzenlenme
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
2
03.10.2007
Değiş tokuş
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Tam bağlantı/Bağımsız düzenlenme
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
3
03.10.2007
Değiş Tokuşun Etkisi
Bağlantılı iki gen arasındaki uzaklık çok fazla olduğunda rekombinant gametlerin sayısı
%50’ye ulaşır ama bu oranı geçmez. Eğer %50 oranında rekombinant oluşmuşsa dört tipi
(ikisi atasal, ikisi rekombinant gamet) 1:1:1:1 oranı ile sonuçlanır. Böyle bir durumda
bağlantılı iki genin aktarımı birbiriyle bağlantılı olmayan birbirinden bağımsız olarak açılım
gösteren genlerin aktarımından ayırt edilemeyecektir.
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Rekombinant/Non Rekombinant
4
03.10.2007
Cis/Trans
Cis Rekombinant olmayan gametler ya iki yabanıl tip ya da iki mutant tip alleli alır.
Trans Rekombinant olmayan gametler mutant allellerden birini veya diğerini alır.
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Rekombinasyon
Rekombinasyon
allellerin
yeni
kombinasyonlarla
düzenlenmesi
durumudur. Bağımsız düzenlenme ile oluşmuş kromozomlar arası
(interkromozomal) rekombinasyon farklı kromozomlar üzerindeki
allellerin dağılmasıdır. Değiş tokuş ile oluşmuş kromozom içi
(intrakromozomal) rekombinasyon ise aynı kromozom üzerindeki
allellerin yeni kombinasyonlar oluşturmasıdır.
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
5
03.10.2007
Rekombinasyon Sıklığı
Rekombinant sıklığı=
(rekombinant döl
sayısı/toplam döl
sayısı)x%100
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Genetik Harita
Genetik harita genlerin bir kromozom üzerindeki sırasını ve rekombinasyon
sıklığına göre aralarındaki yaklaşık uzaklığı verir. Genetik haritalarda
%1’lik rekombinasyon 1 harita birimine yani 1 sentimorgana eşittir. Đki
gen arasındaki çift değiş tokuş saptanamaz bu nedenle uzak genler
arasındaki genetik uzaklık çok güvenilir olarak olarak hesaplanamaz.
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
6
03.10.2007
Değiş Tokuş Tipleri
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Üç Nokta Test Çaprazı
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
7
03.10.2007
Rekombinasyon Sıklığı-Genlerin
Yerleşim Sırası
Đki nokta test çaprazında rekombinasyon sıklıkları
M ve N %22
M ve O %6
N ve O %16
N ve P %50
O ve P %50
M ve P %50
M, N, O ve P’nin sırası ve aralarındaki genetik
uzaklık nedir?
6
M
16
O
N
Bağımsız
düzenlenme
%50
rekombinasyon sıklığı ile (bağlantısız)
sonuçlanır.
Üçlü Test Çaprazında Haritalama
st – ss distance
st – e distance
ss – e distance
50 + 52+ 5 + 3
755
50 + 52 + 43 + 41
755
5 + 3 + 43+ 41
755
14,56
st
X 100 = 14.56
X 100 = 24.63
X 100 = 12.18 m.u.
12,18
ss
e
24,63
st, e ve ss’ye göre
ss, e ve st’ye göre
e, st ve ss’ye göre
Çift değiş tokuşlar için düzeltme
50 + 52 + 43 + 41 + 5 + 3 + 5 + 3X 100 = 26.75
755
8
03.10.2007
Doğru Sıranın Belirlenmesi
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Üç Nokta Haritalama
•
Dikkate alınan tüm lokuslar bakımından birey heterozigot
olmalıdır. Eğer herhangi bir lokusta homozigotluk olursa, ortaya
çıkacak olan bütün gametler aynı alleli içerecekler ve dolayısıyla
haritalama analizi engellenecektir.
•
Çaprazlama deneyi bütün gametlerin genotipinin ortaya çıkan
yavru bireylerin fenotiplerini gözlemlemek yoluyla doğru olarak
saptanabileceği tarzda planlanmalıdır. Aksi takdirde gametler ve
onların genotipleri asla doğrudan doğruya gözlenemez.
•
Haritalama deneylerinde bütün değiş tokuş sınıflarının temsili bir
örneğini bulmak için yeterli sayıda yavru bireyin oluşturulması
gerekir.
9
03.10.2007
• http://www.sumanasinc.com/webcontent
/anisamples/biology/biology.html
• http://www.wellscenter.iupui.edu/MMIA
/cytogenetics/01_cytogeneticsbeg.swf
ĐNSAN GENOMUNDA
HARITALAMA
10
03.10.2007
Somatik Hücre Hibridizasyonu
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Somatik Hücre Hibridizasyonu
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
11
03.10.2007
In Situ Hibridizasyon
http://www.wellscenter.iupui.edu/MMIA/cytogenetics/01_cytogeneticsbeg.swf
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
DNA Dizileme
12
03.10.2007
Pozisyonel Klonlama
Pierce B., Genetics: A conceptual Approach,
Genetik Belirteçler
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
VNTR (Variable Number of Tandem Repeat)
Microsatellite Polymorphism
SNP (Single Nucleotide Polymorphism)_ 10.000.000
STR (Short Tandem Repeat)_ 10.000
http://www.le.ac.uk/ge/maj4/SNP_STR.jpg
http://www.biology.arizona.edu/human_bio/activities/blackett2/gifs/blackett.gif
http://www.testadn.ch/images/profil.jpg
13
03.10.2007
Bağlantı Analizi
http://www.mdc-berlin.de/thierfelder/bilder/project4_g.jpg
http://www.accessexcellence.org/AE/AEPC/NIH/images/linkage-analysis.gif
Bağlantı analizi
Hastalık patogenezinin
verdiği ipuçları
“ÖNCE”
Pozisyonel
Klonlama
Pozisyonel
aday
Biyolojik
Aday
SĐMDĐ
Bağlantı analizi
Biyolojik adaylık
Değerlendirilmesi ve lokus
verisinin bütünleştirilmesi
Đfade profillerinin genom
Ebadında analizi, proteombilim,
metabolombilim
http://genomebiology.com/content/figures/gb-2003-4-10-119-1.jpg
14