2 nolu ürün: Yeni nesil diziletme Diziletme hayvan mitokondri

2 nolu ürün: Yeni nesil diziletme
Diziletme hayvan mitokondri genomunu hedeflemekte olup 16-17kbazlık bölgenin elde edilmesi
amaçlamaktadır. Bu hizmet alım için gerekli şartlar aşağıda belirtilmiştir.
 Mitokondri çalışmalarının kütüphane hazırlama basamakları illumina Nextera XT kiti yardımı ile
gerçekleştirilmeli.
 Hazırlanan kütüphane, illumina MiSeq yeni nesil dizileme platformları ile yapılmalı.
 Örnek başına yaklaşık 1000000 okuma (2x250bp) oluşturulmalı.
 Okumalar ardından mitokondri genomu oluşturulacak şekilde de novo assembly ile
birleştirilerek mitokondri genom dizisi elde edilmeli.
 Çalışma süresi, DNA’nın teslim edilmesini takiben 3-4 hafta olmalı.
 Genom dizileme çalışmasında kütüphane hazırlama basamakları Truseq DNA kiti ile
gerçekleştirilmeli.
 Hazırlanacak kütüphane, illumina NextSeq kullanılarak dizilenmeli.
 Ortalama 30x okuma derinliği ile dizileme gerçekleştirilmeli.
 Elde edilecek okumalar, referans genom üzerine hizalanarak genom dizisi raporlanmalı.
 Çalışma süresi DNA’nın teslim edilmesini takiben en fazla 5-6 hafta olmalıdır.