malın/hizmetin cinsi - Eskişehir Osmangazi Üniversitesi

T.C.
ESKİŞEHİR OSMANGAZİ ÜNİVERSİTESİ REKTÖRLÜĞÜ
İDARİ VE MALİ İŞLER DAİRE BAŞKANLIĞI
BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ SATINALMA ŞUBE MÜDÜRLÜĞÜ
Sayı
Konu
: 59348463-604-01-02 [SP.2.10]/ 2587
: Doğrudan Temin Teklif Belgesi
GÜNLÜDÜR
17 /09/2014
ESKİŞEHİR
4734 sayılı KİK.nun 3. Md.nin (f) bendi uyarınca yürütülen ve desteklenen araştırma-geliştirme projeleri için
gerekli mal ve hizmetlerin alımları için düzenlenen esas ve usullerin (21/d) Md.ne göre doğrudan temin usûlü ile alımı
yapılacak olan aşağıda cins ve miktarı yazılı malzemeler / cihazlar için KDV Hariç tekliflerinizi en geç 23 / 09 / 2014 tarih ve
saat.16.30’a kadar aşağıdaki bilgiler dâhilinde Üniversitemiz Bilimsel Araştırma Projeleri Satınalma Birimine vermenizi rica
ederim.
Ali KANBER
Satınalma Şube Müdürü
S.
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
MİKT.
2 kutu
1 kutu
1 kutu
2 kutu
2 kutu
2 kutu
3 kutu
1 kutu
3 kutu
2 kutu
2 kutu
MALIN/HİZMETİN CİNSİ
BİRİM
FİYATI
TOPLAM
TUTAR
RNeasy Plus Mini Kit
RT First Strand Kit
RT Strand Kit
RT qPCR Primer Assay
PCR master mix
Qiamp DNA mini Kit
EpiTect Bisulfite Kit
METBN-0,02/Standard Primer
EpiTect HRM PCR Kit
EpiTect Control DNA, unmethylated
EpiTect Control DNA, methylated
Not:Teknik Şartnamesi vardır.
Şartnameler 0 222 239 37 50 /5527 ‘den temin edebilirsiniz
NOTLAR: 2014/11A211 kod nolu proje için, teklifler 23 / 09 / 2014 saat 16.30’a kadar ESOGÜ.Bilimsel Araştırmalar
Birimi Satın alma Servisine elden veya kargo ile getirilmelidir. Teklif mektubuyla beraber teknik şartnameye cevaplar
ile katalog, broşür vb. belgeler verilmelidir.
kaç günde teslim edileceği belirtilecektir.
KISMİ TEKLİF VERİLEBİLİR. ALTERNATİF TEKLİF VERİLMEYECEKTİR. Teklif edilen cihazların
markaları ve modelleri teklif mektubunda ayrıntılı olarak belirtilmelidir.
ilerinden birbirini teyit etmeyen ve yukarıdaki şartları
taşımayan teklif mektupları değerlendirmeye alınmaz.
Malzemeler İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığına bilgi verilerek, elden teslim edilmelidir. (Kargo Teslimatı Kabul
Edilmeyecektir.)
Malzeme teslim irtibat numarası : 0 222 239 37 97 / 0 222 239 59 56 / 0 222 239 37 50 - 5501
İdari bilgi için= Tel: 0 222 239 37 50-5526-5527 Fax: 0 222 239 39 03
Teknik Bilgi için: Tıp Fak.Hematoloji BD.Doç.Dr.Eren GÜNDÜZ /0222 239 29 79 /
Adres:Meşelik Kampüsü-ESKİŞEHİR Tel:0.222.2393750-5525-5526 Fax:0.222.2393903 Bil.Arş Prj.
Satınalma Şubesi http.www.ogu.edu.tr/~ihal
TEKNİK ŞARTNAME
Makine-Teçhizat
1.
Teknik Özellikleri:
Sayfa 26
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
1. RNeasy Plus Mini Kit
Teknik Özellikleri:
a) Kit ile hücre, doku ve mayalardan total RNA izolasyonu yapılabilmelidir.
b) Kit ile elde edilen RNA'lar 200 bp'den büyük olmalıdır.
c) Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır.
d) Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
e) Başlangıç materyali olarak en fazla 1x107 hücre, 3 mg doku, 5x107 maya kullanılabilmelidir
f) Kit prosedürü örneğin lize edilmesi, RNA'nın kolona bağlanması, yıkama ve elusyon basamaklarından
oluşmalıdır.
g) Kit ile elde edilen ürün miktarı lxl6 hücreden 1-35ug, 1 mg dokudan 1-6 ug, 1x107 maya hücresinden
25 mg olmalıdır.
h) Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı tüpler haricinde ekstra tüpe ihtiyaç
duyulmadan prosedürün basamaklan arasındaki tüp ihtiyaçları kitin içerisinden sağlanmalıdır.
i) Kit içerisinde test miktar kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml' lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j) Kit ile elde edilen ürünler RT-PCR, Q-RT-PCR, cDNA sentezi, northern, dot, slot blot, Poly A RNA
Secimi ve mikroarray çalışmalarında kullanılabilmelidir.
2. RT First Strand Kit
Sayfa 27
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Kit ile belirlenen en az 1 adet genin ekspresyon profili incelenebilmelidir.
2. Ekspresyon paketi kapsamında 100 örneklik doku stabilizasyon reaktifi, 100 örneklik doku/hücreden
total RNA izolasyon kiti, 100 örneklik cDNA sentez kiti, en az 1 adet "gene of interest" +1 adet
"housekeeping gene" 'in herbiri için 200'er raksiyonluk primer setleri ve toplamda 200 reaksiyonluk
SYBR Green mastermix verilmelidir.
3. Paket kapsamında verilen total RNA izolasyon kiti sonraki çalışmalar için miRNA'ları da izole
edebilmelidir.
4. Ekspresyon eş zamanlı olarak görüntülenebilmelidir.
5. Kit isteğa bağlı olarak ABI, Bio-Rad, Eppendorf, QIAGEN, Roche, Stratagene ve TaKaRa marka PCR
cihazlarına uygun olacak formatta üretilebilmelidir.
6. Gen ekspresyonu SYBR Green temelli real time PCR protokolü ile çalışmalıdır.
7. Kit içeriğindeki içeriği kullanıcı talebine göre insan, sıçan ve fare örnklerine uygun olmalıdır.
8. Universal tailing özelliğine sahip olmalı ve böylece miRNA ve mRNA ayrımına gerek kalmamalıdır.
9. Analiz için gerekli olan kolon yöntemli RNA izolasyon kiti, cDNA kiti, Sybr Green prensibine uygun
master mix yeterli miktarlar paket olarak teslim edilmeli ve sonuçların doğruluğu için her biri aynı
markadan temin edilmelidir.
10. Tüm assayler wet-bench valide olmalıdır ve böylece primer performansı garantilenmelidir.
11. Primerler mix, forward ve reverse aynı tüpte liyofilize halde teslim edilmelidir.
12. Teklif veren firma örneklerin toplanmasından data analizine kadar komple sistemi önerebilmelidir.
13. Teklif verilen paketteki malzemelerin hepsi aynı marka olmalı, bu şekilde gen ekspresyon sonuçları
%100 garantili değerlendirilebilmelidir.
14. Pakette yer alan ürünlerin üreticisi tarafından geliştirilen bir data analiz yazılımı sayesinde sonuçlar
on-line olarak değerlendirilebilmelidir.
15. Data analiz yazılımı ücretsiz ve herkezin ulaşabildiği bir internet sayfası üzerinden kullanılabilmeli,
analizi ΔΔCT yöntemi ile gerçekleştirmelidir.
16. Paket içerisinde önerilen cDNA kiti ekstra sarfa ihtiyaç duyulmaksızın Dna kontaminasyonunu
elimine etmelidir.
17. Ekspresyon kiti ile verilecek cDNA kiti ile öncelikle 42⁰C'de 5 dk boyunca gDNA'lar elimine
edilmeli,
daha sonra ikinci bir cycle ile cDNA sentezi yapılmalıdır.
18. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix, primerler ve cDNA sentez kiti aynı ürün
grubuna ait olup, üçünün birlikte kullanımıyla optimizasyon gerektirmeksizin ilk çalışmada sonuç
alınacağı firma tarafından garanti edilmelidir.
19. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix kontaminasyonu engellemek amacıyla
1.35ml'lik tüplerde verilmelidir.
20. Ekspreyon kiti ile verilcek RNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a) Kit ile hücre, doku ve mayalardan total RNA izolasyonu yapılabilmelidir.
b) Kit ile elde edilen RNA'lar 200 bp'den büyük olmalıdır.
c) Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır.
d) Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
e) Başlangıç materyali olarak en fazla 1x107 hücre, 3 mg doku, 5x107 maya kullanılabilmelidir
f) Kit prosedürü örneğin lize edilmesi, RNA'nın kolona bağlanması, yıkama ve elusyon basamaklarından
oluşmalıdır.
g) Kit ile elde edilen ürün miktarı lxl6 hücreden 1-35ug, 1 mg dokudan 1-6 ug, 1x107 maya hücresinden
25 mg olmalıdır.
h) Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı tüpler haricinde ekstra tüpe ihtiyaç
duyulmadan prosedürün basamaklan arasındaki tüp ihtiyaçları kitin içerisinden sağlanmalıdır.
i) Kit içerisinde test miktar kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml' lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j) Kit ile elde edilen uriinler RT-PCR, Q-RT-PCR, cDNA sentezi, northern, dot, slot blot, Poly A RNA
Secimi ve mikroarray çalışmalarında kullanılabilmelidir.
21. Teklif veren firma çalışma boyunca istenildiğinde kullanıcıya aplikasyon desteği verebilmelidir.
3. RT Strand Kit
Sayfa 28
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Kit ile belirlenen en az 1 adet genin ekspresyon profili incelenebilmelidir.
2. Ekspresyon paketi kapsamında 100 örneklik doku stabilizasyon reaktifi, 100 örneklik doku/hücreden
total RNA izolasyon kiti, 100 örneklik cDNA sentez kiti, en az 1 adet "gene of interest" +1 adet
"housekeeping gene" 'in herbiri için 200'er raksiyonluk primer setleri ve toplamda 200 reaksiyonluk
SYBR Green mastermix verilmelidir.
3. Paket kapsamında verilen total RNA izolasyon kiti sonraki çalışmalar için miRNA'ları da izole
edebilmelidir.
4. Ekspresyon eş zamanlı olarak görüntülenebilmelidir.
5. Kit isteğa bağlı olarak ABI, Bio-Rad, Eppendorf, QIAGEN, Roche, Stratagene ve TaKaRa marka PCR
cihazlarına uygun olacak formatta üretilebilmelidir.
6. Gen ekspresyonu SYBR Green temelli real time PCR protokolü ile çalışmalıdır.
7. Kit içeriğindeki içeriği kullanıcı talebine göre insan, sıçan ve fare örnklerine uygun olmalıdır.
8. Universal tailing özelliğine sahip olmalı ve böylece miRNA ve mRNA ayrımına gerek kalmamalıdır.
9. Analiz için gerekli olan kolon yöntemli RNA izolasyon kiti, cDNA kiti, Sybr Green prensibine uygun
master mix yeterli miktarlar paket olarak teslim edilmeli ve sonuçların doğruluğu için her biri aynı
markadan temin edilmelidir.
10. Tüm assayler wet-bench valide olmalıdır ve böylece primer performansı garantilenmelidir.
11. Primerler mix, forward ve reverse aynı tüpte liyofilize halde teslim edilmelidir.
12. Teklif veren firma örneklerin toplanmasından data analizine kadar komple sistemi önerebilmelidir.
13. Teklif verilen paketteki malzemelerin hepsi aynı marka olmalı, bu şekilde gen ekspresyon sonuçları
%100 garantili değerlendirilebilmelidir.
14. Pakette yer alan ürünlerin üreticisi tarafından geliştirilen bir data analiz yazılımı sayesinde sonuçlar
on-line olarak değerlendirilebilmelidir.
15. Data analiz yazılımı ücretsiz ve herkezin ulaşabildiği bir internet sayfası üzerinden kullanılabilmeli,
analizi ΔΔCT yöntemi ile gerçekleştirmelidir.
16. Paket içerisinde önerilen cDNA kiti ekstra sarfa ihtiyaç duyulmaksızın Dna kontaminasyonunu
elimine etmelidir.
17. Ekspresyon kiti ile verilecek cDNA kiti ile öncelikle 42⁰C'de 5 dk boyunca gDNA'lar elimine
edilmeli,
daha sonra ikinci bir cycle ile cDNA sentezi yapılmalıdır.
18. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix, primerler ve cDNA sentez kiti aynı ürün
grubuna ait olup, üçünün birlikte kullanımıyla optimizasyon gerektirmeksizin ilk çalışmada sonuç
alınacağı firma tarafından garanti edilmelidir.
19. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix kontaminasyonu engellemek amacıyla
1.35ml'lik tüplerde verilmelidir.
20. Ekspreyon kiti ile verilcek RNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a) Kit ile hücre, doku ve mayalardan total RNA izolasyonu yapılabilmelidir.
b) Kit ile elde edilen RNA'lar 200 bp'den büyük olmalıdır.
c) Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır.
d) Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
e) Başlangıç materyali olarak en fazla 1x107 hücre, 3 mg doku, 5x107 maya kullanılabilmelidir
f) Kit prosedürü örneğin lize edilmesi, RNA'nın kolona bağlanması, yıkama ve elusyon basamaklarından
oluşmalıdır.
g) Kit ile elde edilen ürün miktarı lxl6 hücreden 1-35ug, 1 mg dokudan 1-6 ug, 1x107 maya hücresinden
25 mg olmalıdır.
h) Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı tüpler haricinde ekstra tüpe ihtiyaç
duyulmadan prosedürün basamaklan arasındaki tüp ihtiyaçları kitin içerisinden sağlanmalıdır.
i) Kit içerisinde test miktar kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml' lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j) Kit ile elde edilen uriinler RT-PCR, Q-RT-PCR, cDNA sentezi, northern, dot, slot blot, Poly A RNA
Secimi ve mikroarray çalışmalarında kullanılabilmelidir.
21. Teklif veren firma çalışma boyunca istenildiğinde kullanıcıya aplikasyon desteği verebilmelidir.
4. RT qPCR Primer Assay
Sayfa 29
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Kit ile belirlenen en az 1 adet genin ekspresyon profili incelenebilmelidir.
2. Ekspresyon paketi kapsamında 100 örneklik doku stabilizasyon reaktifi, 100 örneklik doku/hücreden
total RNA izolasyon kiti, 100 örneklik cDNA sentez kiti, en az 1 adet "gene of interest" +1 adet
"housekeeping gene" 'in herbiri için 200'er raksiyonluk primer setleri ve toplamda 200 reaksiyonluk
SYBR Green mastermix verilmelidir.
3. Paket kapsamında verilen total RNA izolasyon kiti sonraki çalışmalar için miRNA'ları da izole
edebilmelidir.
4. Ekspresyon eş zamanlı olarak görüntülenebilmelidir.
5. Kit isteğa bağlı olarak ABI, Bio-Rad, Eppendorf, QIAGEN, Roche, Stratagene ve TaKaRa marka PCR
cihazlarına uygun olacak formatta üretilebilmelidir.
6. Gen ekspresyonu SYBR Green temelli real time PCR protokolü ile çalışmalıdır.
7. Kit içeriğindeki içeriği kullanıcı talebine göre insan, sıçan ve fare örnklerine uygun olmalıdır.
8. Universal tailing özelliğine sahip olmalı ve böylece miRNA ve mRNA ayrımına gerek kalmamalıdır.
9. Analiz için gerekli olan kolon yöntemli RNA izolasyon kiti, cDNA kiti, Sybr Green prensibine uygun
master mix yeterli miktarlar paket olarak teslim edilmeli ve sonuçların doğruluğu için her biri aynı
markadan temin edilmelidir.
10. Tüm assayler wet-bench valide olmalıdır ve böylece primer performansı garantilenmelidir.
11. Primerler mix, forward ve reverse aynı tüpte liyofilize halde teslim edilmelidir.
12. Teklif veren firma örneklerin toplanmasından data analizine kadar komple sistemi önerebilmelidir.
13. Teklif verilen paketteki malzemelerin hepsi aynı marka olmalı, bu şekilde gen ekspresyon sonuçları
%100 garantili değerlendirilebilmelidir.
14. Pakette yer alan ürünlerin üreticisi tarafından geliştirilen bir data analiz yazılımı sayesinde sonuçlar
on-line olarak değerlendirilebilmelidir.
15. Data analiz yazılımı ücretsiz ve herkezin ulaşabildiği bir internet sayfası üzerinden kullanılabilmeli,
analizi ΔΔCT yöntemi ile gerçekleştirmelidir.
16. Paket içerisinde önerilen cDNA kiti ekstra sarfa ihtiyaç duyulmaksızın Dna kontaminasyonunu
elimine etmelidir.
17. Ekspresyon kiti ile verilecek cDNA kiti ile öncelikle 42⁰C'de 5 dk boyunca gDNA'lar elimine
edilmeli,
daha sonra ikinci bir cycle ile cDNA sentezi yapılmalıdır.
18. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix, primerler ve cDNA sentez kiti aynı ürün
grubuna ait olup, üçünün birlikte kullanımıyla optimizasyon gerektirmeksizin ilk çalışmada sonuç
alınacağı firma tarafından garanti edilmelidir.
19. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix kontaminasyonu engellemek amacıyla
1.35ml'lik tüplerde verilmelidir.
20. Ekspreyon kiti ile verilcek RNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a) Kit ile hücre, doku ve mayalardan total RNA izolasyonu yapılabilmelidir.
b) Kit ile elde edilen RNA'lar 200 bp'den büyük olmalıdır.
c) Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır.
d) Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
e) Başlangıç materyali olarak en fazla 1x107 hücre, 3 mg doku, 5x107 maya kullanılabilmelidir
f) Kit prosedürü örneğin lize edilmesi, RNA'nın kolona bağlanması, yıkama ve elusyon basamaklarından
oluşmalıdır.
g) Kit ile elde edilen ürün miktarı lxl6 hücreden 1-35ug, 1 mg dokudan 1-6 ug, 1x107 maya hücresinden
25 mg olmalıdır.
h) Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı tüpler haricinde ekstra tüpe ihtiyaç
duyulmadan prosedürün basamaklan arasındaki tüp ihtiyaçları kitin içerisinden sağlanmalıdır.
i) Kit içerisinde test miktar kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml' lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j) Kit ile elde edilen uriinler RT-PCR, Q-RT-PCR, cDNA sentezi, northern, dot, slot blot, Poly A RNA
Secimi ve mikroarray çalışmalarında kullanılabilmelidir.
21. Teklif veren firma çalışma boyunca istenildiğinde kullanıcıya aplikasyon desteği verebilmelidir.
5. PCR master mix
Sayfa 30
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Kit ile belirlenen en az 1 adet genin ekspresyon profili incelenebilmelidir.
2. Ekspresyon paketi kapsamında 100 örneklik doku stabilizasyon reaktifi, 100 örneklik doku/hücreden
total RNA izolasyon kiti, 100 örneklik cDNA sentez kiti, en az 1 adet "gene of interest" +1 adet
"housekeeping gene" 'in herbiri için 200'er raksiyonluk primer setleri ve toplamda 200 reaksiyonluk
SYBR Green mastermix verilmelidir.
3. Paket kapsamında verilen total RNA izolasyon kiti sonraki çalışmalar için miRNA'ları da izole
edebilmelidir.
4. Ekspresyon eş zamanlı olarak görüntülenebilmelidir.
5. Kit isteğa bağlı olarak ABI, Bio-Rad, Eppendorf, QIAGEN, Roche, Stratagene ve TaKaRa marka PCR
cihazlarına uygun olacak formatta üretilebilmelidir.
6. Gen ekspresyonu SYBR Green temelli real time PCR protokolü ile çalışmalıdır.
7. Kit içeriğindeki içeriği kullanıcı talebine göre insan, sıçan ve fare örnklerine uygun olmalıdır.
8. Universal tailing özelliğine sahip olmalı ve böylece miRNA ve mRNA ayrımına gerek kalmamalıdır.
9. Analiz için gerekli olan kolon yöntemli RNA izolasyon kiti, cDNA kiti, Sybr Green prensibine uygun
master mix yeterli miktarlar paket olarak teslim edilmeli ve sonuçların doğruluğu için her biri aynı
markadan temin edilmelidir.
10. Tüm assayler wet-bench valide olmalıdır ve böylece primer performansı garantilenmelidir.
11. Primerler mix, forward ve reverse aynı tüpte liyofilize halde teslim edilmelidir.
12. Teklif veren firma örneklerin toplanmasından data analizine kadar komple sistemi önerebilmelidir.
13. Teklif verilen paketteki malzemelerin hepsi aynı marka olmalı, bu şekilde gen ekspresyon sonuçları
%100 garantili değerlendirilebilmelidir.
14. Pakette yer alan ürünlerin üreticisi tarafından geliştirilen bir data analiz yazılımı sayesinde sonuçlar
on-line olarak değerlendirilebilmelidir.
15. Data analiz yazılımı ücretsiz ve herkezin ulaşabildiği bir internet sayfası üzerinden kullanılabilmeli,
analizi ΔΔCT yöntemi ile gerçekleştirmelidir.
16. Paket içerisinde önerilen cDNA kiti ekstra sarfa ihtiyaç duyulmaksızın Dna kontaminasyonunu
elimine etmelidir.
17. Ekspresyon kiti ile verilecek cDNA kiti ile öncelikle 42⁰C'de 5 dk boyunca gDNA'lar elimine
edilmeli,
daha sonra ikinci bir cycle ile cDNA sentezi yapılmalıdır.
18. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix, primerler ve cDNA sentez kiti aynı ürün
grubuna ait olup, üçünün birlikte kullanımıyla optimizasyon gerektirmeksizin ilk çalışmada sonuç
alınacağı firma tarafından garanti edilmelidir.
19. Ekspresyon kiti ile verilecek SYBR Green Mastermix kontaminasyonu engellemek amacıyla
1.35ml'lik tüplerde verilmelidir.
20. Ekspreyon kiti ile verilcek RNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a) Kit ile hücre, doku ve mayalardan total RNA izolasyonu yapılabilmelidir.
b) Kit ile elde edilen RNA'lar 200 bp'den büyük olmalıdır.
c) Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır.
d) Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
e) Başlangıç materyali olarak en fazla 1x107 hücre, 3 mg doku, 5x107 maya kullanılabilmelidir
f) Kit prosedürü örneğin lize edilmesi, RNA'nın kolona bağlanması, yıkama ve elusyon basamaklarından
oluşmalıdır.
g) Kit ile elde edilen ürün miktarı lxl6 hücreden 1-35ug, 1 mg dokudan 1-6 ug, 1x107 maya hücresinden
25 mg olmalıdır.
h) Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı tüpler haricinde ekstra tüpe ihtiyaç
duyulmadan prosedürün basamaklan arasındaki tüp ihtiyaçları kitin içerisinden sağlanmalıdır.
i) Kit içerisinde test miktar kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml' lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j) Kit ile elde edilen uriinler RT-PCR, Q-RT-PCR, cDNA sentezi, northern, dot, slot blot, Poly A RNA
Secimi ve mikroarray çalışmalarında kullanılabilmelidir.
21. Teklif veren firma çalışma boyunca istenildiğinde kullanıcıya aplikasyon desteği verebilmelidir.
6. Qiamp DNA mini Kit
Sayfa 31
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.
Sayfa 32
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
7. EpiTect Bisulfite Kit
Sayfa 33
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.
Sayfa 34
Proje Kodu: 2014-409
Sarf MalzeSarf Malzemesi
8. METBN-0,02/Standard Primer
Sayfa 35
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.
Sayfa 36
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
9. EpiTect HRM PCR Kit
Sayfa 37
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.
Sayfa 38
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
10. EpiTect Control DNA, unmethylated
Sayfa 39
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.
Sayfa 40
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
11. EpiTect Control DNA, methylated
Sayfa 41
Proje Kodu: 2014-409
Sarf Malzemesi
Teknik Özellikleri:
1. Çalışma kapsamında teklif edilecek ürünlerin tamamı çalışmanın bütünlüğü açısından aynı üretici
firma tarafından sağlanmalıdır.
2. Paket teklif kapsamında kandan DNA izolasyon kiti, bisülfit kiti, kullanıcı tarafından verilen dizilere
göre 20nmol metilasyon primerleri, HRM metilasyon mastermix ve metilasyon kontrolleri teklif
edilmelidir.
3. Çalışmanın bütünlüğü açısından Bisülfit kit, Metilasyon Kontrolleri ve HRM mastermix aynı uretici
tarafından üretilmiş olmalıdır.
4. Paket kapsamında teklif edilen kandan DNA izolasyon kiti özellikleri aşağıdaki gibi olmalıdır;
a. DNA izolasyon kiti kan, doku, vücut sıvısı, idrar, sürüntü ve BOS örneklerinden genomik DNA,
mitokondriyal DNA, bakteri, parazit ve viral DNA'sı izolasyonu yapabilmelidir.
b. Kit silika membran bazlı spin kolon prosedürü ile çalışmalıdır. Örneğin lize edilmesi, DNA' nın kolon
membranına bağlanması, membranın yıkanması, membrandan DNA' nın elüt edilmesi basamaklarından
oluşan dört aşamalı bir çalışma prensibine sahip olmalıdır.
c. Test prosedürü mekanik homojenizasyona ihtiyaç duymadan 20 dakika gibi kısa bir sürede
tamamlanabilmelidir.
d. Elusyon oranına bağlı olarak 34 ng/μl-116.8 ng/μl konsantrasyonda DNA elde edebilmelidir.
e. Kit fenol ve kloroform gibi toksik ve kanserojen maddeleri içermemelidir.
f. Kit 250'lik ambalajda olmalıdır.
g. Kitin kullanımı sırasında başlangıç materyalinin saklandığı ve elde edilen DNA' nın alınacağı tüpler
haricinde ekstra tüpe ihtiyaç duyulmadan prosedürün basamakları arasındaki tüp ihtiyaçları kitin
içerisinden sağlanmalıdır.
h. Kit hücrenin lize aşamasında kullanılacak olan Proteinase K' yı içermelidir.
i. Kit içerisinde test miktarı kadar spin kolonlar ve protokolün gerektirdiği sayıda 2 ml lik toplama
tüpleri bulunmalıdır.
j. Kit içerisinde test miktarı kadar bulunan spin kolanlar tek tek steril ambalaj içerisinde olmalıdır.
k. Kit 50 testlik kutu şeklinde olmalıdır.
l. İzolasyon ile elde edilen DNA, PCR ve kantitatif real-time PCR uygulamalarına, southern blotting, SNP
ve STR genotiplendirme uygulamalarına, farmakogenetik araştırma uygulamalarına uygun olmalıdır.
5. Paket içerisinde teklif edilencek bisülfit kiti ile bisülfitleme muamelesi yapılabilmeli ve bu sayede
metile ve metile olmayan DNA ayırt edilebilmelidir.
6. Bisülfit kiti ile 1 ng kadar az DNA miktarlarında bile herhangi bir fragmentasyona neden olmadan altı
saat gibi kısa bir sürede bisülfitleme işlemi gerçekleştirilebilmelidir.
7. Bisülfit içerisinde bulunan bir koruma tamponu ile mevcut DNA, fragmentasyondan korunabilmelidir.
8. Bisülfit kit iş akışı şu şekilde olmalıdır: Metile olmayan DNA'nın bisülfitlenmesi, bisülfitleme işlemi
tamamlanmış tek sarmal DNA'nın spin kolona bağlanması, yıkama ve elüsyon.
9. Bisülfit kit ile elde edilen DNA PCR, Real-Time PCR, MSP-PCR,COBRA ve Pyrosequencing
çalışmalarında kullanıma uygun olmalıdır.
10. Bisülfit kit içerisinde bulunan bisülfit miks 8 ayrı tüpte paylaştırılmış olmalı ve pH ayarlamasına
gerek kalmayacak çalışmaya hazır optimize edilmiş olmalıdır. Başlanmadan önce bu sodium bisülfit
karışımları 800ul su ile çözünmeli ve takiben -20⁰C'de 4 hafta saklanabilmelidir.
11. Paket kapsamında verilecek DNA kontrol set içerisinde 10 ng/μl konsantrasyonda bisülfilenmiş
metile ve metile olmayan insan DNA'sı ile bisülfit muamelesi yapılmamış metile olmayan insan DNA'sı
bulunmalıdır.
12. Her kontrol DNA EB tampon içerisinde çözünmüş halde kullanıma hazır şekilde bulunmalıdır.
13. Her bir kontrol DNA 100μl şeklinde ambalajlanmış olmalıdır.
14. Paket içerisinde teklif edilencek HRM mastermix ile kantitatif metilasyon düzeyi belirlenebilmelidir.
15. HRM metilasyon içinden kullanımı hazır, optimize mastermix ve su çıkmalıdır.
16. Mastermix içerinde Hotstarttaq plus DNA polimeraz enzimi, HRM PCR tampon ve dNTP'ler
optimum düzeyde bulunmalıdır.
17. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi 94kDa'luk recombinant polimerazdan modifiye edilmiş
olmalı ve Thermus aquaticus orijinli olmalıdır.
18. Mastermix içerisindeki Taq polimeraz enzimi hem Hotstart olmalı hem de 5 dakikada active
edilebilmelidir.
19. HRM metilasyon mastermix protokolü 3 stepli çalışmalıdır.
20. HRM mastermix ile 5 ng kadar düşük DNA'dan sonuç elde edilebilmelidir.