10.10.2007 DNA: YAPISI PAKETLENME VE ORGANĐZASYONU Doç. Dr. Hilal Özdağ A.Ü Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarı Tel: 2225826/202 Eposta: hilalozdag@gmail.com Central Dogma Transkripsiyon DNA Translasyon RNA Protein Replikasyon 1 10.10.2007 Griffith 1928 AVERY VE ARK. (1943) 2 10.10.2007 HERSHEY VE CHASE 1952 -Deoksiriboz şeker -Azotlu bazlar -Fosfat grubu 3 10.10.2007 DNA zincirleri eşlenik ve antiparaleldir 4 10.10.2007 DNA’nın üç helikal formu Yüksek Tuz Fizyolojik konsantrasyonu Koşullarda Nadiren DNA’nın Erimesi (Melting) 5 10.10.2007 DNA moleküllerinin kararlılığı baz bileşimine ve çözeltinin iyonik direncine bağlıdır Denatüre olan DNA zincirlerinin yeniden biraraya gelmesi (reannealing) 6 10.10.2007 Çeşitli organizmaların genomlarının ebadı Organizma Baz çifti Uzunluk (µm) Viruses SV40 5,000 2 λ 50,000 17 Vaccinia 240,000 82 Prokaryotes Mycoplasma 760,000 260 E. coli 4,500,000 1,500 Eukaryotes Maya 13,000,000 4,400 Drosophila 140,000,000 48,000 Đnsan 3,200,000,000 920,000 HÜCRE DÖNGÜSÜ 7 10.10.2007 05_17_cell cycle.jpg 05_18_mitosis.jpg 8 10.10.2007 05_13_chromo_banding.jpg G-bantları: Giemsa boyama -A:T rich R-bandları: “Reverse” -G:C rich 9 10.10.2007 Kromozomal paketlenmenin alt birimi nükleozomlardır. Nükleozomlar DNA ve histon proteinlerinden oluşur. Kromozomal paketlenmenin alt birimi nükleozomlardır. Nükleozomlar DNA ve histon proteinlerinden oluşur. 10 10.10.2007 Nükleozom kromatinin temel birimidir. Molecular Biology of the Cell by Alberts et al. Interfaz Mitoz 05_20_less compact.jpg 11 10.10.2007 05_21_Nucleosomes.jpg 30 nm fibre 12 10.10.2007 05_22_8_histone.jpg • SUPERCOIL 13 10.10.2007 DNA histon kompleksi etrafından 1.65 tur atar. 05_23_histone core.jpg **Histon kuyruğu 05_25_zigzag model.jpg 14 10.10.2007 Genom kompakt yapısını kazanırken DNA paketlenme ile 10.000 kez küçülür. Molecular Biology of the Cell by Alberts et al. 15 10.10.2007 Mitotik kromozomlar Mitotik kromozomlardaki paketlenme yapılanması: Nonhiston iskelet/çatı proteinleri 16 10.10.2007 METAFAZDA KROMOZOMLAR Karyotipte elde edilen bantlar tekrar elde edilebilirdir. Genlerin yerlerine yerleştirilmesinde kullanılır. 17 10.10.2007 Heterokromatin-Ökromatin • Heterokromatin koyu renkli • Ökromatin açık renklidir. Yeni transkribe olan rRNA’ların elektron mikroskoptaki görüntüsü 18 10.10.2007 Histon Kodu K = lys 19 10.10.2007 Histon Asetiltransferazlar Histon deasetilazlar ve Histon metiltransferazlar HDAC2 Rb Rb HDAC1 Transkripsiyon KAPALI Lys deAc E2F Transkripsiyon AÇIK 20 10.10.2007 21 10.10.2007 22