GAzl ÜN|VERSıTESı BlLlMsEL ARAşTıRMA pRoJELERl lHTlyAç FoRMU ginil,tive göı-ü]üü Eczacılık Fakültesi Temel Eczacılık Bilimleri pRoJE vöııerlclslNlı,ı eoı soyADl PRoF.DR. sevci RxRyoırı rınlrıl No 17lo2l2017 1 TEL : 2023155 GAzı üN ıVERSıTESı RE}GöRLüĞü,ııE (Bilimsel Aıaştırma Pojeleri Birimi) 'o2no1741'kodlu ve Tip60 ve eüdlediği DM onanm genlerinin metilaslon ve ekspreeyon seııiyeleıi lle meme kanserinİn moleküler a]t gruplan aııasındaki il§kilerin incelenmesi.' konulu projem için zorunlu olan aşağıda cinsi, miktarı ve özellikleri yazılı toplam 7 kalem hizmetin / malzemenin / teçhizatın tahsis edilen ödenekten temin edilmesi için bilgilerinizi ve gereğini az ederim. r.l ,$,^.\( '{],,TN\ Sıra No Malzemenin cinsi Miktarı ölç, Özetlği Birimi 1.Kit 200 ul tam kan, doku ömeğ, paralln dokudan; hücre kühüru, gram negatif veya pozitif bakteri ve mayadan DNA izole edebilecek nitelikte olmalldlr. 2.Elde edilen DNA PCR amplifikasyonu ve real-time PCR, southem blot uygulamalarında kullanılabilir nitelikte olmalıdır. 3.Kit aşağıdaki reaktifleri içermelidir; 1 2 Quick DNA Universal kit 50 preps Ez DNA Methylation Gold Kit 50 Reactions J 3 . a.Tissue Lysis Buffer b.Binding Buffer c.Proteinase K, recombinant,PCR grade d.lnhibitor Removal Bufier e.Wash Buffer f,Elution Buffer g.High Pure filter tüpleri h.Toplama tüpleri 4.Kit minimum 50 reaksiyon yapabilmelidir. 5.Kit en az 1 yıl miatlı olmalıdır. kutu kutu 1.Kit "sodyum bisülfit" uygulaması esasına dayanmalıdır.DNA denaturasyonu ve bisülfit uyguiaması tek adlmda Ve 3 saatten kısa sürede tamamlanabilmelidir.Kit in-column desulphonation teknolo.iisiyle çalışmalıd ır. 2.converte edilen DNA bisüıfit artlklarından temizlenmiş ve purifie olarak e|de edilmelidir. 3.Kit metile olmayan sitozinlerin tam conversiyonunu sağlamalı, işlem süresince DNA kayıp ve deorasvonunu minimizeetmelidir. 4.Kitin convörsiüon etkirıliiti %99 dan fazb olm4dg.: S.Kit 500pg-2 u'g arası DİIA yı converte edebifmğit: 6.kit kullanımını takiben elde edilen ürun direkt olarak PCR,Real-Time PCR,MSP, Sequencing ve Microarrys v.b yöntemlerde kullan ılabilmelidir. 7.Kitin oda sıcaklığında saklanmalıdır. 8.Kitin miadı en az 1 yıl olmalıdır. ADET .Metilasyon işaretli oligonükleotidler, ithal ma|ı olmalıdır. 2.Metilasyon işaretli oligonükleotidlerin sentez skalası 't00 nmol olmalıdır. 3.Metilasyon işaretli oligonükleotidler, PCR Grade halde sentezlenmiş olmalıdır. 4.Metilasyon işaretli oligonükleotidler ile birlikte, DNA'nın tüm kantitatif değerlerini veren sentez raporları da verilmelidir. 5.Metilasyon işaretli oligonükleotidler, liyofilize halde sentezlenmelidir. 6.Meti|asyon işaretli oligonükleotidler, soğuk zincir ile teslim edilmelidir. ,1 3 Prımer 7 gen MSP-PCR 100 Baz 7 i,, Sıra No Malzemenin cinsi Miktarı ölç, Birimi Özelliği 7.Malzemeyi veren firma orjinal firmaya ait yetki belqesini ibraz edebilmelidir. 't.Kit dokudan RNA izole edebilecek niteliKe ; 4 Direct-zolru RNA MiniPrep Plus w/ TRl Reagent 50 prep kutu DNase l DNase lncubation Buffer Wash Buffer I wash Buffer ll 5 6 7 SensiFAST cDNA synthesis kit 50 reactions SensiFAST SYBR no-ROX kit 50 reactions 2000 rxns 4x5 m| Primer gen 7 1OO baz J ADET Elution Buffer High Pure filter tüpleri Toplama tüpleri 4.Kit minimum 50 reaksiyon yapabilmelidir. 5.Kit en az '1 vı| miat|ı olmalıdır. '1 .Kit RNA'dan tek zincirli cDNA sentezinde kullanılan tüm reaktifleri içermelidir. Sentezlenen cDNA PCR ampllifikasyonu ve real-time PCR da kullanılabilecek nitelikte olmalıdır. 2.Kit; cDNA sentezi için primer ve template DNA haricinde başka malzeme gereksinimine ihtiyaç duvmamalldlr. 3.cDNA sentezinde k:ullan lan reverse transciptase enziminin RNA'ya bağlı DNA polimereraz aktivitesi, DNA'ya bağlı DNA polimeraz aktivitesi, çift zincir çözümleme ve RNase H aktivilesi olmalıdır. 4.Kit minimum 50 reaksiyon yapabilmelidir. 5.cDNA sentezi 9 kb'ye kadar yapılabilmelidir. 6.Reaksiyon sıcaklığı 37'C olmalıdır. 7.Kitin çalışma süresi 45 dk yı geçrneme|idir. 8^Kft en az 1 vıl mlellı olmnlırlır ı 1.Kit laboratuarda bulunan LightÖycler480 cihazına uyumlu olmalıdır. 2. Qua ntifi cation analizi y apmayı sağ layaca k hot-sta rt pcR özellikli master mixi olmalıdır. 3.Kit 2X konsantrasyonunda olmalı ve kullanıma hazır 2 ADET 7 ADET i' olmalıdır. 2.Elde edilen RNA; PCR amplifikasyonu ve real{ime PCR, nouthern blot, RNase protection uygulamalarında kul|arilSilir nibliKo olmalıdr.,.ı.ı 3.Kit aşağıditO ft*dilğtWı,ırdldt' ı ffS§J Lysis/Binding Buffer halde olmahdır. 4.Kit'e dışandan sadecc primer ve kalıp DNA veya cDNA eklemek gerekmektedir. 5.Kit, MgC12 optimizasyonu gerektirmez. 6.Kit, 2000 reaksiyon olmalıdır. 7.Malzemeyi veren firma orjinal firmaya ait yetki belqesini ibraz edebilmelidir. 1.Oligonükleotidler, ithal malı olmalıdır. 2.0ligonükleotidlerin sentez skalası 0.1 umol olmalıdır. 3.0ligonükleotidler, PCR Grade halde sentezlenmiş olmalıdır. 4.Oligonükleotidler ile bidihe, DNA'nın tüm kantitatif değerlerini veren sentez raporları verilmelidir. 5.0ligonükleotidler, liyofi lize halde sentez|enmelidir. 6.oligonükleotidler, soğuk zincir ile teslim edilmelidir. 7.Malzemeyi veren firma orjanal firmaya ait yetki