istanbul medipol üniversitesi hesaplamalı biyolojiye giriş ders çıktı

İSTANBUL MEDİPOL ÜNİVERSİTESİ
HESAPLAMALI BİYOLOJİYE GİRİŞ DERS ÇIKTI TABLOSU
Dersin Kodu ve Adı
BMYL113921, BMBD113921, ELEY113921, ELED113921
Ders Saati
3-0-3 / Salı 17:30-19:20
Bölüm/Program
Biyomedikal Mühendisliği ve Biyoenformatik Tezli Yüksek Lisans Programı, Biyomedikal Mühendisliği ve
Biyoenformatik Doktora Programı, Elektrik-Elektronik ve Siber Sistemler Tezli Yüksek Lisans Programı, ElektrikElektronik ve Siber Sistemler Doktora Programı
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersi Verenler
Yrd. Doç. Dr. Emre Karakoç
Dersle İlgili Görüşme
Saatleri
Pazartesi 16:30-17:30
Dersin Amacı
Biyoloji alanındaki hesapsal problemleri çözmek için kullanılan temel metotların açıklanması. Bu ders dizi eşlemesi
algoritmaları, dinamik programlama, indeks, son-ek ağaçlarını kapsayacak, ayrıca genetik ve fiziksel eşleme, genom
dizileme, birleştirme ve açıklama, RNA ikincil yapı gibi problemlere hesapsal yaklaşımlara yoğunlaşacaktır.
Öğrenme Çıktıları ve
Alt Beceriler
1) Bu dersin sonunda öğrenci biyoloji alanındaki hesapsal problemleri çözmek için gerekli temel metotları ve
algoritmaları açıklayabilecek ve tartışabilecektir.
2) Bu dersin sonunda öğrenci gerçek hayatta karşılaşacağı biyoloji tabanları problemleri hesapsal yapılar ile formüle
edebilecek ve bu problemleri doğru metotlar ile çözebilecektir.
3) Bu dersin sonunda öğrenci dizi eşleştirme metotlarını değerlendirebilecektir ve bu metotları daha zorlayıcı yeni
nesil dizileme verilerine uygulayabilecektir.
4) Bu dersin sonunda öğrenci kombinatorik ve makine öğrenmesi metotlarını formüle edebilecektir.
5) Bu dersin sonunda öğrenci bilgisayar bilimlerini ve biyoloji alanlarını birleştirebilecek ve disiplinler arası
çalışmalar tasarlayabilecektir.
Genel Yeterlilikler
Üretken, Yaratıcı, Sorgulayan, Eleştirel düşünen, Takım halinde çalışan, Bir yabancı dili etkili kullanan
Ders Akışı
Haftalara Göre
İşlenecek Konular
Hafta 1) Moleküler biyoloji kavramlarına ve hesapsal biyoloji alanındaki algoritma problemlerine kısa bir giriş.
Hafta 2) DNA eşleşmesi, örge araması ve hatasız dizi eşleşme metotları.
Hafta 3) Rabin-Karp algoritması, sınırlı makine, örüntü eşleme ve son-ek ağaçları
Hafta 4) Dinamik programlanın adımları, Manhattan turist problemi, tam olmayan dizi eşlemeye giriş.
Hafta 5) Yerel ve genel dizi eşleme metotları.
Hafta 6) Çoklu dizi eşleme metotları.
Hafta 7) Çizge teorisi: Genler ve proteinleri analizi.
Hafta 8) Filogenetik ağaç oluşumu.
Hafta 9) Kümeleme algoritmaları.
Hafta 10) RNA katlanması.
Hafta 11) Gizli Markov Modelleri.
Hafta 12) Yeni Nesil Dizileme – DNA
Hafta 13) Yeni Nesil Dizileme – RNA
Hafta 14) Yeni Nesil Dizileme – Yapısal Değişiklikler ve Kopya sayısı değişimi
Öğretim ve
Teknikleri
Anlatım, Takım çalışması, Gösterme, Uygulama/Alıştırma, Problem çözme, Rapor hazırlama/sunma, Proje
Tasarımı/Yönetimi, Beyin fırtınası
Dersin Koşulları
Yazılı sınav, Sözlü sınav, Ödev, Proje/Tasarım, Rapor, Sunum
Ders Notu Derslerde dağıtılacak olan sunum ve notlar.
An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)
Kaynaklar Önerilen First Edition
Kaynaklar Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner
ISBN: 978-0262101066
MIT Press