COMPADRE Bitki ve COMADRE Hayvan Matriks Veritabanlarının

Büyük ekoloji ve büyük demografi çağı
Son on yıl içerisinde, biyolojik soruların geniş kapsamlı
küresel ölçeklerde incelenmesinde çığır açan genetik
(GenBank), iklimsel (FetchClimate), anatomik, fizyolojik
(TRY, BIEN) ve benzeri birçok veri tabanı erişime
sunuldu.
Demografik araştırmalar popülasyon dinamiklerini ve
altında yatan etkenleri içeren soruları sorar: Neden bazı
türler bölgesel olarak yok olurken, diğerleri istilacı
türlere dönüşür? Gelişmekte olan ülkelerde besin
üretimi nasıl sağlanır? Türler küresel değişime nasıl
tepki verir? Bazı türler yaşlanma belirtileri gösterirken,
neden diğerleri göstermez? Ancak, bu tür soruların
incelenmesinde gerekli olan ve birçok türü içeren
demografik veritabanlarının eksikliği bu incelemelerin
boyutunu sınırlandırmıştır. Burada tanıtılan veritabanları
bu problemin çözümüne yönelik kurulmuştur.
www.compadre-db.org
www.comadre-db.org
COMPADRE Bitki ve COMADRE Hayvan Matriks Veritabanlarının Tanıtılması
1200
Fig. 1a
COMPADRE v. 3.0
Saha)çalışması)
1000
COMPADRE v. 2.0
800
600
Leslie’s publication
400
COMPADRE v. 1.0
200
0
1945
1950
1955
1960
1965
1970
1975
1980
1985
1990
1995
2000
2005
2010
Popülasyon)matriks)modelinin)oluşturulması))
Cummulative number of animal studies
1400
Araş%rmacı)
Cummulative number of plant studies
Bu açık erişim veritabanları 2014 sonu (COMPADRE) ve 2015 başında (COMADRE) Max Planck Demografi Enstitüsü (Rostock, Almanya) tarafından
çevrimiçi olarak sunulacaktır. COMPADRE ve COMADRE şu anda >900 bitki ve >1,300 hayvan türüne ait, bir çok popülasyon, dönem ve deneysel birim
içeren, toplamda >12,000 popülasyon matriksten oluşmaktadır. Popülasyon matrikslerinin yanısıra, COMPADRE ve COMADRE araştırmacıların analizlerinde
kullanabilecekleri (taksonomik özellikler, biyocoğrafi veriler, coğrafi konum, vb.) ek bilgileri de içermektedir. Demografik yöntemler kullanılarak bu
matrikslerden biyolojik açıdan önemli bilgiler elde edilir (hassaslık, ortalama ömür uzunluğu, popülasyon büyüme hızı, vb.).
2015
1400
1200
COMADRE v. 2.0
Fig. 1b
1000
COMADRE v. 1.0
800
600
Leslie’s publication
400
200
0
1945
1950
1955
1960
1965
1970
Year of publication
COMPADRE)&)COMADRE)ekibi)
Fig. 3a
n = 6730
1
5
10
50
100
500
1000
1500
1990
1995
2000
2005
2010
2015
Düzenli)aramalar)
Veri)sayısallaş%rması)
0-
Fig. 3b
COMPADRE)çalışma)sürümü)
COMADRE)çalışma)sürümü)
)
n = 2942
0
1
5
Number of population matrix models per country
Fig. 4a
1985
Number of matrices in COMADRE
Kişisel)ileJşim)
Hata)önleme)
2500
10
50
100
500
1000
1500
2500
Number of population matrix models per country
Araş%rmacılar,)
Eğitmenler,)
Ögrenciler,)
Kurumlar,)vs.)
0
1980
Year of publication
Yayınlama)
Number of matrices in COMPADRE
1975
COMPADRE)çevrimiçi)sürüm)
COMADRE)çevrimiçi)sürüm)
Fig. 4b
Mammalia
Magnoliopsida
Sahadan tüketiciye!
Liliopsida
COMPADRE ve COMADRE dünyanın birçok yerinden
araştırmacnıın yayınlamış olduğu popülasyon matriks
modellerini arşivler. Bu matriksleri veritabanına giren kayıt
takımımız verilerin alınması, hata kontrolü ve ek bilgi
gerektiğinde araştırmacılarla iletişime geçme konularında
eğitim almıştır. Periyodik olarak, (geçici ambargo süreleri
olanlar dışında) yeni matriksler COMPADRE ve COMADRE
websitelerinden erişime sunulmaktadır.
Pinopsida
Cycadopsida
Pteridopsida
Polypodiopsida
Sayıları üssel olarak artan yayınlar (Figür 1a,b) bu
veritabanlarının oluşturulmasını hem acil, hem de heyecanlı
kılmaktadır. Ancak, bir hayvan veya bitki türünün
demografisini çalışmaya başlayacak araştırmacılara
tavsiyemiz araştırmalardaki belirgin coğrafi (Figür 3a,b*) ve
taksonomik eğilimleri gözardı etmemeleridir. Araştırmacılar,
öğrenciler, eğitmenler, çevre kurumları ve diğer kuruluşlar bu
kaynağı güncel ve yerinde demografik incelemelerde
kullanabilir.
Bryopsida
Rhodophyceae
Florideophyceae
Phaeophyceae
Aves
Reptilia
Amphibia
Arachnida
Insecta
Maxillopoda
Malacostraca
Branchiopoda
Actinopterygii
Chondrichthyes
Polychaeta
Cephalaspidomorphi
Bivalvia
Gastropoda
Merostomata
Anthozoa
Other
* COMADRE veritabanındaki coğrafi bilgiler henüz kaydedilmediği için, ilgili figür yapım aşamasıdadır.
0
10
20
30
40
50
60
70
% taxonomic class in COMPADRE
COMPADRE’nin 1.0 sürümü M. Franco ve J. Silvertown tarafından kurulmuş ve
yaklaşık 100 bitki türe ait ortalama matriksleri içermiştir. Sonraki senelerde
veritabanı birçok araştırmacının (Y. Buckley, J. Che-Castaldo, E. Crone, D.
Hodgson, T. Knight, S. Ramula, R. Salguero-Gómez) katkılarıyla büyütülmüş,
özellikle R. Salguero-Gómez’in katkısıyla bitki türü sayısı 500’e çıkarılmıs ve
popülasyonlara ait detay bilgiler eklenmiştir (örneğin, V2.0’daki deneysel
birimler). COMPADRE 3.0 şu anda R. Salguero-Gómez ve O.R. Jones tarafından
idare edilmektedir. Bu sürüm coğrafi konum, taksonomi ve büyüme formu gibi
önemli ek bilgileri içermesinin yanısıra farklı araştırmacıların veritabanına paralel
katkılarını tek bir zeminde birleştirmiştir.
COMADRE’nin 1.0 sürümü R. Salguero-Gómez ve O.R. Jones tarafından
kurulmuştur. Sürüm 2.0 birkaç farklı demografik veritabanını (D. Hodgson, L.A.
Velez-Espino, M. van de Kerk) bir araya getirmiştir. Bu veritabanları 2012’den beri
Evrimsel Demografi Laboratuarı ve Max Planck Demografi Enstitüsü’nde
(Rostock, Almanya) Yaşlanmanın Evrimi üzerine çalışan bir araştırma grubu
tarafından desteklenmektedir.
0
10
20
30
40
50
60
70
% taxonomic class in COMADRE
İletişim: compadre-contact@demogr.mpg.de
Veritabanı danışmanları: Rob Salguero-Gómez ve Owen Jones.
Merkez komite: Yvonne Buckley, Judy Che-Castaldo, Hal Caswell, Dalia
Conde, Dave Hodgson, Rob Salguero-Gómez, Owen Jones, Alexander
Scheuerlein, ve James Vaupel.
Veri kayıt takımı: Hendrik de Buhr, Alexander Hartmann, Anne Henning,
Claudia Farack, Fränce Gottschalk, Gesa Roemer, Tara Ruoff, Julia Wille,
and Stefan Zeh, ve Ruth Archer.
Bilim komitesi: Res Altwegg, Fernando Colchero, Ming Dong, Miguel
Franco, David Hodgson, Hans de Kroon, Jean Dominique Lebreton,
Jessica Metcalf, Maile Neel, Ingrid Parker, Bernt-Erik Sæther, Juan Silva,
Jonathan Silvertown, Takenori Takada, Teresa Valverde, Luis Antonio
Velez-Espino, ve Glenda Wardle.
Tercüme: Arpat Ozgul