Doku/Organ Spesifik Mikrosatellit DNA Gen İçeriklerinin Capsicum

Doku/Organ Spesifik Mikrosatellit DNA Gen İçeriklerinin Capsicum cDNA
Kütüphanelerinde In Silico ve In Vitro Yaklaşımlarla Belirlenmesi
Proje Yürütücüsü: Doç. Dr. A. Naci ONUS
PROJENİN TÜRKÇE ÖZETİ
Yaşamın en önemli molekülü olan DNA keşfedilmesinden sonra insanoğlunu yapısı
ve fonksiyonuyla etkilemiştir. Günümüze değin genomik DNA ve cDNA’nın önemli bir
bölümünün değişik motifte ve değişik uzunluklarda tekrarlı DNA’lardan oluştuğu
bilinmektedir. DNA üzerinde bulunan bu ardışık tekrarlı DNA dizileri, ilk keşfedildiklerinde
bazı bilim adamları tarafından işe yaramayan diziler olarak nitelendirilmişlerse de son
yıllarda yapılan çalışmalarda bu dizilerdeki değişikliklerin özellikle insanda görülen sinir
sistemi ile ilgili hastalıklarda etkin olduğu, diğer bazı organizmalarda da gen ifadesinde yer
aldığı ve bazı durumlarda ise kodladığı protein üzerinde önemli etkileri olduğu gözlenmiştir.
Uzun bir süredir bu ardışık tekrarlı DNA dizilerinin genomik DNA boyunca düzenli dağılımı
bilinmektedir. Ancak yakın bir zamanda yapmış olduğumuz çalışmalarda Gen Bankasında
bulunan EST sekanslarında ardışık tekrarlı DNA dizilerinin hem organizma bazında hem
de organ, doku ve gelişme dönemlerinde varoluş ve dağılımlarında önemli farklılıkların
olduğu gözlemlenmiştir. Ancak bu Gen Bankası verilerin laboratuvar çalışmalarıyla
desteklenmesi gerekmektedir.
Bu proje kapsamında biber (Capsicum annuum L.) bitkisi kullanılarak, ardışık
tekrarlı DNA dizilerinin organizma, doku ve gelişme dönemlerindeki dağılım ve
fonksiyonları
incelenecektir.
Ardışık
tekrarlı
DNA’ların
özellikle
mikrosatellit
ve
minisatellitlerin varlıklarının ve dağılımlarının organ, doku ve gelişme dönemlerinde
farklılıklar gösterdiği laboratuvar ortamında teyit edilebilirse, bu özel DNA dizilerinin
fonksiyonları ve kullanım alanlarının belirlenmesinde büyük katkılar sağlanabilecektir.
Örneğin genetik haritalamalarda, markır yardımıyla seleksiyonda herhangi bir DNA
parçacığının varlığı yada yokluğu yerine geni göstereceğinden, geleneksel markır
sistemlerinden daha etkin bir şekilde kullanım olanağı sağlanabilecektir.
PROJENİN İNGİLİZCE ÖZETİ
After its discovery DNA, the most important molecule of life, has influenced human
being with its structure and functions. To date it is known that a significant portion of
genomic and cDNA consist of repeating motifs of various sizes, varying from very small to
very large nucleotides. Although upon their discovery, these tandemly repeated DNAs
were considered unimportant, recent studies indicated that changes in these sequences
have been related with some human neurological diseases and other studies in some
organisms revealed that some of these tandem repeats were in the transcribed region
while some others were translated into the proteins. It is long before known that these
tandemly repeated DNA sequences are randomly distributed through the genomes.
However, our recent studies using the GenBank EST sequences indicated that the
occurrence and distribution of these tandemly repeated DNA sequences showed
considerable variation among organisms, organ, tissue and development stages. But these
GenBank results need to be confirmed experimentally in laboratory.
In this study using pepper (Capsicum annuum L.) plants, functions and distribution
of expressed tandemly repeated DNA sequences among organism, organ, tissue and
development stages using in vitro and in silico methods will be studied. Experimental
confirmation of differential occurrence and distribution of tandemly repeated DNA
sequences especially those microsatellites among organism, organ, tissue and
development stages will be useful in understanding the functions and usage of these
tandem repeats. For instance in marker assisted selection studies, since transcribed
sequences are the marker; their presence or absence would show the real gene, unlike
that of the conventional DNA markers.