12. Plasmidler
advertisement
PLASMİDLER •Bir çok bakteri, kromozomlarından hariç, plasmid olarak adlandırılan küçük non-kromozomal DNA moleküllerine sahiptir. •Plasmidler, genellikle 5 ile 100 gen içerirler •Plasmidler, normal bakteriyel üreme için çok gerekli değildir bu yüzden kayıpları bakteriye zarar vermez. Ancak, bazı çevresel koşullar altında bakterilere bazı avantaj sağlarlar •Plasmidler küçük, çift iplikçikli, helikal non-kromozomal DNA molekülleridir. •Plasmidler, kromozomal DNA tarafından kodlanmayan, birkaç proteinin sentezi için gerekli kodları taşırlar. •Kromozomal DNA gibi, plazmidi meydana getiren çift iplikçikli DNA molekülünün iki ucu bir daire oluşturacak şekilde kovalent olarak bağlanır. Bakterilerin çoğunda supercoiled formdadır ancak bazı türlerde lineer formda da olabilir. Replikasyon: Bir plasmidin replikasyonu için bazı diziler gereklidir. Bu dizilere replikasyon orijini denir. •Plasmidlerin replikasyon orjini oriV olarak adlandırılır. Kopya sayısı; Her bir hücrede bulunan plasmid sayısıdır. Genellikle iki gruba ayrılılar •Düşük kopya sayılı plasmidler, F plasmidi ve diğer büyük plasmidler gibi bir hücrede 1-2 tane bulunurlar. •Yüksek kopya sayılı plasmidler, genellikle daha küçük plasmidlerdir (<10 kb). Bir hücrede 40 yada daha fazla sayıda olabilirler. Paylaştırma (partition) mekanizması, hücre bölünmesi sırasında oluşan her yavru hücrenin plasmide sahip olmasına yardım eder. Plasmidler Tarafıdan Kodlanan Bazı Özellikler Bazı gram-negatif bakterilerde bulunan R-plasmidleri hem birden fazla antibiyotiğe direnç sağlayan, hemde kojugasyon pilusunun üretimi için gerekli genleri taşır. Konjugasyon işleminde, konjugasyon pilusu R-plasmidinin bir kopyasının bir bakteriden başka bir bakteriye transferine imkan verir böylece o bakterininde birden fazla antibiyotiğe dirençli olmasını ve konjugasyon pilusu üretebilmesini sağlar. Buna ilave olarak, •Bazı ağır metallere direnç, •Bakteriosin üretimi, •Substrat katabolizması, •Virulens faktörleri (tetanoz exotoksini, Escherichia coli enterotoxini gibi bazı exotoksinler de) plasmidler tarafından kodlanırlar. Plasmid Moleküllerinin İzolasyonu; izolasyon metotları, bir plasmid molekülünün küçük, sirküler ve supercoiled formda olmasının avantajlarından faydalanırlar. Plasmid izolsayonu için bir çok metot kullanılmaktadır. TRANSPOZONLAR Transpozonlar, DNA üzerinde hareket edebilme yeteneğine sahip olan genetik elementlerdir (non-homologus rekombinasyon ile). •Prokaryotik ve ökaryotik organizmalarda fazlaca bulunurlar, •Plasmidler veya DNA üzerinde taşınabilirler, •Üzerinde DNA üzerinde yer değiştirmesini sağlayan transpozisyon enzimini (transposase) kodlayan gen bulunur. •Replikasyonları konakçı hücreye bağımlıdır (plasmidler ve kromozom gibi otonom replikasyon yetenekleri yoktur). •Her bir uçta 15-1700 nükleotit uzunluğunda inverted-repeat (tersine tekrar) dizileri vardır. Transpozonların özellikleri •Bir kromozomdan diğerine, aynı kromozom üzerinde bir bölgeden başka bir bölgeye, kromozom ile plasmid veya iki plasmid arasında yer değiştirebilen, kendi transferini sağlayabilen küçük, lineer ve çift iplikçikli DNA sekanslarıdır. •Konjugasyon fonksiyonlarını kodlayabilirler •Transpozisyondan başka, antibiyotiklere ve ağır metallere direnç ve substrat katabolizması gibi diğer fonksiyonları kodlayan genleri taşıyabilirler. •Yukarıdaki özellikjlerinden dolayı, transpozonlar antibiyotik direncinin hızla yayılmasına neden olabilirler
