PH–070 Kuşlarda Moleküler Yöntemlerle Eşey

PH–070
Kuşlarda Moleküler Yöntemlerle Eşey Belirlenmesi’nde Kullanılan
Üç Primer Sisteminin Sonuçlarının Kıyaslanması
Emel Kunduz, Çiğdem Akın, C.Can Bilgin
Orta Doğu Teknik Üniversitesi Biyolojik Bilimler Bölümü, Çankaya, Ankara, ekunduz@metu.edu.tr
Amaç: Kuşlarda eşey tayininde kullanılan 3 farklı primer çiftinin ayrım gücünün, düşük miktarda
ya da degrade olmuş DNA’da başarılarının ve maliyetlerinin kıyaslanması, mevcut listeye yeni
türler ekleyerek DNA bazlı eşey tayini veritabanını genişletmek.
Gereçler ve Yöntemler: Farklı hayvanat bahçelerinden ve/veya arazi çalışmalarından toplam 12
takım 30 familyaya ait 70 türden alınan 200 kan veya tüy örneğinden DNA izole edilerek eşey tayini
yapılmıştır. CHD geni (kromo-helikaz DNA bağlayıcı protein), hem W kromozomu (CHD-W) hem
de Z kromozomu (CHD-Z) üzerinde bulunur. Bu nedenle, özel primer çifti kullanılarak PCR ile
çoğaltılmakta ve içerdiği intronik bölgelerden dolayı büyüklükleri farklı PCR ürünleri verdiğinden
eşey tayininde kullanılabilmektedir. CHD geninin bir parçası, P2/P8 (Griffiths et al. 1998),
2550F/2718R (Fridolfsson and Ellegren 1999); ve CHD1F/CHD1R (Lee et al. 2010) olmak üzere
3 farklı primer çifti kullanılarak çoğaltılmıştır.
Bulgular: CHD1F/CHD1R primer çiftinin PCR ürünleri, agaroz jelde erkeklerde tek, dişilerde
çift bant vermiştir, fakat 2550F/2718R ve P2/P8 primerlerinin PCR ürünleri bazı bireylerde hem
dişilerde hem de erkeklerde sadece tek bant vermiştir. Bu sorunu çözmek için son iki primer çiftinin
PCR ürünleri flüoresanlı boyalarla etiketlenmiş ve ABI 3100 DNA analizör (Applied Biosystems)
kullanarak kapiler jelde yürütülmüştür. Böylelikle P2/P8 primer sisteminde erkek ve dişi bireyler
ayırt edilebilir elektroferogramlar vermiş ancak 2550F/2718R primer sisteminde Passeriformes
takımından birçok bireyde ayırt edilebilir elektroferogramlar yine elde edilememiştir. CHD1F/
CHD1R, 2550F/2718R ve P2/P8 primerlerinin fragman boyutları sırasıyla, 320-550 bp, 430-650 bp,
ve 320-390 bp olarak belirlenmiştir. CHD1F/CHD1R ve 2550F/2718R primer setleri kullanılarak
elde edilen amplifikasyonlarda, Z fragmanının boyutu W fragmanından daha geniştir, fakat P2/P8
primer setinde tersi durum söz konusudur.
Sonuçve Tartışma: DNA ile eşey tayini yöntemi diğer yöntemlere kıyasla daha güvenilir, daha
az maliyetli ve hayvan refahı açısından daha uygun bir yöntemdir. Bulgulara göre, moleküler eşey
tayini için CHD1F/CHD1R primer seti en verimli ve en az maliyetli primer çifti bulunmuştur. Bu
primer çifti ile kapiler elektroforezde fragman analizine gerek kalmadan PCR ürünleri agaroz jel
üzerinde kolayca ayrılmış ve eşey tayini gerçekleşmiştir.
Anahtar Kelimeler: Kuş, moleküler eşey tayini, CHD geni, CHD1F/CHD1R, 2550F/2718R, ve
P2/P8.
1380
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr