km 337 biyokimyaya giriş

advertisement
KM 484
Doç. Dr. Ayşe TOSUN
biyo71@gmail.com
“biyokimya”



Yaşamın temel kimyası ile ilgilenen
“canlı kimyası” anlamına gelen
Canlı hücrelerin kimyasal yapı taşlarını ve
bunların katıldığı reaksiyonları inceleyen bilim dalı
BİYOKİMYA
HİBRİT BİR BİLİM DALI
BİYOLOJİ
KİMYA
YAŞAYAN
ORGANİZMALAR
ATOM ve
MOLEKÜLLER
YAŞAYAN ORGANİZMALARDA
ATOM ve MOLEKÜLLERİ
İNCELEYEN BİLİM DALI
BİYOKİMYANIN TARİHÇESİ

Alman kimyageri Carl NEUBERG

İsveç Kimyageri Carl SCHEELE'nin

WOHLER'in 1820 yıllarında üreyi kimya
laboratuvarında sentezlemesi
1820 Friedrich Wöhler, laboratuvarda amonyum
siyanat hazırlarken yanlışlıkla üre sentezledi.
19. yüzyılda Alman kimyacı Wöhler: "Ne
bir insan ne de bir başka hayvan veya
böbreğe gerek olmadan üre elde
edebileceğimi sizlere söylemek
zorundayım.", demişti. Bu sözler,
canlılığın çok özel bir hayat enerjisi
(vitalizm) ile açıklandığı o yıllarda, bilim
çevrelerinde bile şüphe ile karşılanmıştı.
O
+NH NCO4
H2NCNH2
1875- Kromozomların keşfi (Walter Flemming)
1897- Eduard & Hans Buchner kardeşler
Ölü maya hücreleriyle şekerin etanole fermente olabildiğini
gösterdiler. Bu keşif, biyokimyasal reaksiyonların sadece canlı
içinde (in vivo) değil, bir test tüpünde de (in vitro, Latincede
cam kabın içinde demektir) gerçekleşebileceğinin kanıtı oldu.
Bu tarihten sonra pek çok metabolik reaksiyonun in vitro analizi
gerçekleştirildi ve pek çok reaktan, ürün ve enzimin varlığı
ortaya konuldu. Vitalistler, enzimlerin (yani, “ferment”lerin)
kimya terimleriyle tanımlanamayacak kadar karmaşık olduğunu
savundular.
1926- Sumner
Üreaz enzimini kristallendirmeyi başardı.
“Proteinlerin yapısı büyük ve karmaşık olmakla birlikte, bunlar
da sonuçta organik bileşiklerdir ve yapıları kimyasal
yöntemlerle belirlenebilir”
BU BULUŞ VİTALİZMİN SONU OLDU.
Biyokimyanın kökenleri

organik kimya

fizyoloji

tıp

genetik
Biyokimya, önceleri organik kimyanın bir kolu olarak başlamıştır. Çağdaş
kimyanın
kurucusu
karbondioksit
ve
sayılan
su
Lavoisier’in
meydana
geldiğini
organik
maddelerin
göstermesinden
yanmasıyla
sonra,
organik
kimyacıların hayvansal ve bitkisel kaynaklı çeşitli bileşiklerin ayrılıp tanınması
için yaptıkları çalışmalar biyokimyanın başlangıcı olmuştur. Biyokimyanın diğer
bir
kökeni
fizyolojidir.
Kimyasal
olarak
yönlendirilen
fizyolojiden
“fizyolojik kimya” gelişmiştir; fizyolojik kimya yerine daha sonraları
“biyolojik kimya” ve son olarak da “biyokimya” adı kullanılmıştır.
Biyokimyanın üçüncü kökeni tıptır. Kimyasal olarak yönlendirilen hastalıklar, tıp
ile biyokimya arasındaki en önemli köprüdürler. Moleküler biyolojinin bir dalı
olan genetik de son yıllarda biyokimyanın başka bir kökeni durumuna gelmiştir.
Moleküler biyoloji terimi, temelde biyokimya ile veya biyokimyanın temel yaşam
olaylarını moleküler düzeyde açıklamaya çalışan bir dalı ile eş anlamlıdır.

21. yüzyılın biyolojik bilimler ve biyoteknoloji çağı
olacağı kabul edilmektedir. Bilim ve teknolojinin
amacı sağlıklı bir çevre ve sağlıklı bir yaşamdır.
Bu nedenle bugün hayal bile edilemeyecek
olanakların insanlığın hizmetine sunulmasında en
büyük pay gelecekte bu meslek üyelerinin
olacaktır. Son yılların Nobel bilim ödüllerinin
büyük oranda biyokimyasal çalışmalara verilmiş
olması bunun en güzel kanıtıdır. İş olanaklarının,
biyokimya, biyoteknoloji ve gen teknolojisinde
gözlenen gelişmelere paralel olarak yoğunlaşması
gelişmiş ülkelerde yayınlanan bilimsel
dergilerdeki iş ilanlarının büyük bir kısmının bu
alanlara yönelik oluşu ile kanıtlanmaktadır.

BİYOLOJİNİN
MİMARLARI
Hücre ilk defa 1665 yılında Robert Hooke tarafından
keşfedilmiştir. Robert Hooke şişe mantarından aldığı kesiti
mikroskopta incelemiş ve oda şeklinde yapılar görmüştür.
Gördüğü bu yapılara “HÜCRE” adını vermiştir.
Yaklaşık 200 yıl sonra Brawn (1831) bitki hücresinde çekirdeği
buldu. Purkinje, Schwann ve Mohl gibi araştırmacılar hücre
içindeki yapıya “Plazma” adını verdiler.
Daha sonra hücreyi dış
ortamdan ayıran bir
zar bulundu.
Böylece yavaş yavaş
canlıların hücrelerden
yapıldığı fikri
yayılmaya başladı.


1930 yılında
elektron
mikroskobu icat
edilmiştir.
Hücre konusunda
daha detaylı
incelemeler
yapılmıştır.
GENEL BİLGİLER
Canlıların temel yapı ve işlevsel birimi hücredir. Bütün canlılar bir
yada daha fazla hücreden meydana gelmiştir. Kalıtım materyali
hücrede bulunur. Yeni hücreler var olan hücrelerin çoğalması ile
oluşur.
Bu teoriyi şöyle açıklayabiliriz. Canlılarda gördüğümüz her türlü
yapısal ve işlevsel faaliyeti hücrede görebiliriz. Yani bir hücre
büyüme, boşaltım, üreme, hareket vs. gibi canlılığa özel işlevleri tek
başına yerine getirebilir.
Bütün canlılar hücrelerin bir araya gelmesiyle oluşmuştur. Tek bir
hücreden meydana gelen amip, terliksi hayvan ve milyarlarca
hücreden meydana gelen insan. Canlılığın en büyük özelliklerinden
birisi hücresel yapıya sahip olmalarıdır. Her türlü özelliğimizin
oluşmasını sağlayan kromozomlar hücrede bulunur.
Hücreler yaşayan organizmaların yapısal ve fonksiyonel birimleridir.
Hücreler küçük fakat kompleks yapılardır.
Hücre teorisi




Bütün canlılar hücrelerden
oluşmuştur.
Hücreler kendilerinden önce
yaşayan hücrelerden oluşurlar
Hücre içinde oluşan kimyasal
reaksiyonlar hücre içerisindeki
organeller ile gerçekleştirilir
Bütün hücrelerin ortak özelliği
benzer kimyasal reaksiyonların
olmasıdır.
Hücrenin şekli ve büyüklüğü





Hayvan ve bitkilerin
hücre ve şekilleri temel
yapılar hariç farklılıklar
gösterir
Görev ve kalıtsal
özelliğine bağlıdır.
Amip ve akyuvarlar..
0,2-0,5 mikron
büyüklüğünde bakteri
ve parazit
10 mikrondan
fazlamemeli hücreleri
Hücre şekli (biçimi), büyüklüğü ve içeriği
- Hücrelerin biçimleri, sitoplazmalarının akıcılığı,
yüzey gerilimleri, komşu
hücrelerin yaptıkları basınç ve hücre zarının
duyarlığıyla, yakın ilişkili olarak
değişebilir
- Hücreler şekil ve büyüklük (uzunluk ve hacim )
yönünden çok
- farklıdır genel olarak çapları 5 - 200 mikron
arasında değişebilir.
Örneğin : Beyaz kan hücresi - lenfosit = 8 - 9
mikron,
sinir hücresi - norosit = 5 - 140 mikron,
insan yumurtası - Oosit = 200 mikron
- hacimleri ise 200 - 15000 mikron küp arasındadır
- Hücrelerin şekil ve büyüklükleri, fonksiyonları ile
yakın ilişkilidir.
HÜCRENİN GENEL ÖZELLİKLERİ
Hücreler ortamdan ham materyali
alırlar.
Kalıtsal bilgiler DNA içinde
saklanır.
Enerji üretirler: Bu enerji iç ortam
dengesini sağlamak, ve sentez
reaksiyonlarını yürütmek için gereklidir.
Bilgi DNA dan proteinlere RNA
aracılığı ile geçer.
Kendi moleküllerini sentez ederler.
Organize bir şekilde büyürler.
Çevreden gelen uyarılara cevap
verirler.
Çoğalırlar.
Proteinler ribozomlar tarafından
yapılır.
Proteinler hücrenin fonksiyon ve
yapısını düzenlerler.
Bütün hücreler seçici geçirgen bir
zar olan plazma membranı ile
çevrilmiştir.
Canlılık hücreyle başlar. Doğada yaşayan canlıların tamamı
hücrelerden oluşmuştur. Canlılardan bazıları tek bir hücreden,
bazıları da çok sayıda hücreden oluşmuştur. Her canlıyı oluşturan
hücrelerin sayısı ve büyüklüğü aynı değildir. Canlıyı oluşturan
hücrelerin görevlerine göre şekli ve büyüklüğü farklı olabilir.
Canlı hücrelerle ilgili kimyasal olayların moleküler düzeyde tam
olarak anlaşılmasını sağlamak
Aşağıdaki şekillerde bitki ve hayvan hücresini
görmektesiniz. Bitki ve hayvan hücreleri arasında
bazı önemli farklar vardır. Şekilde de görüldüğü gibi
hayvan hücresi küre şeklinde, bitki hücresi ise köşeli
şekildedir. Ayrıca bitki hücresinde kloroplat
bulunurken hayvan hücresinde bulunmaz.
BİTKİ VE HAYVAN HÜCRESİ ARASINDAKİ FARKLAR
BİTKİ
HÜCRESİ
HAYVAN
HÜCRESİ
Hücre çeperi
Selüloz
Yoktur
Merkezi vakuol (koful)
Var
Yok
Plastid
Var
Yok
Tipik depo karbonhidratı
Nişasta
Glikojen
Sentrozom
Yok
Var
Bitki Hücresi
Hayvan Hücresi
Beyaz kan hücresi
(Eukaryotic)
Bakteri
(Prokaryotic)
HÜCRELERİ BİRBİRİNDEN AYIRAN ÖZELLİKLER
Hücreler arasında pek çok
benzerlik olmasına rağmen, çok
belirgin farklılıklar da vardır. Bu
farklılıklar hücreleri çeşitli ana
guruplara ayırmamıza yardımcı
olur. İki yaygın ana gurup
şunlardır.
ÖZELLİKLER
PROKARYOT
EUKARYOT
ÇEKİRDEK ZARI
YOK
VAR
ÇEKİRDEKCİK
YOK
VAR
DNA İÇERİĞİ
KÜÇÜK
BÜYÜK
BÜYÜKLÜK
KÜÇÜK
Prokaryotlar
Eukaryotlar
(Karyot=nükleus, Pro=önce,
Eu=gerçek anlamına gelmektedir.)
Prokaryotlarla Eukaryotlar
arsındaki farklılıklar ise Tabloda
gösterilmiştir.
BÜYÜK
Prokaryotlarla Eukaryotlar arasındaki en temel farklar prokaryotların bir nükleusa
(çekirdek) ve membrana bağlı organellerinin (birkaç istisna haricinde) olmamasıdır. Her
ikisinin de DNA sı, hücre zarı, ribozomları vardır.
HÜCRE
Hücre zarı
Sitoplazma
Çekirdek
ÇEKİRDEK (NUKLEUS)
Adındanda anlaşılacağı gibi nukleus hücrenin genellikle merkezinde
konumlanmıştır. Nukleus yapısı itibariyle bir zar ile kuşatılmıştır. Bu zarda
tıpkı hücrenin kendi zarındaki gibi porlar bulunur. Nukleusun içerisinde ise
DNA içeren kromatin iplikçikler bulunur. Bu iplikçikler hücre bölüneceği
zaman katlanmalar yaparak kromozomları meydana getirirler. Nukleus
genelde bir tane olmasına karşın bazı hücrelerde birden fazla sayıda
olabilir.
Nukleusun içerisinde bulunan sıvıya ise " Karyolenf sıvısı " adı
NUKLEUS
HÜCRE ZARI
Hücreyi koruyup dış etkenlerden izole eden yapı bildiğiniz gibi hücreyi saran
bir zardır. Zar denilen yapı insan kulağına gayet basit bir yapı gibi gelse de bir
hücre zarındaki yapılar bile insanı hayrete düşürmeye yetmektedir. Zarın yapısı
temelde yağ ve protein moleküllerinden oluşur. Fakat buna ilave olarak zar
üzerinde yardımcı birçok yapı vardır.
Mesela zar üzerinde iyon ve molekül pompaları bulunur. Bu pompalar hücrenin
dışındaki bir çok maddeyi hücre içine transfer etmekle görevlidir. Bazı özelleşmiş
proteinler ise zara homojen bir şekilde dağılarak çeşitli fonksiyonlar üstlenmiştir.
Bir zar nasıl olurda bir maddenin geçişine izin verirken diğerinin geçişini durdurur.
Bu halen tam olarak açıklık kazanamamış fizyolojik bir durumdur. Yapılan
araştırmalar, hücrenin zarının bile sanıldığından çok daha karmaşık bir yapıya sahip
olduğunu ortaya koymuştur.
Sitoplazma





Hücre zarı ile çekirdek arasını
dolduran bir sıvıdır.
Canlı
Renksiz
Yarı geçirgen,yarı saydam ve kolloid
Sitoplazmanın % 90’ını su oluşturur.
HÜCRENİN ORGANELLERİ
Hücreler ışık mikroskobu ile
incelendiği zaman, sitoplazma ve
çekirdek adı verilen iki bölümden
oluştuğu görülür. Ancak daha
büyük büyütme sağlayan elektron
mikroskobuyla
yapılan
incelemeler, hücrenin bir takım
alt
birimlerden,
hücre
organellerinden
oluştuğunu
ortaya
koymuştur.
Hücre
şunlardan oluşmuştur.
RİBOZOM
LİZOZOM
GOLGİ AYGITI
MİTOKONDRİ
ENDOPLAZMİK RETİKULUM
SENTROZOM
RİBOZOM
Ribozomlar proteinlerin sentez edildikleri yerdir. Protein sentezi için gerekli bilgi DNA
dadır, bu bilgi RNA ya transfer edilir, ve ribozomlarda RNA daki bu bilgiyle protein
yapılır. Bir hücre için protein sentezi çok önemlidir, bu yüzden de hücrede binlerce
ribozom bulunur. Ribozomlar ya sitoplazmada serbestçe yüzerler ya da endoplazmik
retikuluma bağlı olarak bulunur. Ribozomların membranı yoktur. Protein sentezlemedikleri
zaman 2 alt gurup halinde bulunurlar. Alt guruplar ribozomal RNA (rRNA) ve ribozomal
proteinlerden oluşur.
LİZOZOM
Lizozomlar 0,2 ila 2 n m çapında organellerdir. Hücreiçi sindirimi
sağlamak üzere yaklaşık 40 civarında enzim içerirler. Lizozom membranı
lizozomun hücreyi tümüyle sindirmesini önler. Bu enzimler için optimal pH
5 civarıdır. Lizozomlarda ATP hidrolizi ile çalışan H+ pompası vardır. Bu
sayede lizozomun pH I düşük tutularak enzimlerin etkin hale geçmesi
önlenir.
Mitokondri içerisinde cereyan
eden kimyasal olaylar oldukça
karmaşıktır.Hücrede bulunan
üç binin üzerindeki
enzimlerden ayrı olarak
mitokondri içerisine yüzlerce
enzim görev almıştır.
Mitokondri




Hücrenin enerji
santralidir.
Çift katlı zarla
çevrilidir
Dıştaki zar
mitokondriyi
sarar.
İçteki zar birçok
girinti çıkıntı
oluşturur.
GOLGİ AYGITI
Golgi kompleksi hem yapı hem de fonksiyon
yönünden endoplazmik retikulum ile yakından
ilişkilidir. Bu organel birbirine paralel bir dizi
membranöz kanaldan oluşur ve salgı yapan
hücrelerde iyi gelişmiştir. Golgi kompleksinin
fonksiyonu
endoplazmik
retikulumda
sentezlenen maddelere son şeklini vermek ve
bu maddeleri bir membranla çevrelemektir.
Ayrıca hücre zarının yenilenmesi ve yüzeyinin
genişletilmesi görevini de üstlenir.
Uzun zaman, pek önemli bir organel olmadığı
gerekçesiyle, dikkate alınmayan GA, son
zamanlarda
hücre
zannın
özgüllüğünü
saptamada önemli görev almaşı nedeniyle,
dikkatleri üzerine çekti. Çünkü hücre zannın
özgüllüğü karbonhidratlarla saptanmaktadır ve
karbonhidratlar da GA'nda sentezlenmektedir.
Bazı karbonhidratların, proteinler gibi kalıtsal
denetim altında sentezlendiğine ilişkin kanıtlar
vardır. Kan grupları ve immunokimyasal
incelemeler bunu göstermektedir.
GOLGİ
AYGITI
ENDOPLAZMİK RETİKULUM
Endoplazmik retikulum lipid, protein (ribozomlar aracılığı ile) ve kompleks
karbonhidratların yapım yeridir. Endoplazmik retikulum hücredeki toplam membranların
yarısından fazlasını oluşturur. Endoplazmik retikulum iki membrandan oluşur, iki membran
arasında kalan boşluğa endoplazmik retikulum lümeni denir. İki tip endoplazmik retikulum
vardır.
Granüllü Endoplazmik Retikulum: Üzerinde ribozomlar vardır. Sisterna denilen yassılaşmış
keseler şeklindedir.
Düz Endoplazmik Retikulum: Ribozomları yoktur, tüplerden oluşan bir ağ şeklindedir.
SENTROZOM
Bu organelde sadece hayvan hücrelerinde bulunur
kromozomların kutuplara taşınması görevini üstlenmiştir.
ve
bölünme
esnasında
Koful ( vakuol )



Artık maddelerin depolanmasını,
Bazı besinlerin sindirilmesini ve
Artık maddelerin dışarı atılmasını
gerçekleştirir.
Plastidler



Sadece bitki hücrelerinde görülür
Bitkiye renk veren yapılardır
Kloroplast,kromoplast ve lökoplast
olmak üzere üç kısma ayrılır.
PLASTİDLER
Kloroplast
Kromoplast
Lökoplast
Kloroplast
•
•
•
•
•
•
Bitkiye yeşil rengi verir.
İçerisinde klorofil bulunur.
Yapraklarda bol miktarda
bulunur.
Fotosentez ile besin üretmektir.
Fotosentez için gerekli enerji
kloroplastta üretilir.
Fotosentez solunum tersidir.
Kromoplast

Bitkiye diğer renklerini verir (
sarı,kırmızı vs. )
Lökoplast



Renksizdir
Işklı ortamda kloroplasta dönüşebilir
Depo organı olarak da görev yapar.
CANLILARIN
SINIFLANDIRILMASI

Sistematik veya
taksonomi:
canlıların
akrabalık
gelişimlerine
dayanarak
sınıflandıran
bilim dalına
sistematik veya
taksonomi denir
Virüsler




Aktif hareket etmez,
Büyümez,
Beslenmez,
Bölünmezler.
Canlı hücrelerin bilinen kimyasal yapı taşları










Organik maddeler
a) Karbonhidratlar
b) Proteinler, amino asitler ve peptitler
c) Enzimler
d) Lipidler
e) Nükleotidler ve nükleik asitler
f) Vitaminler
İnorganik maddeler
a) Mineraller
b) Su
Karbohidratlar, insan diyetinin en
önemli kısmını oluştururlar.
Karbonhidratların (CH2O)n
olan genel formülünde n sayısı 3 ile 10 arasında
değişmektedir.
Karbohidratlar,
vücudumuzda
-temel enerji sağlayıcıdırlar.
-iskelet eklemlerini kayganlaştırırlar ve
hücreler arası yapışmayı sağlarlar.
-yapısal ve koruyucu elemanlar olarak
fonksiyon görürler.
-Karbonhidratlar, vücutta lipidlerin, bazı
amino asitlerin, glikolipidlerin,
glikoproteinlerin ve proteoglikanların ön
maddesidir.
H
H
2
C
O
C
OH
3
HO C
H
H
Primer alkol
grubu
4
5
6
Aldehid grubu
H
C
OH
C
OH
CH2OH
D-glukoz
1
CH2OH
C O
Keton grubu
H C OH
4
HO C H
5
H C OH
6
CH2OH
D-fruktoz
Sekonder alkol
grubu
MONOSAKKARİTLER
Karbon sayılarına göre
Fonksiyonel gruplarına göre
Trioz (gliseraldehid 3-fosfat)
Tetroz (eritroz 4-fosfat)
Pentoz (riboz, ksiloz, ribüloz)
Heksoz (glukoz, fruktoz, galaktoz)
Heptoz (sedoheptüloz 7-fosfat)
Aldozlar
Glukoz
Galaktoz
Riboz
Ketozlar
Fruktoz
Ribüloz
Ksilüloz
•Kimyasal formülleri aynı olan monosakkaridler
(glukoz, fruktoz, galaktoz, mannoz) izomerler
olarak tanımlanmaktadır.
H
H
HO
H
H
1
2
3
4
5
6
C
C
C
O
OH
H
C
OH
C
OH
CH2OH
D-glukoz
H
H
HO
HO
H
1
2
3
4
5
C
C
C
C
C
O
OH
H
H
OH
6
CH2OH
D-galaktoz
H
HO
HO
H
H
1
2
3
4
5
6
1
C
C
C
C
C
O
2
H
H
OH
OH
CH2OH
D-mannoz
H
HO
H
3
4
5
6
CH2OH
C
O
C
OH
C
H
C
OH
CH2OH
D-fruktoz
Karbon atomuna dört farklı grup veya atomun
bağlanması ile asimetrik karbon
atomu ortaya çıkmaktadır.
En basit monosakkarid olan üç karbonlu gliseraldehidde bir asimetrik karbon bulunmaktadır.
H C O
HO C H
CH2OH
L-gliseraldehid
H C O
H C OH
CH2OH
D-gliseraldehid
Hidroksil grubu (-OH) sağda ise bileşik D-şeker,
solda ise L-şekerdir.
D-şekerler doğada yaygın olarak bulunmaktadır.
Dört asimetrik karbon atomu (2C, 3C, 4C, 5C)
olan aldoheksozun 16 steroizomeri vardır.
H C O
H C O
2
2
H C OH
H C OH
3
3
HO C H
HO C H
4
4
HO C H
HO C H
5
D-galaktoz
H C OH
CH2OH
5
L-galaktoz
HO C H
CH2OH
 D-Glukoz, D-mannoz ve D-galaktoz biyolojik sis-
temlerde yaygın olarak görülmektedir.
Aynı karbon atomuna sahip ketoeksozlarda daha
az sayıda asimetrik karbon bulunduğu için steroizomerlerin sayısı daha azdır.
Birbirinin ayna görüntüsüne sahip spesifik izomerler, enantiomerler olarak isimlendirilir.
CHO
CHO
H C
HO C
OH
HO C
H C
H
H
OH
H C
OH
HO C
H
H C
OH
HO C
H
CH2OH
CH2OH
L-Glukoz
D-Glukoz
Ayna
düzlemi
Bir D-şekerin enantiomeri daima bir L-şekerdir.
Spesifik bir karbon atomu çevresinde yapısal
farklılık gösteren iki monosakkarid, birbirlerinin
epimerleridir.
1
1
H C O
H C O
2
HO C H
3
HO C H
4
H C OH
5
H C OH
6
CH2OH
D-mannoz
1
C2 epimerler
H C O
2
2
H C OH
H C OH
3
3
HO C H
4
H C OH
5
H C OH
6
CH2OH
D-glukoz
HO C H
C4 epimerler
4
HO C H
5
H C OH
6
CH2OH
D-galaktoz
H
H
Fisher gösterimi HO
H
H
Haworth gösterimi
1
2
3
4
5
6
1
C
C
O
OH
1
H C OH
H C OH
2
2
HO C OH
H C OH
3
C
H
C
OH
C
OH
3
O HO C H
HO C H
4
4
H C
H C OH
5
5
H C OH
H C
6
CH2OH
O
6
CH2OH
CH2OH
6
CH2OH
5
6 CH OH
2
5
4
HO
HO CH
O
1
O
1
4
OH
3
2
OH
OH
OH
3
OH
2
OH
-D-glukopiranoz -D-glukofuranoz
•D-glukoz, ikisi halka yapısında olmak üzere üç
şekilde bulunmaktadır.
•Halka yapısında oluşan yeni asimetrik karbon
atomuna bağlı -OH grubu sağda ise -D-glukoz,
solda ise -D-glukoz meydana gelmektedir.
1
1
H C OH
2
2
H C OH
HO C H
3
3
HO C H O
4
H C OH
5
H C
6
H C O
CH2OH
-D-glukoz
(% 36)
HO C H
4
H C OH
5
H C OH
6
CH2OH
D-glukoz
(% 0.02)
1
HO C H
2
H C OH
3
HO C H O
4
H C OH
5
H C
6
CH2OH
-D-glukoz
(% 64)
Monosakkaritlerde halkalı yapı oluşmakla
fazladan bir asimetrik karbon atomu ortaya
çıkmış olmaktadır. Bu asimetrik karbon
atomları, anomerik karbon diye
adlandırılırlar.
Anomeric carbon
63
Polarize ışık düzlemini sağa çeviren şekerler
(+, dekstrarotator), sola çevirenler ise (-, levorotator) olarak tanımlanmaktadır.
D-glukoz suda çözündüğünde polarize ışık
düzleminin optik rotasyonu 112,2 değerinden
52.7 değerine yavaş yavaş değişmektedir.
Polarize ışık düzleminin optik rotasyonunun
değişmesine yol açan bu olay mutarotasyon
olarak tanımlanmaktadır.
CH2OH
CH2OH
O
5
4
OH
1
OH
3
5
2
OH
-D(+)-Glukoz
4
OH
OH
O
1
OH
3
OH
2
OH
-D(+)-Glukoz
Genel olarak, n sayıda asimetrik karbon atomu içeren bir molekülün
2n sayıda stereoizomeri vardır.
Halkalı yapıda 1. karbon atomlarının da asimetrik olması sonucu bir
aldoheksozun toplam 5 asimetrik karbon atomu ve dolayısıyla 2n =
25 = 32 stereoizomeri vardır.
65
Monosakkaritlerin birbirlerinden yalnızca
anomerik karbondaki konfigürasyon
bakımından farklı - ve - formları
anomerler diye adlandırılırlar.
D-Glukozun - ve - formları, polarize
ışığın düzlemini aynı yöne fakat farklı
derecelerde çevirirler. Örneğin -D-Glukoz
112o sağa (+) çevirir; -D-Glukoz ise 19o
66
GLİKOZİDLER
•Bir monosakkaridin anomerik karbon atomunun
hidroksil grubu ile bir monosakkarid veya bir
başka bileşik (aglikon) glikozidleri oluşturur.
CH2OH
O H
H
H
OH
HO
*
H
OH
H
OH
D-Glukoz
Anomerik karbon
Hemiasetal hidroksili
DİSAKKARİDLER
 Bir monosakkaridin, bir diğer monosakkaridin
hidroksil grubuna glikozidik bağ ile bağlanması
sonucu disakkaridler oluşur.
• Fizyolojik önem taşıyan disakkaridler arasında
maltoz ve sellobioz (glukoz+glukoz), laktoz
(glukoz+galaktoz) ve sakkaroz (glukoz+fruktoz)
bulunmaktadır.
Maltoz
Nişastanın hidrolizi sonucu oluşan maltoz, iki Dglukozun -glikozidik bağ ile bağlanması sonucu
meydana gelmektedir.
CH2OH
CH2OH
H
4
HO
5
H
OH
3
O H
H
1
H
4H
*
OH
O
2
H
OH
Glukoz
5
3
O H
H
2
1
OH
H
OH
Glukoz
(1,4) glukozidik bağ
*
Maltoz
Sakkaroz
Doğada en yaygın disakkarid olan sakkarozun
monosakkaridleri D-glukoz ve D-fruktozdur.
6 CH OH
2
H
4
HO
5
H
OH
3
1
HO
O H
H
CH2 O
5
2
H
1
H
*
6
O
2
H
OH
Glukoz
HO
3
4
OH
H
Fruktoz
(1,2) glukozidik bağ
CH2OH
POLİSAKKARİDLER
Aynı monosakkaridler homopolisakkaridleri, farklı monosakkaridler ise heteropolisakkaridleri
oluşturmaktadır.
Bitki ve mantarlarda bulunan nişasta ve seluloz
ile hayvanlardaki glikojen, glukoz
homopolisakkarididir.
•Böceklerin kabuklarında yer alan kitin, N-asetilD-glukozamin homopolisakkarididir.
Selüloz
• Bitki hücre duvarı polisakkaridi olan selüloz
yapısında < 3 000 glukoz bulunmaktadır.
CH2OH
O
H
H
OH
H
H
H
OH
H
OH
O
CH2OH
H
OH
H
H
H
O
CH2OH
O
H
H
OH
H
H
H
OH
O
H
OH
O
SELÜLOZ
CH2OH
H
OH
H
H
H
O
CH2OH
O
H
H
OH
H
O
H
H
HO
Amino asitler
• Proteinlerin temel yapıtasıdır.
• Proteinlerin üç boyutlu yapısını belirler.
• proteinler 20 farklı a.a. ten meydana gelir.
• Proteinlerin içerisinde farklı sayıda ve
dizide bulunan amino asitler farklı yapıda
ve fonksiyonda binlerce çesit protein
olusumuna neden olur.
Amino asitler, yapılarında amino -NH2 ve
karboksilik asit -COOH gruplarını içeren
moleküllerdir ve canlılarda çok değişik
fonksiyonlara sahiptirler. Genelde biz onları
sadece proteinlerin monomerleri olarak
biliriz ama doğada bulunan 300 amino
asidin yalnızca 20'si proteinlerde bulunur.
*Protein yapısına giren amino asitler:
Standart (primer, normal)
*Standart olmayan amino asitler:
- Modifiye amino asitler
-Protein yapısına girmeyenler
Aminoasitlerin kovalent bağlarla uç uca eklenmesiyle
oluşturdukları kısa polimer zincirler "peptid", uzun
polimer zincirler ise "polipeptid" veya "protein" olarak
adlandırılırlar. Hücre içerisinde ribozomlar, RNA
moleküllerini kalıp olarak kullanarak aminositleri uç
uca ekleyerek proteinleri sentezlerler.
Polipeptidin ana zinciri, her amino asit için aynı olan
grupların birleşimidir. Yan zincir veya R grubu ise, αkarbonuna bağlıdır ve 20 amino asitin her birinde farklıdır.
Bu farklılık, proteinin kendine özgü oldukça değişik yapıları
ve aktiviteleri kazandırır. Tüm amino asit yan zincirleri bir
arada düşünüldüğünde, artı veya eksi yüklüden hidrofobiğe
kadar oldukça fazla çeşitli yapısal özellikler gösterirler.
Ayrıca bu yan zincirler, oldukça farklı çeşitlilikte kovalent ve
nonkovalent bağların yapısına katılabilirler.
Standart amino asitlerin
sınıflandırılması





Apolar, alifatik R gruplu amino asitler
Genellikle apolar, aromatik R gruplu
amino asitler
Polar, fakat yüksüz R gruplu amino
asitler
Negatif yüklü R gruplu amino asitler
Pozitif yüklü R gruplu amino asitler
Apolar, alifatik R gruplu amino asitler
Apolar aminoasitler, yan zincirlerinde
hidrofobik özellik gösteren radikal grup
bulundururlar. Elektrostatik bağlar
yapamayan amino asitlerdir. Yan
zincirlerinde, genellikle oksijen veya azot
yoktur. Van der Waals kuvvetleri ve
hidrofobik etkileşimler sayesinde bir arada
tutunurlar.
R grubu gittikçe büyüdüğünden, AAler
daha çok hidrofobik özellik kazanır
Hidrofobik A.A. ler
protein yapısı içerisinde, su ile temas
etmeyecekleri bir ortamda bulunurlar
Genellikle apolar, aromatik R gruplu
amino asitler
Polar, fakat yüksüz R gruplu amino asitler
Polar yüksüz aminoasitler, nötral
pH'da yüksüzdürler. Bu gruptaki
amino asitlerin yan zincirleri zayıf asit
ve bazlardır. Fizyolojik pH’da
tamamen yüklü değildirler, ancak
kısmi artı (+) ve eksi (-) yükler
içerirler. Bu sebeple, su da dahil
olmak üzere, diğer moleküllerle Hbağı yapabilirler. Genelde oldukça
reaktif amino asitlerdir.
Negatif yüklü R gruplu amino asitler
negatif yüklüdürler ve asidik özellik
gösterirler
Pozitif yüklü R gruplu amino asitler
Polar bazik aminoasitler, yan zincirlerinde proton alıcı
moleküller taşırlar.
Proteinler, amino asidlerin “lineer”
polimerleridir
Protoplazmanın yapısal bilesenidirler.
Enzim olarak görev yaparlar.
Besin maddelerinde bulunan proteinler, hücresel
proteinlerin sentezi için gerekli yapıtasları olan a. asitlerin
kaynagını olustururlar.
Organik ve inorganik bir çok maddenin tasınmasında rol
oynarlar.
Bazı proteinler veya peptitler hormon olarak iş görmektedir
Karmasık proteinler seklinde düzenlenerek antikorları
olustururlar.
Nükleik asitlerle birlikte virüsleri olustururlar.
Bir yada daha fazla amino asitin kendi aralarında asitamid bağı (peptid bağı) ile birleşmesinden meydana
gelmiş yapılara pepdit adı verilir. Pepdit bağları ile
birleşen aminoasitler proteinleri oluşturur.




Proteinler, peptid bağı ile bağlanmış
amino asid polimerleridir
Proteinlerde, en çok dört yapı düzeyi
vardır
Proteinler, şekillerine göre lifsel ve
globüler olabilirler
Proteinlerin çok çeşitli biyolojik
fonksiyonları vardır
1 - Katalizör Proteinler : Biyolojik sistemlerde hemen
hemen tüm kimyasal reaksiyonlar enzim denen spesifik
makromoleküllerle katalizlenirler. Bu reaksiyonların bazıları
CO2’in hidrasyonundaki gibi oldukça basittir, diğer bazıları
ise, kromozom replikasyonundaki gibi oldukça karmaşıktır.
Enzimler çok büyük bir katalitik güç oluştururlar ve
reaksiyonların hızını en az bir milyon kez arttırırlar. Yaklaşık
1000 kadar enzim karakterize edilmiş ve bunlardan bazıları
kristalize edilmiştir. Pepsin, tripsin, kimotripsin, lipaz,
amilaz ve ribonükleaz mide-bağırsak kanalının sindirim
enzimleri olarak sırasıyla proteinleri, yağları, şekerleri ve
nükleik asitleri parçalama yeteneğindedirler. Bilinen
enzimlerin tümü proteindir. Böylece proteinler biyolojik
sistemlerde kimyasal dönüşümlerin gerçekleşmesinde
yekpare rol oynarlar. Hücre proteinlerinin en büyük kısmını
enzimler oluşturur. Bunlar hücrede kısmen eriyebilir şekilde
kısmen de yapıya bağlı halde bulunurlar. Memeli hayvan
karaciğerinde bilinen enzimlerin sayısı o kadar fazladır ki
hücre proteininin hemen hemen tümünü temsil ederler. Tek
hücreli E.coli’de 2500 kadar enzim bulunduğu
sanılmaktadır.


2 - Taşıyıcı ve Depolayıcı Proteinler : Bazı küçük
moleküller ve iyonlar spesifik proteinlerle
taşınırlar. Örneğin, hemoglobin eritrositlerde 02 i
kaslara taşır. Demir kan plazmasında transferrin
ile taşınır ve karaciğerde farklı bir protein olan
ferritin ile kompleks oluşturarak depolanır.
Yumurtada ovalbumin, sütte kazein, mısırda zein
ve bağday tohumunda gliadin amino asit deposu
fonksiyonu gören besinsel proteinlerdir.

3 - Koordineli Hareketten Sorumlu Proteinler :
Kasın en büyük kurucusu proteindir. Kas
kasılması aktin ve miyozin denen iki cins protein
flamentinin birbiri üzerinde kaymasıyla birliktedir.
Mikroskopik bakıda, kromozomların mitoz
safhasındaki hareketleri ve spermlerin kamçıları
ile hareketleri de proteinlerin kasılma hareketiyle
meydana gelirler. Kirpiklerin ve flagella’ların
hareketi dyneinadlı protein ile mümkündür.

4 - Mekanik Destek Sağlayıcı
Proteinler : Deri ve kemiğin yüksek
taşıma gücü yapısında bulunan fibröz
bir protein olan kollagen ile ilgilidir.
Deri bu sayede gergin durur ve
kemikler bu sayede uyumlu bir
bağlantı sağlarlar. Fibronektin ve
integrinler hücre dışı matriks
proteinleri olarak hücrelerin matrikse
bağlanmalarına aracılık ederler.

Büyüme ve Farklılaşmanın Kontrolünden SoRumlu
Proteinler (REgülatör Proteinler) : Genetik bilginin
bir sıra dahilinde kontrol edilmesi hücrelerin
düzenli büyümesi ve farklılaşması için zorunludur.
Bakteride repressör proteinler (E.coli'de catabolitgen aktivatör protein, CAP vb) önemli kontrol
elemanlarıdır. Bunlar hücre DNA’sının spesifik
segmentleridir. Yüksek organizmalarda büyüme
ve farklılaşma büyüme faktörü proteinler
tarafından kontrol edilir. Örneğin sinir büyüme
faktörü sinir ağının oluşumunu yönetir.
Enzimler, canlı dokuların bileşiminde az miktarda bulunan, fakat çok önemli rolleri
olan organik katalizörlerdir.Yapılarını esas olarak proteinler oluşturduğu için,
enzimlere metabolik proteinler de denmektedir.Canlı hücrenin bütün fonksiyonları
enzimlerle sağlandığından ; yaşama, bir anlamda birbirini izleyen enzimatik
tepkimeler bütünü de denilebilir.O halde,enzimler olmasaydı biyokimyasal
değişmelerin hemen hepsi yaşa hızını ayak uyduramaz başka bir değişle canlılık
olmazdı.
Bir biyolojik sistemde meydana gelen tepkimeleri ,laboratuarda oluşturmak
istersek,karşımıza çok yüksek sıcaklık , basınç gibi birtakım fizikokimyasal
yöntemlerin uygulanması gibi sorunlar ortaya çıkar. Bu fizikokimyasal yöntemlerin
uygulanması halinde bile,reaksiyonların birçoğu izlenemeyecek derecede yavaş
seyreder. Oysa ki biyolojik sistemlerde bu tepkimeler öylesine kolay ve hızlı
olmaktadır ki; örneğin karbonhidrat ,protein ve yağlar ancak derişik asit, ya da
bazik çözeltilerde kaynatılarak hidroliz edilmesine karşın; bu maddeler, sindirim
sisteminde çok daha yumuşak koşullarda ve 370C hidroliz olabilmektedir. O halde
biyolojik sistemlerde tepkimelerin kolay ve hızlı oluşmasına destek veren ya da
aracı olan birtakım yapıların olması gerekir. İşte bu işlevleri yürüten organik
maddeler enzim adı verilen biyolojik katalizörlerdir. Enzimler reaksiyonları
hızlandıran ve reaksiyon sonunda değişmeden çıkan maddelerdir. Katalizörlerin
çok azı dahi çok iş görür ve bu moleküller tekrar tekrar kullanılabilir.
Download