sağlık bilimleri enstitüsü tıbbi biyoloji ve genetik anabilim dalı

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
PROGRAMLAR VE DERS İÇERİKLERİ
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Doktora
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
ÖĞRETİM ÜYELERİ
Prof.Dr. Neşe ATABEY
nese.atabey@deu.edu.tr
Prof. Dr. Sultan CİNGÖZ
sultan.cingoz@deu.edu.tr
Doç. Dr. Oğuz ALTUNGÖZ
oguz.altungoz@deu.edu.tr
Prof. Dr. Hakkı Ogün SERCAN
ogun.sercan@deu.edu.tr
Prof. Dr. Ş. Esra ERDAL
esra.erdal@deu.edu.tr
Doç. Dr. Sefa KIZILDAĞ
sefa.kizildag@deu.edu.tr
Doç. Dr. Zeynep SERCAN
zeynep.sercan@deu.edu.tr
Yard. Doç. Dr. Çiğdem ERESEN
cigdem.eresen@deu.edu.tr
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK YÜKSEK LİSANS PROGRAMI (TBG-YL)
2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI
I.YARIYIL ZORUNLU DERSLER
TBG 5009 Genetik
TBG 5033 Hücreye Giriş
TBG 5037 Genetik Laboratuvarında Biyogüvenlik
TBG 5039 Temel Moleküler Biyolojik Yöntemler I
TBG 5098 Uzmanlık Alanı
I. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER
TBG 5027 Bakteri Moleküler Yapısı ve Genetiği
TBG 5035 Hücre Kültürü
TBG 5041 Özel Araştırma I
BİO 5021 Temel Kimya
HİS 5021 Genel İnsan Embriyolojisine Giriş
HİS 5023 Genel Histolojiye Giriş
SBE 5005 Deney Hayvanları ve Uygulama Yöntem.
SBE 5035 Sağlık Bilimlerinde Etik I
BİO 5019 Temel Laborat. İlkeleri ve Yöntemleri I
ERS 5005 Introduction to Cell
II. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
TBG 5030 Moleküler Genetik
TBG 5038 Sitogenetik
TBG 5096 Seminer
TBG 5098 Uzmanlık Alanı
II. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER
KUR
NOT 3
NOT 4
3
3
1
3
2
0
0
2
2
0
UYG
3
3
2
4
KREDİ
6
6
2
8
2
AKTS
2
2
0
2
2
2
1
2
3
3
2
2
4
0
0
2
4
2
2
0
UYG
3
3
2
2
2
3
3
3
4
3
KREDİ
6
6
2
5
6
8
6
6
10
6
AKTS
3
2
0
2
0
4
2
0
UYG
3
4
KREDİ
6
12
2
2
AKTS
2
3
2
3
2
3
2
1
3
0
0
4
0
2
2
2
0
0
UYG
2
3
4
3
3
4
3
1
3
KREDİ
4
6
10
3
4
8
9
2
6
AKTS
-
UYG
KREDİ
30
AKTS
-
-
-
30
KUR
TBG 5099 Tez Çalışması
IV. ARIYIL ZORUNLU DERSLER
NOT2
AKTS
KUR
KUR
NOT 1
KREDİ
KUR
TBG 5032 Kanserin Moleküler Temelleri
TBG 5034 Moleküler Biyolojide Özel Konular
TBG 5036 Temel Moleküler Biyolojik Yönt. II
MİK 5010 Temel İmmunoloji
MİK 5018 Temel Viroloji
SBE 5006 Sağlıkta Araştırma Tekn. ve Analiz Yönt.
BİO 5024 Temel Laborat.İlkeleri ve Yöntemleri II
SBE 5040 Laboratuvar Uygulamalarında Güvenlik İlkeleri
SBE 5044Deneysel Araştır.Plan.,Yürüt.ve Değerlen.
III. YARIYIL ZORUNLU DERSLER
TBG 5099 Tez Çalışması
UYG
KUR
Öğrenciler her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tezin Toplam AKTS’si 60, Toplam AKTS 120’dir.
TBG 5036 Temel Moleküler Biyolojik Yöntemler II dersinin alınması için TBG 5030 Moleküler Genetik
ve TBG 5039 Temel Moleküler Biyolojik Yönt.I derslerinin alınıp başarılmış olması gerekmektedir.
Öğrenciler, seçmeli derslere ek olarak danışman onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların
programlarından ders seçebilirler.
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK DOKTORA PROGRAMI (TBG-DR)
2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI
1. GRUP DERSLERİ
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
SBE 6027 Bilim Tarihi ve Felsefe
SBE 6047 Deneysel Araşt. Verilerinin Kaydı ve Sunumu
SBE 6048 Bir Araştırmayı Yayına Dönüştürme Süreci
SBE 6051 Deneysel Araşt. Projelerinin Hazırlan. Değer.
SBE 6052 Biyomedikal İşletmeciliği
SBE 6053 Toplumsal Cinsiyet Eşitsizliği ve Kadına Yön. Aile
İçi Şiddet
SBE 6054 Sağlık Alan. Bilgiye Ulaşma ve Kanıta Day. Tıp
SBE 6056 Sağlık Bilimlerinde Etik II
SBE 6057Bilgisayar Uygulamalı İstatistik
SBE 6058 Bilimde Yaratıcılık, Buluşçuluk ve Girişimcilik
SBE 6060 Sağlık Araştırma Tek. ve İleri Analiz Yöntemleri
2. ve 3. GRUP DERSLERİ
TBG 6078 Ökaryot Hücre Membran Sistemleri
TBG 6079 Hücre Sinyal İletimi ve Hastalıklardaki Rolü
TBG 6080 Hücre Yaşam Döngüsü ve Ölümü
TBG 6081 Prokaryot ve Ökaryotlarda Gen Ekspresyonu
Regülasyonu
TBG 6082 Hastalıkların Genetik Mekanizmaları
TBG 6083 Kanser Biyolojisi ve Genetiği
TBG 6084 Tıbbi Genetik 7
TBG 6085 Hücresel ve Moleküler Mekanizmaların
Hastalıklarla İlişkisi
TBG 6086 Moleküler Biyoloji ve Hücre Biyolojisi Yöntemleri I
TBG 6087 Klinik Sitogenetik
TBG 6088 Gelişim Biyolojisi
TBG 6089 Kök Hücre ve Rejeneratif Tıpta Kullanımları
TBG 6090 Epigenetik
TBG 6098 Uzmanlık Alanı
TBG 6199 Tez Çalışması
4. GRUP DERSLERİ
TBG 6061 Hücre Kültürü
TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi
TBG 6092 Metastaz Biyolojisi
TBG 6093 Genomik ve Fonksiyonel Genomik
TBG 6094 Molkeüler Biyoloji ve Hücre Biyolojisi Yöntemleri II
BİO 6056 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları
MOT 6018 Moleküler Patoloji
15
15
15
30
30
15
0
0
0
0
0
30
1
1
1
2
2
1
0
0
0
0
0
2
1
1
1
2
2
2
1
1
1
2
2
2
3
2
1
5
3
3
15
0
1
0
1
1
3
15
0
1
0
1
1
4
15
30
1
2
2 1Yarıyıl
5
15
0
1
0
1
1
3
45
0
3
0
3 1Yarıyıl
4
TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS
15
30
15
15
0
0
0
0
1
2
1
1
0
0
0
0
1
2
1
1
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
5
10
5
5
30
45
15
45
0
0
0
0
2
3
1
3
0
0
0
0
2
3
1
3
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
7
15
5
15
30
30
2
2
3
30
60
2
4
4
30
0
2
0
2
30
0
2
0
2
30
0
2
0
2
45
0
3
0
TKS TUS HKS HUS TK
30
60
15
15
30
30
30
60
0
0
0
30
30
30
2
4
1
1
2
2
2
4
0
0
0
2
2
2
4
4
1
1
3
3
3
1Yarıyıl
10
1Yarıyıl
8
1Yarıyıl
10
1Yarıyıl
10
1Yarıyıl
10
12
120
HAFTA AKTS
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
1Yarıyıl
3
3
15
12
5
5
10
15
9
NOT 1
Öğrenci her dönem 30 AKTS almalıdır. Doktora eğitimi süresince toplam 90 AKTS (üç yarıyıl ) ağırlıklı
olarak ders ve 150 AKTS tez çalışması olmak üzere toplam 240 AKTS kredisini tamamlamalıdır
NOT 2
NOT 3
NOT 4
NOT 5
NOT 6
Ders alma süresi içinde 1.grup derslerden en az 4 kredi alınması gerekmektedir.
Öğrencinin, doktora eğitimi süresince bilimsel etkinliklerden aldığı 15 puan, 1 kredi olarak seçmeli ders kredisine
sayılır.
Öğrenci “Yoğunlaştırılmış Ortak Seçimlik Dersler” den kredili veya seçmeli olarak alabilir.
Öğrenciler, derslerine ek olarak danışmanının onayı ile, Enstitünün ya da başka akademik kurumların
programlarından ders seçebilirler.
TBG 6069 Nükleik Asit İnceleme Yöntemleri dersinin alınması için, TBG 5039 Temel Moleküler Biyolojik
Yöntemler I ve TBG 5030 Moleküler Genetik derslerinin alınıp, başarılmış olması gerekmektedir.
NOT 7
NOT 8
NOT 9
TBG 6070 Kanser Biyolojisi dersinin alınması için, Hücresel Haberleşme ve Hücre Dışı Matris ve Hücre Yaşam
Döngüsü ve Ölümü derslerinin alınıp, başarılmış olması gerekmektedir.
Tıbbi Genetik dersinin alınması için TBG 5009 Genetik ve TBG 5022 Sitogenetik derslerinin alınıp, başarılmış olması
gerekmektedir.
Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir.
TKS: Toplam Kuramsal Saat, TUS: Toplam Uygulama Saati, HKS: Haftalık Kuramsal Saat, HUS: Haftalık
Uygulama Saati, TK: Toplam Kredi
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
TIBBİ BİYOLOJİ GENETİK YÜKSEK LİSANS PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
TBG 5009 GENETİK (3–0–3) 6 AKTS
Hücre bölünmesi ve kromozomlar, mitoz ve hücre bölünmesi, mayoz ve eşeyli üreme, Mendel genetiği I,
Mendel’in deneysel yaklaşımı, monohibrit çaprazlama, Mendel’in postülatları, dihibrit çaprazlama, test
çaprazlaması, Pedigree analizi, genetik problemlerin çözüm yaklaşımları, olasılık kuramı ve genetik olaylar,
çarpım ve toplam yasaları, şartlı olasılık, binomial teorem, Mendel genetiği II (Mendel oranlarında
modifikasyonlar), Allel kavramı, kısmi baskınlık, eşbaskınlık, çoklu alleller, letal alleller, gen etkileşimi:
süreksiz varyasyon, epistaz, gen etkileşimi: sürekli varyasyon, kantatif kalıtım, linkaj, ”Crossing Over” ve
kromozom haritalama, linkaj ve bağımsız birleşme karşıtlığı, linkaj oranları, kromozom (genetik) haritalama,
Morgan ve “Crossing Over”, Sturtevant ve haritalama, d.melanogaster’de üç nokta haritalaması, gen dizilimimin
saptanması, interferans ve eşoluşluk katsayısı, “Crossing Over”in sitolojik kanıtları, somatik hücre
hibridizasyonu ve insan kromozom haritalaması, genetik problemlerinin çözüm yaklaşımı, kromozomal
varyasyon ve cinsiyet determinasyonu, kromozom sayısı değişiklikleri, Klinfelter ve Turner sendromları,
47,XXX sendromu, 47,XYY, insanda cinsiyet farklılaşması, “Y” kromozom ve erkeklik gelişimi, insanda dozaj
kompansasyonu, “X” inaktivasyonu ve mekanizması, Lyon hipotezi, aniuploiy, kısmi monosomi (klinik
örnekleriyle), Down sendromu, Pateu sendromu, Erwards sendromu, Kromozomlarda yapısal değişiklikler ve
mekanizmaları, kalıtım genetiğinde ileri konular, fenotipik ekspresyon, penetrans ve ekspressivite, genetik
antisipasyon, genomik impintlenme, haploid organizmaların linkaj ve genetik haritalamada kullanımı, kalıtımın
moleküler temeli, genetik materyalin karakteristikleri, DNA’nın genetik materyal olduğunu kanıtlayan
çalışmalar, nükleik asit kimyası, DNA yapısı ve topolojisi, DNA replikasyonu, prokaryotlarda yarı korunumlu
replikasyon (Meselson-Stahl deneyi), ökaryotlarda yarı korunumlu replikasyon (Taylor, Woods, Hughes deneyi),
mikroorganizmalarda DNA sentezi, replikasyon enzimleri, ökaryotik DNA sentezi, mutasyon, gametik ve
somatik mutasyon kavramları, mutasyonların saptanması, mutasyonların sınıflandırılması, mutajenler ve
mutajenisite, transpozanlar, DNA’nın klonlanması ve manipülasyonu, rekombinant DNA teknolojisi,
restriksiyon enzimleri ve vektörler, DNA kütüphanesi oluşturulması, klonlanmış dizilerin analizinde kullanılan
yöntemler, rekombinant DNA teknolojisinin biyomedikal alanda kullanımı, rekombinant DNA genetik analiz,
insan genemu projesi, RFLP belirteçleri ve linkaj, insan genetik hastalıklarının haritalanması ve klonlanması,
insan hastalıklarının moleküler tanısı, gen tedavisi, DNA fingerprinting.
TBG 5027 BAKTERİ MOLEKÜLER YAPISI VE GENETİĞİ (2–2–3) 6 AKTS
Bakteri hücre yapısı, bakteri genom özellikleri, bakterilerde DNA replikasyonu, transkripsiyon, protein sentezi,
transkripsiyon’un kontrolü, mutasyonlar, bakteri plazmidleri, bakterilerde konjugasyon, bakteriofajlar, lizojeni
ve transdüksiyon, genetik rekombinasyon, bakteri gen haritalaması, mutajenite testleri.
TBG 5030 MOLEKÜLER GENETİK (3–0–3) 6 AKTS
Genetik bilginin saklanması ve ifade edilmesi, genetik kod kavramına giriş, genetik kodun çözümlenmesi, kod
gevşekliği ve wobble, inisiyasyon, terminasyon ve supresyon, genetik kodun evrenselliği.
Transkripsiyon: RNA sentezi, MRNA’nın varlığını gösteren deneysel kanıtlar, RNA polimeraz, sigma alt-birimi,
promotörler ve kalıp DNA’ya bağlanma, RNA sentezi, ökaryotlarda transkripsiyon.
Translasyon, ribozomal yapı, TRNA yapısı, TRNA’ya amino asit yüklenmesi, inisiyasyon, elongasyon ve
terminasyon, poliribozomlar ökaryotik translasyona giriş.
Genlerin son ürünü olarak proteinler, kalıtsal metobolik hastalıklar – phenklketonuria ve diğerleri, bir gen – bir
enzim hipotezi, biyokimyasal yolların gen ve enzimlerle analizi, bir gen- bir polipeptid (hemoglobinopati: orak
hücreli anemi, talasemi, vb.).
Proteinlerin yapı ve fonksiyonları, protein yapısı ve mutasyon, Ehlers – Danlos sendromu, osteogenesis
imperfecta, Marfan sendromu, duchen muscular dystrophy ve diğerleri. Posttranslasyonel modifikasyon ve
protein hedeflenmesi
Bakteri ve bakteriofajlarda genetik regülasyon, bakteriyal mutasyon, üreme ve üreme egrisi, prokaryotlarda
genetik regülasyona giriş, E.coli’de laktoz metabolizması: uyarılabilir gen sistemi yapısal genler, yapısal genler,
regülatör mutasyonların bulunması, operon modeli : negatif kontrol, operon modelinin genetik kanıtı, represör,
pozitif ve negatif kontrol: ara regülatör proteini, E.coli’de triptofan metabolizması: baskılanabilir gene sistemi
trp operonuna dair kanıtlar, attenuator, lamda fajının genetik regülasyonu: lizojeni ve lizis, lizis sırasında faj
transkripsiyonu.
Ökaryotik gen regülasyonu, transkripsiyonun regülasyonu, ökaryotik promotörler, promotör bölgelere bağlanan
transkripsiyon faktörleri, ökaryotlarda “enhancer” bölgeler, “enhancer”lara bağlanan transkripsiyon faktörleri,
“enhancer tarpping tekniği”, mayada galaktoz metabolizması, DNA metillenmesi ve gen ekspresyonu,
posttranskripsiyonel regülasyon, alternatif mRNA işlenme yolları, mRNA kararlılığının korunması.
Bakterilerde ve bakteriyofajlarda mutasyon ve genetik rekombinasyon, bakterilerde mutasyon, luria-relbruck
flactuation test, bakterilerde adaptif mutasyon, konjugasyon, hfr ve kromozom haritalama, rec genleri ve
bakteryal rekombinasyon, plazmitler, bakteriyal transformasyon, bakteriyofajlarda genetik çalışmalar, viruslarda
mutasyon ve genetik rekombinasyon, transdüksiyon, T4 fajında intragenik rekombinasyon.
Genetik kontrol ve gelişim, değişken gen aktivitesi teorisi, prokaryot gelişiminde diferensiyel transkripsiyon,
ökaryot gelişiminde diferansiyel transkripsiyon.
İmmunogenetik, immün sistemin bileşkeleri (hümoral ve hücresel immünite), immün cevap, immün sistemdeki
genetik çeşitlilik, antikorlar ve antikor yapısı, antikor oluşum teorileri, immünglobülin genlerinin organizasyonu,
ü-hücre reseptörlerinin organizasyonu, immün sistemde rekombinasyon, HLA sistem, HLA genleri, organ ve
doku transplantasyonu, popülasyon genetiği, popülasyon gen havuzu ve allik frekanslar, Hardy-Weinberg yasası,
linkaj dengesizliği (linkage disequilibrium), çoklu alleller, gen frekansını etkileyen faktörler.
TBG 5032 KANSERİN MOLEKÜLER TEMELLERİ (2-0-2) 4 AKTS
Kanser tanımı, terminoloji, tümör, anaplazi, metaplazi, displazi, neoplazi tanımları, prenoplastik lezyonlar ve
morfolojik özellikleri, benign / malign oluşumlar ve patolojik markerler.
Kanser hücrelerinin in vitro özellikleri, normal ve transforme hücrelerin hücre kültüründe çoğalması, kanser
hücresi diferansiyasyonu, morfolojik ve işlevsel farklılıkları, kültürde hücre transformasyonu çalışmaları.
Kanser hücresinin genel özellikleri, yapısal değişiklikler (membran yapısı, organeller), yaşam döngüsü
değişiklikleri (kontakt inhibisyon, diferansiyasyon kaybı), antijenik değişiklikler, genetik değişiklikler (genetik
instabilite, onkogenlere girmeden).
Karsinojenik faktörler, mutajenite ve karsinojenite kavramları, kanserlerde en sık rastlanan mutasyon tipleri,
fiziksel ve kimyasal karsinojenez, çevresel karsinojenler, karsinojenite testleri, viral karsinojenez, spontan
somatik mutasyonlar, mutasyon-polimorfizm kavram farkı.
Kanserde klonalite, Kanserin klonal (tek hücreden köken alan) bir hastalık olduğunun kanıtları ve bunu
desteleyen deneyler, İnisiyasyon ve promosyon kavramları ve moleküler mekanizmaları.
Kanser hücresinin biyokimyasal özellikleri, metabolik değişiklikler (hücre içi değişim), hücre zarı ve
ekstrasellüler matriks değişiklikleri (dış ortama uyumdaki değişim).
Onkogenler, onkogenlerin bulunuşu, akut transforma edici retroviruslar, hücresel protoonkogenlerin ürünleri ve
işlevleri, onkogen aktivasyon mekanizmaları ve örnekler.
Kansere genetik predispozisyon-tümör supressör genler, kalıtımsal kanserler, neterozigosite kaybı-kanser
insidansı, tümör supressör gen örnekleri ve işlevleri, mutator fenotip kavramı.
Kanserde sinyal iletimi değişiklikleri, membran reseptörleri ve değişen özellikler, sekonder sinyal iletiminin,
kanserlerden sorumlu molekülleri.
Kanserde hücre döngüsü değişiklikleri, hücre döngüsü evreleri ve kontrol noktaları, kontrol noktalarında görevli
moleküller, hücre döngüsünü denetleyen genler onkogen / tümör supressör gen mi? Kanser sitogenetiği,
kanserde sitogenetik verilerin yorumlanması, kromozmal anomali tipleri ve kanserle ilişkisi, tanı ve prognozda
sitogenetiğin önemi, kanserde genetik instabilite.
Tümör marker (belirteç) leri, genel değerlendirme, sınıflandırma ve tanısal parametrelerin tanımlanması, hücre
tturnover markerleri, diferansiyasyon markerleri, onkofotal antijenler, genetik markerler.
Tümör invazyonu ve metastaz, çok aşamalı karsinojenez kavramı, metastazı tetikleyen genetik değişimler,
metastatik hücre davranışı, adezyon moleküllerinin ve ekstrasellüler matriks değişimlerinin metastazda rolü.
Tümörde programlanmış hücre ölümü (apoptoz), apoptozun moleküler mekanizması ve ilgili genler, kanser
hücresinde apoptoz, proliferasyon, diferansiyasyon ve apoptoz ilişkileri, kanser tedavisi ve apoptoz.
TBG 5033 HÜCREYE GİRİŞ (3–0–3) 6 AKTS
Hücreye giriş dersi tanıtımı, hücrenin ince yapısı, suyun canlılık için önemi, kimyasal bağlar, biyomoleküller,
enzimlerin genel özellikleri, enzimatik reaksiyonlar, mikro ve makro elementler, DNA yapısı ve replikasyon,
RNA tipleri, yapısı ve transkripsiyon, hücre membran yapı ve fonksiyonu. Hücre iskeleti: makromoleküller ve
fonksiyonları. Sitozol: bileşimi, fonksiyonu, temel metabolik reaksiyonlar, osmolalite, pH, iyonik kuvvetler,
mitokondri yapısı, fonksiyonu, genomu ve genetiği, temel biyokimyasal reaksiyonlar, endoplazmik retikulum,
golgi, lizozom yapı ve fonksiyonları, ribozom ve protein sentezi, post-translasyonel modifikasyonlar ve
hedefleme. Nukleus genel yapısı: nükleer membran, nükleer matriks, karyoplazma, komatin, kromozom ve
nükleolus. Hücre Hücre bölünmesi: kromozom yapısı, öakaryotlarda hücre bölünmesi, mitoz ve mayoz, hücre
döngüsü ve regülasyonu, hücre farklılaşması, apoptotik ve nekrotik hücre, hücrelerarası matriks elemanları ve
fonksiyonel rolleri, değişik dokuların ECM örnekleri. Hücre-Hücre ve Hücre-Çevre ilikileri: hücre-hücre
iletişimi, otokrin, parakrin, endokrin etkiler, reseptör ligand tanımları, hücre içi sinyal iletimine genel bakış.
Hücre dış çevre etkileşimi: viruslar, radyasyon, matajenler ve hücrenin korunma mekanizmaları.
TBG 5034 MOLEKÜLER BİYOLOJİDE ÖZEL KONULAR (3–0–3) 6 AKTS
Büyüme faktörleri, genleri, yapıları ve etki mekanizmaları, rekombinant monoklonal antikorlar, afinite sorunlar,
değişken bölge konformasyonu ve CDR bölgelerinin konstrüksiyonu, sitokinler, çeşitleri, yapısal özellikleri,
immün sistem regülasyon görevleri, adezyon molekülleri, integrin ve selektinler, yapıları, işlevleri, immün
sistem ile ilişkileri, transkripsiyon faktörleri, yapıları, tipleri, DNA’da bağlanma dizileri ve işlevleri, DNA‘nın
topografik formları, süper kıvrım, bükülme ve kıvrılmalar, elektroforetik mobilite, tümör süpressör genler,
tümöre özgül tekrarlayan kromozomal delesyonlar, kalıtsal tümörler, heterozigosite kaybı, genomik
imprintlenme, pedigri sapmaları, uniparental izodizomi, imprintlenme mekanizması, DNA metilasyonu, frajil x,
fenotip farklılıkları, taşıyıcı erkekler, hatalı değerlendirme riskini azaltmak için geliştirilmiş moleküler
yöntemler, mitokondri DNA’sı, sitoplazmik kalıtım olayı, mitokondri genleri, mutasyonlar ve hastalıklar, yağ
klonlama, maya vektörleri, yağ vektörünün özellikleri, büyük DNA fragmantlarının klonlanması, ekspresyon
vektörleri, ekspresyon amaçlı gen klonlaması, en yaygın kullanılan ekspresyon vektörleri (prokaryot ve ökaryot
hücre için), prenatal tanı, amniosentez ve CV örneklerinin alınışı, apoptozis, mekanizması, hücre nekrozundan
farklı, ilgili genler, immün sistemdeki önemi, kanser alanında önemi, kromozom “walking”, gen haritalama
yöntemi olarak önemi, mekanizma.
TBG 5035 HÜCRE KÜLTÜRÜ (2–2–3) 6 AKTS
Hücre biyolojisi, ökaryot hücre tipleri, ökaryotik hücreyi oluşturan elemenlar, yapı ve fonksiyonları,
hücrelerarası fiziksel ve iletişimsel bağlantılar, ökaryot hücreler üzerinde sistemik etkiler (hormonlar, büyüme
faktörleri), hücrenin gereksinim duyduğu minimum koşullar.Hüçre kültürü, özellikler ve terimler, ökaryot
hücrelerin in vitro ortamda çoğaltılma koşulları, hücre kültüründe kullanılan besi ortamları, genel amaçlı
kullanılan ortamlar ve içerikleri, süspansiyon kültürler için geliştirilmiş ortamlar ve içerikleri, özelleşmiş
hücreler (tümör, bez dokusu vb.) için ortam, ortalama eklenen, serum ve sentetik “suplement” gibi maddeler,
hücre kültürlerinin kullanım alanları. Avantaj ve dezavantajları.Hücre kültür laboratuarında bulunması gerekli
koşullar, sterilite ve izolasyon kavramları, laboratuar donanım ve düzeni, laboratuarda kesinlikle olması ve
olmaması gerekenler, yıkama, sterilizasyon ve depolama.Hücre kültürü ekipmanı, kesinlikle bulunması gereken
ekipman, bulunmasında yarar olan ekipmanlar (laminar flow, CI2 inkübatör), ek ekipmanları (video-mikroskop,
flow sitometri vb.), gerekli sarf malzemesi.Aseptik teknik, sterilizasyon yöntemleri, çalışma alanının
temizlenmesi ve steril havalanması, çalışan yerin ve çalışan kişinin hijyeni, steril manipülasyon, hücre sayımı,
hücre canlılık testi.Laboratuar güvenliği, kimyasal toksisite, kesici materyal, gazlar ve sıvı azot ile çalışma
koşulları, laboratuarda yangın riski ve önlemler, radyoaktif materyalle çalışma koşulları, canlı hücre, virus gibi
biyolojik riskler.Primer kültür, kısa ve uzun süreli kültürler, kültüre alınacak dokunun elde edilmesi, dokudan,
eksplant (parça koyma) yöntemi, enzimatik ve mekanik hücre ayrıştırma yöntemi, hücre ayrımında
santrifügasyon.Kültürlerin bakımı, primer kültür, hücre hattı, sürekli hücre hattı kavramlarının tanımlanması,
ortam değiştirmesi ve hücre pasajları, farklı amaçlı kültür koşulları.Hücre klonlama ve spesifik hücre tipinin
seçilmesi, hücre klonlamanın amacı ve tanımı, dilüsyonla klonlama, kılcal tüp içerisinde klonlama yöntemleri,
seçici ortamlar ve genetik varyantların seçimi, süspansiyon kültürlerde klonlama ve yumuşak agar yöntemi.
Kültürdeki hücrelerin karakterizasyonu, tür belirlenmesi, doku belirleyiciler ve transformasyon kavramı,
morfolojik değerlendirme amaçlı, boyama, mikroskopi ve fotograflama, kromozom konpozisyonufnun
belirlenmesi in-situ ve FISH yöntemleri, antijenik ve diferansiyasyon belirleyicileri.
Transforme hücre kültürleri, hücre karakteristikleri ve kültürde transformasyon çalışmaları, transformasyon
genetiği ve kromozomal anomaliler, tümorojenik özellik belirlenmesine yönelik çalışmalar.
Kontaminasyon, mikrobial kontaminasyon tipleri, kontaminasyon belirleme yöntemleri, mikoplazma
kontaminasyonlarının belirlenmesine yönelik yöntemler, Kros kontaminasyonlar ve önleme yöntemleri.Kültür
kullanımının örneklenmesi, DNA, RNA ve protein miktar belirleme, enzim çalışmaları için örnekleme yapma,
sinkronize hücre kültürü hazırlanması, labeling indeks ve mitotik indeks belirlenmesi, sitometri.
Transfekte hücre kültürleri, hücre kültüründeki hücrelere gen aktarım yöntemleri, viral vektörler, hücre
kültürlerinde mikroenjeksiyon yöntemi, transfekte hücrelerin seçilmesi
TBG 5036 TEMEL MOLEKÜLER BİYOLOJİK YÖNTEMLER II (2-4-4) 10 AKTS
Moleküler biyoloji genel veri tabanlarının* kullanımı. Primer ve prob dizaynı. PCR, tipleri ve optimizasyonu.
DNA klonlaması
TBG 5037 GENETİK LABORATUVARLARINDA BİYOGÜVENLİK (1–2–2) 2 AKTS
Genom Projeleri ve Moleküler Tıbba Katkıları, Bilimsel literatür databazları kullanımı (Pubmed ve OMIM),
Genome browser tanıtımı ve kullanımı (EntrezGene, Ensemble), nukleik asit (mRNA, cDNA, gDNA) ve protein
dizilerine ulaşım, Sekans alignment (CLUSTALW algoritması ve örnek dizilerde kullanımı), GEO,ExPASY,
UniProt ve KEGG veritabanları, Solusyon hazırlama (Mol, molarite, yüzde, stok solusyon, pH,), DNA (Yapısı,
tipleri, izolasyon prensipleri) saflığının ölçümü, kandan gDNA izolasyonu, miktar tayini, saflığın önemi, Agaroz
jel elektroforezi ile görüntülenmesi, Gen klonlama prensipleri, Plazmid vektör (nedir, bir geni overeksprese
etmek yada susturmak için kullanılan plazmid vektörlerinin temel özellikleri,..), bakteriden plazmid izolasyonu,
restriksiyon enzimi kullanımı
RNA (yapısı, tipleri, total RNA izolasyonu, miktar tayini, formamitli agaroz jeli ile görüntülenmesi), cDNA
(nedir, çeşitleri, nerelerde kullanılır, in vitro nasıl sentezlenir), cDNA sentezi, internal kontrol primeri ile PCR,
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (temel prensip, optimizayon nasıl yapılır,……..), PCR kullanım alanları ve
amaca göre nasıl primer design edilir (Primer 3 programı kullanımı), Moleküler biyolojide kullanılan bazı
enzimler (restriksiyon enzimleri, polimerazlar, ligaz, alkaline fosfataz,….), Protein (yapı ve lokasyon
farklılıklarının izolasyon yöntemine etkileri, SDS-PAGE prensibi, Commasive blue boyaması temeli), hücre
kültürü hücrelerinden total protein izolasyonu, miktar tayini (Bradford yöntemi ile standart eğri çizilerek), SDSPAGE elektroforezinde yürütülmesi ve CB ile boyanması), Western Blotlama (nedir, hangi amaçla kullanılır,
optimizasyonu nasıl olur, antikor seçimi,…..)
-Western Blotlama, Gen ve gen ürünlerinin görüntülenmesi (kemoilluminasans uygulama temeli) Immuno
boyama yöntemleri, floresan ve biotin konjuge antikorlar, kullanım şekilleri,..)
TBG 5038 SİTOGENETİK (2–4–4) 12 AKTS
TEORİK
Kromozom kavramı, insan kromozomları, insan kromozomlarının tiplendirilmesi, Mendel’in genetik çalışmaları
ve kuramları, populasyon genetiği, genetik terminoloji, kromozom anomalileri, insanda tek gen kalıtım
paternleri, insanda sayısal kromozom anomalileri, pedigriler, fragil X sendromu, SCE yöntemi ve amaçları,
prenatal sitogenetik, kanser sitogenetiği, sitogenetikte kullanılan yeni yöntemler.
UYGULAMA
Periferik kandan kısa süreli lenfosit kültürü hazırlanması, kısa süreli kültürlerden kromozom preparasyonu,
kromozom preparatlarının tripsin-giemsa bandlama yöntemi ile boyanması, GTG boyanmış kromozom
preparatlarının mikroskopta incelenmesi ve fotoğraflama, fotoğraf basımı, insan kromozomları (GTG
bandlanmış) karyotip çalışmaları, kromozom preparatlarında c-bandlama yönteminin uygulanması, c-bandlanmış
kromozomlarla karyotip denemeleri, sayısal anomali belirlenmiş metafazlarda karyotip çalışmaları, hasta
örneklerinde pedigri çalışmaları, frajil x preparatlarının değerlendirilmesi, SCE yöntemi için ortam hazırlanması
ve periferik kan kültürü, SCE için hücre harvesti ve SCE boyama, amniyosentez materyelinden hücre kültürü
hazırlanması, amniyosentez hücre kültürlerinden kromozom preparasyonu.
TBG 5039 TEMEL MOLEKÜLER BİYOLOJİK YÖNTEMLER I (3–2–4) 8 AKTS
Laboratuvar güvenliği. Solusyonlar. DNA saflaştırma yöntemleri. RNA saflaştırma yöntemleri. Protein
saflaştırma yöntemleri. Nükleik asit ve proteinlerin elektroforetik ayrımlanması. Moleküler biyolojide kullanılan
enzimler. Gen ve gen ürünlerinin görüntülenmesi.
TBG 5041 ÖZEL ARAŞTIRMA I (0–4–2) 2 AKTS
Literatür tarama ve teorik araştırma yeteneği, okuduğunu anlama ve deney planlama yeteneği, laboratuvar
çalışma düzeni ve manipülasyon, araştırmasını, sözlü ve yazılı sunma yeteneği, makale yazım biçimine uyum.
ERS 5005 INTRODUCTION TO CELL (3-0-3) 6 ECTS
The presentation of Course and the concept of life, The importance of water for life; properties, hydrogen
bonding, ionization, polarity, hydrophobicity, and hydrophobic interactions, ionization (pH, pK, the equilibrium
constant), solubility, osmosis Chemical bonds / Chemical Reactions. Biomolecules(I): Carbohydrates and Lipids.
Biomolecules (II): structure of the proteins yapısı General properties of enzymes and enzymatic reactions
(enzymes, coenzymes, ofactors) Biomolecules (III) / DNA and RNA structure Replication. Transcriptional and
post - transcriptional modifications. Cytosol: Composition, function, basic metabolic reactions, osmolality, pH,
ionic forces Mitochondria: structure, function, based on biochemical reactions . Nucleus: structure, function,
chromosomal chromatin, karyoplazma, nuclear membrane and nucleolus Cell division, chromosomal fine
structure, cell division in eukaryotes. Cytoskeleton, structure and functions of microfilaments, intermediate
filaments, microtubules cilia, flagella and steresiliaların. Cell membrane structure and function, cell membrane, a
thin structure, functional proteins. Article transition: active and passive transport (ion channels, ion transport,
factors affecting the membrane potential), phagocytosis, endocytosis, pinocytosis and microvilli . Components
and functional roles of ECM Cell-cell connection types, structure and functions. Overview of intracellular and
intercellular signal transduction, signal (signaling) molecules and their receptors, components, structures and
functions Receptor types, locations, and intracellular signal transduction pathways (G-protein, Ca, PK, ion
channels) Signal transduction with Fosforilasyon-defosforilasyon (Tirozin-Serine/Threonin kinase) . Cell cycle,
stimulus factors (cytokines, growth factors), and regulation of cell cycle, cyclins Apoptotic and necrotic cell
death. Causes and development of cancer, oncogenes, tumor suppressor genes, therapeutic approach to cancer
treatment
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK DOKTORA PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ
TBG 6089 KÖK HÜCRE VE REJENERATİF TIPTA KULLANIMLARI (2–0–2) 10 AKTS
Giriş (tanımlar), Erken gelişim evreleri (insan modelinde), Embryonik Kök Hücre (Özellikleri, kültürü, fare ES
farklılaşmasında genlerin artan ve azalan gen regulasyonları ve ES farklılaşmasında kromatin yapısının rolü,
Erişkin kök hücre (Özellikleri, asimetrik bölünme, normal farklılaşma, plasticity ve bunlarla ilgili
mekanizmalar). Örnek model: Hematopoietic Stem Cells (Wnt, Notch, Hedgehod, JAK/STAT yolakları). Örnek
model: Drosophila melanogaster. Kök hücre transplantasyon uygulamaları. Kanser ve kök hücre
TBG 6090 EPİGENETİK (2–0–2) 10 AKTS
Epigenetik Kavramının anlamı, İnsan Epigenom Projesi (HEP), DNA paketlenmesi ve histonlar (tüm histonlar
ve alt grupları) Histon modifikasyonları (asetilasyon, metilasyonu, fosforilasyon), HAT ve HDAC lar ve
fonksiyonları, Pre-inisiyasyon kompleksinin oluşumu ve histon kodu kavramı, Epigenetik transkripsiyonel
sessizleştirmenin mekanizması, DNA metilasyonu, Histon modifikasyonları, Antisens RNA, Epigenetik
sessizleştirmede RNA, histon modifikasyonları ve DNA metilasyonu ilişkisi, Mikro ve makro çevrenin
epigenetic degişiklikler üzerine etkisi, İnsan hastalıkları ve Epigenetik değişiklikler, Epigenetik Tedavi kavramı
TBG 6061 HÜCRE KÜLTÜRÜ (2–4–4) 15 AKTS
Hücre biyolojisi, ökaryot hücre tipleri, ökaryotik hücreyi oluşturan elemenlar, yapı ve fonksiyonları,
hücrelerarası fiziksel ve iletişimsel bağlantılar, ökaryot hücreler üzerinde sistemik etkiler (hormonlar, büyüme
faktörleri), hücrenin gereksinim duyduğu minimum koşullar.Hücre kültürü, özellikler ve terimler, ökaryot
hücrelerin in vitro ortamda çoğaltılma koşulları, hücre kültüründe kullanılan besi ortamları, genel amaçlı
kullanılan ortamlar ve içerikleri, süspansiyon kültürler için geliştirilmiş ortamlar ve içerikleri, özelleşmiş
hücreler (tümör, bez dokusu vb.) için ortam, ortalama eklenen, serum ve sentetik “suplement” gibi maddeler,
hücre kültürlerinin kullanım alanları. Avantaj ve dezavantajları.
Hücre kültür laboratuarında bulunması gerekli koşullar, sterilite ve izolasyon kavramları, laboratuar donanım ve
düzeni, laboratuarda kesinlikle olması ve olmaması gerekenler, yıkama, sterilizasyon ve depolama.Hücre kültürü
ekipmanı, kesinlikle bulunması gereken ekipman, bulunmasında yarar olan ekipmanlar (laminar flow, CI2
inkübatör), ek ekipmanları (video-mikroskop, flow sitometri vb.), gerekli sarf malzemesi.Aseptik teknik,
sterilizasyon yöntemleri, çalışma alanının temizlenmesi ve steril havalanması, çalışan yerin ve çalışan kişinin
hijyeni, steril manipülasyon, hücre sayımı, hücre canlılık testi.
Laboratuar güvenliği, kimyasal toksisite, kesici materyal, gazlar ve sıvı azot ile çalışma koşulları, laboratuarda
yangın riski ve önlemler, radyoaktif materyalle çalışma koşulları, canlı hücre, virus gibi biyolojik riskler.
Primer kültür, kısa ve uzun süreli kültürler, kültüre alınacak dokunun elde edilmesi, dokudan, eksplant (parça
koyma) yöntemi, enzimatik ve mekanik hücre ayrıştırma yöntemi, hücre ayrımında santrifügasyon.
Kültürlerin bakımı, primer kültür, hücre hattı, sürekli hücre hattı kavramlarının tanımlanması, ortam değiştirmesi
ve hücre pasajları, farklı amaçlı kültür koşulları.
Hücre klonlama ve spesifik hücre tipinin seçilmesi, hücre klonlamanın amacı ve tanımı, dilüsyonla klonlama,
kılcal tüp içerisinde klonlama yöntemleri, seçici ortamlar ve genetik varyantların seçimi, süspansiyon kültürlerde
klonlama ve yumuşak agar yöntemi.
Kültürdeki hücrelerin karakterizasyonu, tür belirlenmesi, doku belirleyiciler ve transformasyon kavramı,
morfolojik değerlendirme amaçlı, boyama, mikroskopi ve fotograflama, kromozom konpozisyonufnun
belirlenmesi in-situ ve FISH yöntemleri, antijenik ve diferansiyasyon belirleyicileri.
Transforme hücre kültürleri, hücre karakteristikleri ve kültürde transformasyon çalışmaları, transformasyon
genetiği ve kromozomal anomaliler, tümorojenik özellik belirlenmesine yönelik çalışmalar.
Kontaminasyon, mikrobial kontaminasyon tipleri, kontaminasyon belirleme yöntemleri, mikoplazma
kontaminasyonlarının belirlenmesine yönelik yöntemler, Kros kontaminasyonlar ve önleme yöntemleri.
Kültür kullanımının örneklenmesi, DNA, RNA ve protein miktar belirleme, enzim çalışmaları için örnekleme
yapma, sinkronize hücre kültürü hazırlanması, labeling indeks ve mitotik indeks belirlenmesi, sitometri.
Transfekte hücre kültürleri, hücre kültüründeki hücrelere gen aktarım yöntemleri, viral vektörler, hücre
kültürlerinde mikroenjeksiyon yöntemi, transfekte hücrelerin seçilmesi.
TBG 6078 ÖKARYOT HÜCRE MEMBRAN SİSTEMLERİ (1–0–1) 5 AKTS
Hücre membranlarının kimyasal yapısı, plazma membranı ile hücre içi membranların işlevleri ve buna bağlı
yapısal farklılıkları. Membran lipidlerinin ve proteinlerinin tipleri ve modifikasyonları. Dinamik Membran;
endositoz, fagositoz, pinositoz. Hücre içi zarlı organellerin işlevlerine göre Membran içerik farklılıkları.
Membran geçirgenliği ve gradient oluşumundaki rolleri (mitokondri ve kloroplast zarları). Membran füzyonu.
TBG 6079 HÜCRE SİNYAL İLETİMİ VE HASTALIKLARDAKİ ROLÜ (2–0-2) 10 AKTS
Çok hücreli organizmalarda hücresel haberleşmenin önemi ve anlamı. Ne için haberleşme? Hücreler arası
haberleşme mekanizmaları; Hücreler arası kalıcı bağlantılar ve kısa süreli bağlantılar. Adezyon molekülleri,
tipleri ve özellikleri. Hücreler arası kalıcı bağlantıların moleküler yapısı. Haberleşmede örnek moleküller ve
hücre içi sinyal iletiminin uyarılması. Hücreler arası haberleşmede hücre iskeletinin ve hücre dışı matrisin
önemi. Hücre dışı matris yapısı.
TBG 6080 HÜCRE YAŞAM DÖNGÜSÜ VE ÖLÜMÜ (1–0–1) 5 AKTS
Hücre yaşam döngüsü tanımı, evreleri. Hücre özellikleri ile yaşam döngüsü ilişkisi, Yaşam döngüsü kontrol
noktaları, Siklinler, Siklin Bağımlı Kinazlar , Kanser ve döngü kontrolü ilişkisi. Yaşam döngüsünü etkileyen
faktörler. Hücre ölümü; nekroz/ apopitoz mekanizmaları.
TBG 6065 HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ (1–2-2) 15 AKTS
Hücre kültürü teknikleri. Aseptik teknikler, bio-güvenlik, besi yerleri, malzemeler, hücre hatları (primer hücre
hatları, kanser hücre hatları), hücre hatlarının stoklanması (dondurma- çözme), kontaminasyon. Hücre
proliferasyonu analizi. Flow sitometrik hücre döngüsü fazlarının belirlenmesi. BrdU analizi. Hücre ölümü
analizi. TUNEL assay. Annexin V boyaması ile apoptotik hücrelerin belirlenmesi. Hücre adhezyonu, invazyonu,
differeasyonu ve hücre yaşlanması analizleri
TBG 6091 MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ (4–0–4) 12 AKTS
Hayatın Temeli. Su, zayıf asidler, bazlar, hücre içi pH ayarlanmasında tamponun rolü, Hücrelerin Evrimi,
Prokaryodlar, Ökaryolar. Hücrenin Moleküler Bileşimi- Yapı Fonksiyon İlişkisi, Proteinler, Enzimler,
koenzimler, kofaktörler, enzim aktivasyonu, Karbohidratlar, Lipidler, Nükleik asidler. Biyoenerjetik,
Termodinamik ilkeler, Entropi, entalpi, serbest enerji değişimi, Elektron transferi, Fosfat grubu transferi –ATP,
Enerji içerikli diğer bileşikler, Biyolojik oksidasyon-redüksiyon reaksiyonları,Hücre membranları, Bileşimi,
İşlevi, Tipleri, Transport (difüzyon, ozmos, iyon kanalları v.b), Hücre içi İskeleti. Yapısı, İşlevi, Mikrotübüller,
Mikrofilamentler, İntermediyer filamentler, Organellerin yapısı.Hücre nükleusu, Hücre bölünmesi, Endoplazmik
retikulum, Mitokondri, Golgi, Peroksizom, Lizozom, Genetik Bilgi Akışı, DNA replikasyonu, Transkripsiyon,
Postranskripsiyonel değişiklikler, Translasyon, Posttranslasyonel-kotranslasyonel değişiklikler, Proteinlerin
hedeflenmesi
TBG 6081 PROKARYOT VE ÖKARYOTLARDA GEN EKSPRESYONU REGÜLÂSYONU (1–0–1) 5 AKTS
Operon, regulon, promotör, operatör, repressör v.b kavramların ve işlevlerinin anlaşılması Prokaryotlarda negatif
ve pozitif regülasyon örnekleri. Enhancer, aktivatör, cis- / trans- etkili faktörler, susturucu diziler, v.b
kavramların ve işlevlerinin anlaşılması. Histon modifikasyonları, kromatin yeniden-şekillenmesi ve epigenetik
kontrol mekanizmaları.
TBG 6084 TIBBİ GENETİK (1–0–1) 5 AKTS
Genomik imprintleme, örnek sendromlar. Trinükleotid ekspansiyon, örnek sendromlar. Multifaktoriyel ve
poligenik kalıtım, örnek sendromlar
TBG 6074 PROTEİN İNCELEME YÖNTEMLERİ (1–2–2) 10 AKTS
Doku yada hücreden protein ekstraksiyonu, kantifiye edilmesi, elektroforezle ayrılması, western blotlama,
immünopresipitasyon, immunoboyama teknikleri, ELİSA, in vitro kinaz assay.
TBG 6092 METASTAZ BİYOLOJİSİ (1–0–1) 5 AKTS
Matastaz biyolojisi kavramı, Tümör hücrelerinin birbirleri ile, komşu hücreler ile gerçekleştirdiği adhezif
ilişkiler, Tümör stroma ilişkilerinin metastatik süreçteki önemi, Tümör damarlanması, Anjiogenez, Tümör
hücresi üreme kinetiklerinin önemi, Büyüme faktörleri , sitokinler ve reseptörlerinin rolü, ECM ve Matriks
degredasyonuna yol açan mekanzmalar, Tümör mikro çevresinin rolü ve metastatik süreçteki önemi.
TBG 6093 GENOMİK VE FONKSİYONEL GENOMİK (1–0–1) 5 AKTS
Genom Projesinin Amaçlarını, Önemini ve Temel alanlarını anlamak. Genomların moleküler karakterizasyonu
için kullanılan yöntemler hakkında bilgi edinmek. Yapısal genomik. Radyasyon hibrid haritalamaları. Spesifik
kromozomlardaki lokusların bulunması. Yüksek rezolusyonlu kromozom haritalaması. Rekombinasyon ile
Mayotik haritalama. İn situ hibridizasyon. Genomların fiziksel haritalanması, kromozom spesifik kütüphaneler.
Genomik klonların oluşturulması. Genomun dizilenmesi. Genetik analizler için genom haritalarının kullanımı.
Genom projesinde kullanılan model organızmalar, seçilme nedenleri ve projeye katkıları hakkında bilgi
edinmek. Genom projesinden sonraki gelişmeleri ve yeni projeleri anlamak. Fonksiyonel Genomik:
Transkriptomik ve Proteomik. Fonksiyonel Genomik çalışmalarında için kullanılan yöntemler hakkında bilgi
edinmek. Sekans karşılaştırması ile fonksiyonel analizler. Proteom analizleri. Gene etkileşimlerinin incelenmesi.
Genomik ve fonksiyonel genomik kapsamında elde edilen hastalıkların tanı ve tedavisinde kullanımı.
TBG 6085 HÜCRESEL VE MOLEKÜLER MEKANİZMALARIN HASTALIKLARLA İLİŞKİSİ (3–0–3) 15 AKTS
Homeostaz kavramı, proliferasyon , diferansiyasyon ve hücre ölümü arasındaki dengenin tartışılması, Hastalık
kavramının tartışılması, Moleculer patogenez kavramının tartışılması, Hücre ince yapısının genel tekrarı (sınıfla
birlikte interaktif) Hücre içi sinyal iletimi genel tekrar (sınıfla birlikte interaktif), Replikasyon kusurları,
Mitoz/mayoz bölünme kusurları (Örnek hastalıklar: dinamik mutasyon kavramı, ansitipasyon, üçlü tekrar
hastalıları, yapısal ve sayısal kromozomal anomaliler, Transkripsiyonel regülasyon bozuklukları, posttranskripsiyonel modifikasyon bozuklukları (Örnek hastalıklar: HLA gen expresyonu ile ilgili oto immun
hastalık ve immun yetmezlikler, spicing kusurlarına örnek olarak hemaglobinopatiler), Translasyon ve posttranslasyonel modifikasyon kusurları (Örnek hastalıklar: gikolizasyon bozuklukları (Kc ve immun sistemde),
progeroid sendromlar), Endoplazmik retikulum, golgi, lizozom –Salgı yolağı bozuklukları (Örnek hastalıklar:
ER sterss, ER depo hastalıkları, prion hastalıkları, glikolizasyon bozuklukları, lizozomal depo hastalıkları,
Zellweger sendromu), Hücre membranı yapı ve fonksiyon bozuklukları (Örnek hastalıklar: İyon kanalları kistik fibrozis, fosfolipid yapı Alzheimer, hiyalin membran hastalığı, retinal dejenerasyon, kolesterol ve lipid
raftlar), Hücre iskeleti; mikrofilamentler intermediyer flamentler, mikrotübüller silia, flagella, steresiliaların yapı
ve fonksiyonl bozuklukları (Chediak-higashi sendromu, sterilite, taupatiler, keratin ve karaciğer hastalıkları,
miyopatiler, orak hücreli anemi), Mitokondri yapı ve işlev bozuklukları (Örnek hastalıklar: mitokondri genetik
ve işlevlerinin genel tekrarı ve bunlardaki bozukluklar sonucu ortaya çıkan mitokondrial hastalıkların
patofizyolojisi), Hücre döngüsünün düzenlenmesi ile ilgili bozukluklar (Örnek hastalıklar: kanser, benign
tümörler, endometriyozis), Hüre ölümünün düzenlenmesi ile ilgili bozukluklar (Örnek hastalıklar: motor nöron
hastalıkları, serebellar dejenerasyon, immun reaksiyonlar, AİDS, kanser), ECM in elemanları ve fonksiyon
bozuklukları (Örnek hastalıklar: osteogenesis imperfecta, Ehler Danlos ve Marfan sendromları, fibrosis, vasculer
hastalıklar), Hücre-hücre bağlantı tipleri, yapı ve işlev bozuklukları (Örnek hastalıklar: sağırlık, infertilite, GIS
bozuklukları, doku tamiri ve rejenerasyon, artrit, siroz ve metastaz), Hücre içi ve dışı sinyal ileti molekülleri ve
işlev bozuklukları, Protein yıkım bozuklukları (Örnek hastalıklar: kronik inflamatuar hastalıklar, nörodejeneratif
hastalıklar), : Çoklu hücre içi yolak tutulumları (Örnek hastalıklar: DM, Hipertansiyon vs..)
TBG 6082 HASTALIKLARIN GENETİK MEKANİZMALARI (2-0-2) 7 AKTS
Dersin tanıtımı ve giriş, DNA hasarı ve etkileri, Tek iplikli DNA kırıklarının oluşumu ve tamiri, Eksizyonel
tamir mekanizmaları, Transkipsiyon eşlikli DNA tamir mekanizması,Homolog ve non homolog rekombinasyon,
yapısal kromozomal değişiklikler, Kalıtsal varyasyonlar ve hastalıklar, De nova varyasyonlar ve hastalıklar,
DNA varyasyonları ve genom-epigenom ile ilşikileri, Ödev Presentasyonu, Hastalıklar ile ilişkili genlerdeki
değişikliklerin saptanması, Genomik varyasyonları saptama methodları, Genomik varyasyonlar yolu ile
hastalıklar ile ilişkili genlerin haritalanması, Mutasyonları da içeren genetic varyasyon verilerinin bioinformatik
analizi
TBG 6083 KANSER BİYOLOJİSİ VE GENETİĞİ (3-0-3) 15 AKTS
Terminoloji, tanımlar, karsinogenez teorileri, Karsinogenez sürecinde rol oynayan genetik mekanizmalar,
Karsinogenez sürecinde rol oynayan epigenetik mekanizmalar, Karsinogenez sürecinde meydana gelen genetik
ve epigenetik değişimlerin neden olduğu hücre sinyalizasyonu bozuklukları I, Karsinogenez sürecinde meydana
gelen genetik ve ,epigenetik değişimlerin neden olduğu hücre sinyalizasyonu bozuklukları II, Kanser
hücrelerinde kontrolsüz proliferasyon, apoptoza direnç, senesence engelini kırma mekanizmaları I, Kanser
hücrelerinde anjiogenez, invazyon ve metastasz yeteneği kazanma mekanizmaları, Kanser-kök hücre kavramını
ve karsinogenezdeki önemi, Sporadik ve familyal kanserlerde gözlenen genetik değişiklikler, Gastrointestinal
Maliniteler (Familiyal Polipoz; HNPCC), DNA Onarım Bozuklukları (Fanconi anemisi, Ataxia telangiectasia,
Bloom sendromu; Xeroderma pigmantosum), Hormonal Malinite Sendromları (Erken Dönem Meme, Kanseri;
Cowden Sendromu; Li-Fraumeni Sendromu; Prostat Kanseri), Endokrin Maliniteler (MEN1, MEN2),
Embriyonel Maliniteler (Retinoblastoma; Wilms Tümörü), Deri Hamartoma Sendromları (Nörofibromatoz 1,
Von Hippel Lindau), Deri Kanseri (Melanoma, Gorlin sendromu)
TBG 6086 MOLEÜKLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ I (2-2-3) 10 AKTS
Genomik DNA: organizasyon, izolasyon ve kantifikasyon, Genomik DNA: analiz yöntemleri (agaroz jel
elektroforezi, Southern Blot, mutasyon analizleri: SSCP, PCR, sekanslama). RNA regülasyonu RNA isolasyonu
RNA analiz yöntemleri (agaroz jel elektroforezi, Northern Blot, RACE). Gen Ekspresyonu cDNA (sentez, yarikantitatif PCR, qPCR) Gen ekspresyon regülasyonu analizleri (EMSA, ChIP). Recombinant DNA technology
vector cesitleri, klonlama plasmidleri (restriction enzim analizleri) ekspresyon plasmidleri (bacterial, yeast,
mammalian) rekombinant plasmid oluşturma yöntemleri (RE kesimi, ligasyon, plasmid transformasyonu,
plasmid izolasyonu, karakterizasyonu) Rekombinant pretien uretimi (bakteri, maya, insect) rekombinant protein
purifikasyonu (HIs-tag, GST-tag, purifikasyon yontemleri) Western blot
TBG 6087 KLİNİK SİTOGENETİK (2-4-4) 8 AKTS
Ders programının, dersin hedeflerinin genel tanıtımı, Hücre Çekirdeğinin İşlevsel Yapısı, Kromozom Alanı
Hazırlamak için Hücre Kültürü, Teknikleri DNA, Kromozomlar, Hücre Bölünmesi ve Denetimi Periferik
Kandan Metafaz Eldesi, Kromozom Anomalilerinin Sınıflandırılması ve İnsan, Kromozomları Nomenklatürü I
Mikroskobi ilkeleri, Kromozom Anomalilerinin Sınıflandırılması ve İnsan, Kromozomları Nomenklatürü II, "A"
grubu insan kromozomlarının tanınması, Kopya sayısı analiz yöntemleri (QF-PCR, MLPA, Genomik-dizin
analizleri), "B" grubu insan kromozomlarının tanınması . Yapısal Anomali Taşıyıcılığı ve Reprodüktif Risk I "C"
grubu insan kromozomlarının tanınması, Yapısal Anomali Taşıyıcılığı ve Reprodüktif Risk I ?D" grubu insan
kromozomlarının tanınması. Cinsiyet Kromozomları, X-İnaktivasyonu ve Cinsiyet, Kromozomu Anomalileri
"E" grubu insan kromozomlarının tanınması Prenatal ve Spontan Düşük Sitogenetiği ?F? ve "G" grubu insan
kromozomlarının tanınması, Hematopoietik Sistem Neoplazilerinde Kromozomal, Değişimler: Moleküler
Düzeydeki İzdüşümü; Diyagnostik, Prognostik ve İzlem Açısından Önemi, FISH görüntü analizi Solid
Tümörlerde Kromozomal Değişimler: Moleküler Düzeydeki İzdüşümü; Diyagnostik, Prognostik ve İzlem
Açısından Önemi
TBG 6088 GELİŞİM BİYOLOJİSİ ( 2-0-2) 10 AKTS
Gelişim biyolojisine giriş; Genler, DNA ve RNA ile gelişim ilişkisi, Genler, DNA ve RNA ile gelişim ilişkisi ve
teknikler, Gelişimde hücre-hücre iletişimi, Döllenme ve yeni bir organizmanın başlangıcı. Belirli omurgasızlarda
erken gelişim. Sirke sineğinde (Drosophila) erken gelişim: Aksislerin belirlenmesi. Tunikatlarda, amfibilerde ve
balıklarda erken gelişim, Kuşlarda ve memelilerde erken gelişim, Ara sınav, Ektoderm oluşumu: Merkezi Sinir
Sistemi, Epidermis, Ektoderm oluşumu: Nöral krest, Mezoderm ve endoderm gelişimi, Eşey hücre öncülleri ve
cinsiyet gelişimi, Metamorfoz, rejenerasyon ve yaşlanma, İnsan genetiği, konjenital bozukluklar ve kanser,
Gelişimin ekoloji ile ilişkisi, Evrim-Gelişim İlişkisi (Evo-Devo), Final Sınavı
TBG 6094 MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE HÜCRE BİYOLOJİSİ YÖNTEMLERİ II (2-2-3) 10 AKTS
Temel hücre kültürü yöntemleri (hucre ekimi, sayimi, dondurma, çözme) mikroskopi (light, DIG, floresan, faz
kontrast, konfokal, elektron) hücre içi yapıların fraksinizasyonu canlılık, proliferasyon, senescence ve hücre
olumu analizleri adhezyon, motilite, invazyon analizleri hücre ayrımlaşması (faks, magnetik separasyon)
transfeksyon Gen ekspresyon analizleri (Reporter Assays, immunoblot, immunoboyama) hücreden protein
izolasyonu ve miktar tayini, hücresel lokalizasyonun belirlenmesi, Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down
assays, FRET, PLA ) Protein-protein etkileşimi (Co-IP, pull-down assays, FRET, PLA) proximity ligation assay,
in silico yöntemler. Proteomics in silico analizleri fonksiyonel ve kantitatif analizler (Mass-spect., SILAC)