Ders 2 Veri Tabanları_5

BİYOLOJİK VERİTABANLARINA GİRİŞ
BİYOLOJİK VERİTABANLARINA GİRİŞ

Veritabanı Nedir?

Veritabanlarının Çeşitleri.

Biyolojik Veritabanları.

Biyolojik Veritabanlarında Tuzaklar.

Biyolojik Veritabanlarına Gelen Bilgileri Alma.
BİYOLOJİK VERİTABANLARI
Veritabanlarında, özellikle biyolojik veritabanlarında
genomik çalışmalar ve modern biyolojik araştırma
esastır.
Biyolojik veritabanlarının amacı iki yönlüdür:

Bilgi Alma

Bilgi Keşfi
Database Nedir?
Bir veritabanı, depolamak için kullanılan bir bilgisayar
arşivi ve bu bilgi arama çeşitli kriterlere kolayca
ulaşılabilir şekilde verilerin düzenlenmesi şeklinde
açıklanabilir.


Tüm veritabanlarının temel amacı VERİ ERİŞİM ini
sağlamaktır.
Biyolojik veri tabanları genellikle daha yüksek bir
seviyeye sahip gereklilik, bilgi, ilk girildiğinde bilinen
değilde bilgi parçaları arasındaki bağlantıların
tanımlanması anlamına gelir BİLGİ KEŞFİ, olarak da
bilinir.
VERİTABANI ÇEŞİTLERİ

Elektronik veri tabanları olarak da ima edilebilir

Düz dosyalar

İlişkisel

Nesneye Yönelik

Biyolojik Veritabanları
Biyolojik veritabanları her üç tipi kapsayacak.
İçeriklerine göre, biyolojik veri tabanları ayrılır.

Birincil

İkincil

Uzmanlık Veritabanları
Birincil Veritabanları

Sadece dizi veya yapı bilgilerini arşivleme
İkincil Veritabanları

İkincil veri tabanları dizileri ya da yapılar
hakkında daha fazla analizini içerir.
Uzmanlık Veritabanları


İhtisas veritabanları, belirli bir araştırma ilgi
hitap.
Tek bir veritabanında girdiler olabilir, böylece
başka bir veritabanında ilgili girdileri çapraz
bağlanmış olabilir böylece BİYOLOJİK
VERİTABANLARI birbirine gerekir.
Biyolojik Veritabanı





İhtisas veritabanları, belirli bir organizma üzerinde belirli bir
araştırma topluluk veya odak hizmet vermektedir.
Onların benzersiz örgütleri ve dizileri ile ilgili ek
açıklamaları olabilir.
Birçok genom veritabanlarında bu kategori içinde
taksonomik spesifik düşme vardır.
Flybase, WormBase, AceDB, TAIR
Gen Bank EST veri tabanı, Avrupa Biyoinformatik
Enstitüsü (EBI), Mikroarray Gen Expression Veritabanı gibi
gen ifadesi veritabanlarının bazıları kullanılabilir.
BİYOLOJİK VERİTABANLARI ARASINDAKİ
ARABAĞLANTI

Biyolojik toplumunda, ikincil ve uzman
veritabanları birincil veritabanlarına bağlanmak
için ve yükleme sırası bilgilerini tutmak için sık
sık böyle arabağlantılara ihtiyaç vardır.
Genel Veribankaları

Nükleotid Dizileri
- EMBL/GenBank/DDBJ.

Protein Dizileri
- Kodlama bölgelerinin Basit Çevirileri...
- GenPept.
- TrEMBL.
- Özgü veriler içeren sistemler:
- SWISS-PROT.
- PIR.