dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen

advertisement
DÖRT DİŞLİ LİGANDLARIN TRİMER İLE
ETKİLEŞTİRİLMESİNDEN OLUŞAN FOSFAZEN BİLEŞİKLERİNİN
BİYOLOJİK AKTİVİTESİ
Orhan AVCI
YÜKSEK LİSANS TEZİ
BİYOLOJİ
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
ŞUBAT 2013
ANKARA
Orhan AVCI tarafından hazırlanan “DÖRT DİŞLİ LİGANDLARIN TRİMER İLE
ETKİLEŞTİRİLMESİNDEN
OLUŞAN
FOSFAZEN
BİLEŞİKLERİNİN
BİYOLOJİK AKTİVİTESİ” adlı bu tezin Yüksek Lisans tezi olarak uygun olduğunu
onaylarım.
….............................
Prof. Dr. Leyla AÇIK
Tez Danışmanı, Biyoloji Anabilim Dalı
Bu çalışma, jürimiz tarafından oy birliği ile Biyoloji Anabilim Dalında Yüksek
Lisans tezi olarak kabul edilmiştir.
….............................
Prof.Dr. Zeynel KILIÇ
Kimya Anabilim Dalı, Ankara Üniversitesi
….............................
Prof.Dr. Leyla AÇIK
Biyoloji Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi
Prof.Dr. Ali DİŞLİ
….............................
Kimya/Organik Kimya Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi
Tez Savunma Tarihi: 26/02/2013
Bu tez ile G.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Yönetim Kurulu Yüksek Lisans derecesini
onamıştır.
Prof. Dr. Şeref SAĞIROĞLU
Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü
……………………………….
TEZ BİLDİRİMİ
Tez içindeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde
edilerek sunulduğunu, ayrıca tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu
çalışmada bana ait olmayan her türlü kaynağa eksiksiz atıf yapıldığını bildiririm.
Orhan AVCI
iv
DÖRT DİŞLİ LİGANDLARIN TRİMER İLE ETKİLEŞTİRİLMESİNDEN
OLUŞAN FOSFAZEN BİLEŞİKLERİNİN BİYOLOJİK AKTİVİTESİ
(Yüksek Lisans Tezi)
Orhan AVCI
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
Şubat 2013
ÖZET
Bu çalışmada, dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan
fosfazen bileşiklerinin antimikrobiyal aktivitesi ve DNA ile etkileşimleri
araştırıldı.
Sentezlenen yeni fosfazen bileşiklerinin insan patojeni olan bakteri ve mantarlar
üzerindeki etkileri ve DNA ile etkileşimleri araştırılarak çalışmada kullanılan
bileşiklerin antimikrobiyal veya antikanser ajanlar olarak değerlendirilip
değerlendirilemeyecekleri amaçlandı. Bu nedenle, 11 farklı fosfazen bileşiğinin
(İF1-İF11) antimikrobiyal aktivite çalışmaları için B. cereus (NRRL-B-3711), B.
subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), E. faecalis
(ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427), S.
aureus (ATCC 25923) bakterileri, C. albicans (ATCC 10231) ve C. tropicalis
(ATCC 13803) mayaları kullanıldı. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi
amacıyla Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi seçildi.
Maddelerden İF5, İF6, İF7 ve İF8 bileşiklerinin antimikrobiyal aktiviteye sahip
olduğu gözlendi. Bu bileşiklerin B. cereus ve B. subtilis bakterilerine karşı etkili
olduğu, bunlara ek olarak, İF5’in E. faecalis, İF6’nın ise S. aureus ve C.
tropicalis mikroorganizmalarına karşı da etki belirlendi. E.coli (ATCC 25922),
E. coli (ATCC 35218), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) ve
v
C. albicans (ATCC 10231) mikroorganizmalarının tüm bileşiklere karşı dirençli
oldukları
görüldü.
Çalışılan
bileşikler
arasında
en
fazla
sayıda
mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş inhibisyon zonu oluşturan
İF6’nın en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip bileşik olduğu tespit edildi.
Bileşikler ile pBR322 plazmid DNA arasındaki etkileşim agaroz jel elektroforez
yöntemiyle incelendi. Tüm maddelerin konsantrasyona, inkübasyon süresine
bağlı olarak DNA’yı parçalama ve kesme şeklinde etkiler gösterdikleri bulundu.
Restriksiyon analizinde hem BamHI hem de HindIII kesimi kesimi gözlendi.
Bilim Kodu
Anahtar Kelimeler
Sayfa Adedi
Tez Yöneticisi
: 203.1.104
: Fosfazen, Antimikrobiyal Aktivite, DNA Etkileşimi
: 77
: Prof. Dr. Leyla AÇIK
vi
BIOLOGICAL ACTIVITIES OF PHOSPHAZENE COMPOUNDS WHICH
ARE TETRADENTATE LIGAND WITH TRIMER
(M.Sc. Thesis)
Orhan AVCI
GAZI UNIVERSITY
INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY
February 2013
ABSTRACT
In this study, we investigated not only the antimicrobial activities of
phosphazene compounds which are tetradentate ligand with trimer, but also the
interactions of these phosphazene compounds with DNA. This study is the first
study carried out with these substances regarding biological activities.
Through the investigation of their effects on human pathogenic bacteria and
fungi and of their interactions with DNA, it was aimed to find whether
synthesized
novel
phosphazene
compounds
would
be
considered
as
antimicrobial or anticancer agents in the future. Therefore, B. cereus (NRRL-B3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), E.
faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427),
S. aureus (ATCC 25923), C. albicans (ATCC 10231), C. tropicalis (ATCC 13803)
microorganisms were used in order to research the antimicrobial activity of 11
different phosphazene compounds (IF1-IF11). Agar well diffusion method was
chosen in order to determine the antimicrobial activity.
It was shown that IF5, IF6, IF7 and IF8 compounds had been antimicrobial
activity. These four compounds were observed to be effective against B. cereus
and B. subtilis bacteria. In addition, it was observed that IF5 was also effective
against E. faecalis, IF6 was effective against S. aureus and C. tropicalis
vii
microorganisms. E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), P. aeruginosa
(ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) and C. albicans (ATCC 10231) were
shown to be resistant to all compounds. IF6 which showed effect against the
maximum number of microorganisms and created the largest zone of inhibition
among the compounds studied was found to have the most effective
antimicrobial activity.
The interaction between the compounds and pBR322 plasmid DNA were
analyzed by agarose gel electrophoresis. It was found that all substances,
depending on the concentration of compounds and the duration of incubation,
showed effects such as DNA destruction and cleavage. It was observed digestion
at the restriction analysis not only with BamHI enzyme but also with HindIII
enzyme.
Science Code
Keywords
Page Number
Adviser
: 203.1.104
: Phosphazene, Biological Activity, DNA Interactions
: 77
: Prof. Dr. Leyla AÇIK
viii
TEŞEKKÜR
Tez çalışmamın her aşamasında bana yol gösteren, bilgilerini paylaşan, her türlü
destek, yardım ve ilgisini esirgemeyen, değerli hocam Prof. Dr. Leyla AÇIK’a çok
teşekkürler ederim.
Ayrıca, tezimin konusu bileşikleri sentezleyen Prof. Dr. Zeynel KILIÇ ve Dr. Nuran
ASMAFİLİZ'e teşekkürlerimi sunarım. Bileşiklerin kimyasal yapısını gösteren
çizimlerde yardımcı olan Dr. Nuran ASMAFİLİZ'e tekrar teşekkür ederim.
Laboratuvar çalışmalarımda yardımlarını esirgemeyen değerli arkadaşlarım Yağmur
ÖNER ve Betül ÇELİK’e de çok teşekkür ederim.
ix
İÇİNDEKİLER
Sayfa
ÖZET........................................................................................................................... iv
ABSTRACT ................................................................................................................ vi
TEŞEKKÜR .............................................................................................................. viii
İÇİNDEKİLER ........................................................................................................... ix
ÇİZELGELERİN LİSTESİ ......................................................................................... xi
ŞEKİLLERİN LİSTESİ ............................................................................................. xii
RESİMLERİN LİSTESİ ........................................................................................... xiii
SİMGELER VE KISALTMALAR ........................................................................... xiv
1. GİRİŞ ....................................................................................................................... 1
2. GENEL BİLGİLER ................................................................................................. 5
2.1. Kanser ve Etkenleri .......................................................................................... 5
2.2. Kanserin Moleküler Özellikleri ........................................................................ 6
2.3. Dünyada Kanser ............................................................................................... 8
2.4. Türkiye’de Kanser ............................................................................................ 8
2.5. Kanser Tedavisi ................................................................................................ 9
2.6. Antimikrobiyal Maddeler ............................................................................... 11
2.7. Antibiyotik Direnci......................................................................................... 12
2.8. Tıbbi Önem Taşıyan Bazı Bakteri ve Mantarlar ............................................ 13
2.9. DNA-İlaç Etkileşimi....................................................................................... 16
2.10. Fosfazenler ................................................................................................... 16
2.11. Fosfozen Kimyasının Gelişimi ..................................................................... 19
x
Sayfa
2.12. Antimikrobiyal Aktivite ve DNA’ya Etki Çalışmaları................................. 20
3. MATERYAL VE METOT .................................................................................... 27
3.1. Materyal.......................................................................................................... 27
3.1.1. Fosfazenler ........................................................................................... 27
3.1.2. Kullanılan mikroorganizmalar ............................................................. 31
3.1.3. Biyolojik aktivite çalışmaları için kullanılan tampon ve çözeltiler ...... 31
3.2. Yöntem ........................................................................................................... 32
3.2.1. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi .............................................. 32
3.2.2. Madde-DNA etkileşimi ........................................................................ 35
3.2.3. Agaroz jel elektroforezi ........................................................................ 35
4. DENEYSEL BULGULAR .................................................................................... 36
4.1. Fosfozenlerin Antimikrobiyal Aktiviteleri ..................................................... 36
4.2. Mikroorganizmalar Üzerindeki MİK Değerleri ............................................. 40
4.3. Bileşiklerin DNA Üzerindeki Etkisi............................................................... 41
4.4. Bileşiklerin DNA Üzerine Bağlanıp Bağlanmadığının Araştırılması ............ 49
5. SONUÇ VE ÖNERİLER ....................................................................................... 50
KAYNAKLAR .......................................................................................................... 60
ÖZGEÇMİŞ ............................................................................................................... 77
xi
ÇİZELGELERİN LİSTESİ
Çizelge
Sayfa
Çizelge 3.1. Biyolojik aktivite için kullanılan mikroorganizmalar ............................ 34
Çizelge 4.1. İF5, İF6, İF7 ve İF8’in antimikrobiyal aktivite sonuçları ...................... 36
Çizelge 4.2. İF5, İF6, İF7 ve İF8’in MİK değerleri (μM/mm) .................................. 40
xii
ŞEKİLLERİN LİSTESİ
Şekil
Sayfa
Şekil 2.1. Fosfazenlerin genel formülleri ................................................................... 17
Şekil 2.2. Halkasal fosfazenler ................................................................................... 20
Şekil 3.1. İF bileşiklerinin açık yapısı ........................................................................ 27
xiii
RESİMLERİN LİSTESİ
Resim
Sayfa
Resim 4.1. Antibakteriyal aktivite sonuçları (a-k). .................................................... 38
Resim 4.2. İF1 (1-5), İF2 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat
(b) inkübasyon ......................................................................................... 41
Resim 4.3. İF3 (1-5), İF4 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat
(b) inkübasyon ......................................................................................... 42
Resim 4.4. İF5 (1-5), İF6 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat
(b) inkübasyon ......................................................................................... 43
Resim 4.5. İF7 (1-5), İF8 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a), 48 saat (b)
ve 72 saat (c) inkübasyon ........................................................................ 45
Resim 4.6. İF9 (1-5), İF10 (6-10) ve İF11 (11-15) bileşikleri, Kontrol (P), 24
saat (a), 48 saat (b) ve 72 saat (c) inkübasyon ........................................ 47
Resim 4.7. Kontrol (0), İF bileşiklerinin (1-11), plazmid DNA, BamHI (a) ve
HindIII (b) ile 24 saat inkübasyonunun elektroforetik sonuçları ............ 49
xiv
SİMGELER VE KISALTMALAR
Bu çalışmada kullanılmış bazı simgeler ve kısaltmalar, açıklamaları ile birlikte
aşağıda sunulmuştur.
Simgeler
Açıklama
Ba
Baryum
Br
Brom
cfu
Colony forming unit
Cl
Klor
Cu
Bakır
F
Flor
g
Gram
H
Hidrojen
mg
Miligram
mm
Milimetre
mM
Milimolar
μM
Mikromolar
M
Molar
ml
Mililitre
μl
Mikrolitre
N
Azot
Na
Sodyum
nm
Nanometre
O
Oksijen
P
Fosfor
S
Kükürt
V
Volt
w/v
Ağırlık/Hacim
xv
Kısaltmalar
Açıklama
AIDS
Acquired Immune Deficiency Syndrome
DMSO
Dimetil sülfoksit
DNA
Deoksiribo Nükleik Asit
EDTA
Etilen Diamin Tetra asetikasit
IARC
Uluslararası Kanser Araştırmaları Kurumu
MHA
Mueller Hinton Agar
MİK
Minimum İnhibisyon Konsantrasyonları
PABA
Para Amino Benzoik Asit
SDA
Sabouroud Dextrose Agar
TAE
Tris asetat
TE
Tris-EDTA
TTC
Triphenyl-Tetrazolium Chloride
1
1. GİRİŞ
Kanser, tüm dünyada karşılaşılan en önemli halk sağlığı sorunlarından biridir [1]. Bu
nedenle araştırıcılar kanserin sebeplerini anlamak ve etkili tedaviler geliştirmek için
önemli kaynaklar bulmaya yönelmiştir [2].
Gittikçe artan sayıda kişinin kanser nedeniyle ölümü, toplumun her kesimde yıkıcı
sosyal ve ekonomik sonuçlar meydana getirmektedir. Kaynakları kısıtlı gelişmekte
olan ülkeler için kanser, sosyoekonomik kalkınmanın önünde önemli bir engel haline
gelebilir [3].
Uluslararası Kanser Araştırmaları Kurumu (IARC) 2008 yılında 12,4 milyon yeni
kanser vakası, 7,6 milyon kanser nedenli ölüm ve 28 milyon ilk tanıdan bu yana 5 yıl
ya da daha az süre geçmiş kanserli hasta olduğunu tahmin etmektedir. Dünya
nüfusunun gittikçe artması ve yaşlanması kanser yükü üzerinde de büyük
değişikliklere yol açacağını göstermektedir. 2030’a gelindiğinde 27 milyon kanser
vakası, kanserden kaynaklanan yıllık 17 milyon ölüm ve son beş yıl içinde kanser
tanısı konmuş 75 milyon kişi rakamlarına ulaşılması beklenmektedir [3].
Bununla birlikte bazı kanserler tedavi edilebilir [4-6]. Kanser tedavisi genellikle
cerrahi, radyoterapi, kemoterapi ve immünoterapiden oluşan, ilgili disiplinlerin
eşgüdüm içinde çalışmasıyla yapılan bir tedavi yaklaşımıyla yapılmaktadır [7].
Başarılı bir tedavi, sadece tıp bilimindeki gelişmelere bağlı olmayıp, aynı zamanda
hastalığın erken teşhisine, tanı esnasında kanserin boyutunu belirlerken hangi evrede
olduğunun belirlenmesine, hızlı tedaviye ve hasta için uygun destek verilmesine
bağlıdır [8].
Antikanser ilaçların verilmesi etkili kanser tedavi seçeneklerinden biridir. Bununla
birlikte, hem birçok kanser türünün olması hem de her bireyin antikanser ilaçlara
farklı farklı tepkiler vermesi, yeni antikanser ajanları bulma çabasının önemini ortaya
koymaktadır. Başka bir sorun da, normal hücreler üzerinde yan etkileri daha düşük
kimyasal madde tasarlamaktır. Farklı yapılara sahip birçok bileşik, antikanser ilaç
2
arayışında araştırmacılar tarafından sürekli denenmektedir. Her ne kadar, bir dizi
bileşik terapötik özellikler sergilese ve tedavi için kullanılıyor olsa da, etkin
verimliliğe sahip ve minimum yan etkili yeni ilaçlar için arayış halen devam
etmektedir. Bu arayışta özellikle siklotrifosfazen türevleri potansiyel antikanser ajanı
olarak araştırmacıların ilgisini çekmiştir [9].
Kanser moleküler biyolojisindeki ilerlemeler, hem kanserin büyümesini inhibe
etmenin yeni yollarını göstermekte, hem de kansere karşı yeni, daha seçici ve
moleküler tabanlı terapilerin geliştirilmesini sağlamaktadır [10].
Kanser gibi önemli bir halk sağlığı sorunu da, enfeksiyon hastalıkları ve özellikle
bakteriyel enfeksiyonlardır. Hemen her gün yeni bir antibiyotik geliştirilmesine
rağmen bakterilerin yapı değiştirmesi nedeniyle her geçen gün değişik suşlar
meydana gelmekte veya antibiyotiklere karşı direnç kazanmakta ve mevcut
antibiyotik tedavileri zaman zaman yetersiz kalmaktadır [11]. Bakterilerin direnç
oluşturmaları nedeniyle antibiyotiklerin yararı devamlı olmamaktadır [12, 13].
Yaygın olarak kullanılan antibiyotiklere karşı dirençli hale gelmiş bakterilerin neden
olduğu ciddi enfeksiyonlar 21. yüzyılda önemli bir küresel sağlık sorunu haline
gelmiştir [14, 15]. Antimikrobiyal direnç gelişimi ile ölüm oranları, hastanede yatış
süresi ve tedavi maliyetlerindeki artış arasında bir ilişki bulunmaktadır [16]. Dirençli
bakterilerin neden olduğu hastalıklar çok ciddi, daha uzun ve karmaşık tedaviler
gerektirmekle kalmayıp, aynı zamanda teşhis ve tedavileri de önemli ölçüde pahalıdır
[14]. Bu nedenle, enfeksiyon hastalıklarıyla, özellikle de hastane enfeksiyonlarıyla
daha etkin mücadele edilebilmesi için mevcut antibiyotiklere direnç geliştiren
mikroorganizmalar üzerinde etki gösterecek yeni antimikrobiyal ajanların bulunması
gerekmektedir [15].
Bazı moleküllerin DNA ile bağlanma mekanizmaları üzerine yapılan çalışmalar,
geçtiğimiz 10 yıl boyunca önemli konulardan biri olarak belirlenmiştir. Yapılan bu
çalışmalar DNA’nın yapısal özelliklerini, genlerin mutasyonlarını, bazı hastalıkların
kökenini, bazı antitümör ve antivirüs ilaçların etki mekanizmalarını anlamaya ve
3
böylece genetik hastalıklarla ilgili yeni ve daha etkili, DNA hedefli ilaçlar tasarlama
ile ilgilidir [17].
Yirmi birinci yüzyıla girerken, polimer kimyası ve biyomedikal bilimler arayüzünde
araştırmalar ilk (5-100 nm) nano boyutlu polimer bazlı ilaçları, yani polimer
terapötikleri
doğurmuştur.
Polimer terapötikler,
akılcı
biçimde tasarlanmış
makromoleküler ilaçları, polimer-ilaç ve polimer-protein konjugatlarını, kovalent
bağlı ilaç içeren polimerik miselleri ve DNA taşıma için polipleksleri içerir. Polimerprotein konjugatlarının başarılı klinik uygulaması ve polimer-antikanser ilaç
konjugatları ile denemelerden kaynaklanan ümit verici klinik sonuçlar, post-genomik
çağın tam potansiyelini gerçekleştirmek için gerekli olan her zamankinden daha
karmaşık biyo-nanoteknolojinin gelişimi ve gelecekteki tasarımı için iyiye işaret
etmektedir [18].
Bu çalışmada dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen
bileşiklerinin biyolojik aktivitesi ve DNA ile etkileşimleri araştırılmıştır. İlk defa
sentezlenen bu bileşiklerle daha önce herhangi bir antimikrobiyal aktivite ve DNA
üzerine etki çalışması yapılmamıştır. Literatürde pek çok biyolojik aktivite çalışması
bulunmaktadır. Ancak, bu çalışma bu maddelerle yapılan ilk çalışmadır.
Bu tez çalışmasının amacı, sentezlenen yeni fosfazen bileşiklerinin insan patojeni
olan bakteri ve mayalar üzerindeki etkilerinin izlenmesi, bunların ileride
antimikrobiyal ajan olarak değerlendirilip değerlendirilemeyecekleri, bunun yanı
sıra, bu maddelerin DNA ile etkileşimlerinin tespit edilerek antikanser ajan olarak
değerlendirilip değerlendirilemeyecekleri konusunda araştırma yapmaktır. Bu
amaçla, dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan 11 farklı fosfazen
bileşiği (İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11) Ankara
Üniversitesi, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü laboratuvarlarında sentezlenmiştir.
Antimikrobiyal aktivi çalışmaları için insan patojeni mikroorganizmalar olan B.
cereus (NRRL-B-3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E. coli
(ATCC 35218), E. faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P.
vulgaris (ATCC 8427), S. aureus (ATCC 25923), C. albicans (ATCC 10231), C.
4
tropicalis (ATCC 13803) kullanılmıştır.
Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi
amacıyla Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca,
bileşiklerin
minimum
inhibisyon
konsantrasyonları
(MİK)
çalışmada
araştırılmıştır.
Antimikrobiyal aktivite çalışmalarına ek olarak, bileşiklerin, DNA üzerine etkileri de
araştırılmıştır. Tez konusu fosfazen bileşikleri (İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8,
İF9, İF10 ve İF11) ile pBR322 plazmid DNA arasındaki etkileşim agaroz jel
elektroforez yöntemi ile incelenmiştir.
5
2. GENEL BİLGİLER
2.1. Kanser ve Etkenleri
Kanser hücrelerin anormal ve kontrolsüz büyüme yeteneği kazanması şeklinde
tanımlanabilir. Bir hücrenin farklılaşması zamanla DNA’da biriken değişikliklerden
kaynaklanır. Genetik bilgideki değişiklikler bir hücrenin işlevlerinin bozulmasına
neden olur [19].
Kanserler, kontrolsüz büyüme, ölümsüzlük, vücudun diğer dokularına yayılması ile
karakterize edilir [20]. Kanser hücrelerinin en önemli özelliği hızlı bölünme
yeteneğine sahip olmalarıdır ve böylece kanser hücrelerinin birikimi sonucu ortaya
çıkan yapı tümör olarak adlandırılır. Tümör büyürken çevre hücrelere yayılmazsa, iyi
huylu tümör olarak tanımlanır. Ancak, çevre veya uzak dokulara yayılırsa kötü huylu
tümör olarak sınıflandırılır [19]. Kötü huylu tümörlerin tedavileri zordur ve hayati
tehlike oluşturabilirler [2].
Herhangi bir hücre bir karsinom gelişimine neden olabilme potansiyeline sahiptir.
Kanserli hücreler sadece bölgesel büyüme ve çevreleyen dokulara sızma ile sınırlı
kalmayıp, lenfatik sistem ve kan dolaşımı yoluyla vücudun diğer bölümlerine
yayılabilir. Bu durum metastaz olarak adlandırılır [8]. Ancak, tüm kanser hücreleri
metastaz yapmaz [21]. Çünkü başarılı bir metastaz hem tümör hücrelerinin yapısal
özelliklerine hem de tümör mikroçevresinden kaynaklanan faktörlere bağlıdır [20].
Kanser isimlendirilmeleri ise köken aldıkları doku ve organlara göre yapılır [19].
Belirti, bulgu ve tedavileri de kanserin cinsine, metastazın başlayıp başlamadığına,
metastaz başladıysa metastazın boyutuna göre değişmektedir [22]. En sık görülen
kanser türleri ise deri, akciğer, meme, sindirim ve üreme sistemlerinden kaynaklanan
kanserlerdir [1].
Kanserin karsinomlar, sarkomlar, lösemiler ve lenfomalar olmak üzere dört ana tipi
vardır. İnsan kanserlerinin yaklaşık % 90’ı iç organlar, bezler ve vücut boşluklarının
6
deri veya epitel dokuda ortaya çıkan karsinomlardır. Yaygın olarak karsinomların
ortaya çıktığı dokular meme, kolorektal, akciğer, prostat ve cilttir. Sarkomlar
karsinomlara göre daha az yaygındır ve kıkırdak, kemik, kas veya yağ gibi bağ
dokusunda hücrelerin dönüşümü kapsar. En sık kol ve bacaklarda ortaya çıkar.
Kanserin bazı formları katı tümörler şeklinde değildir. Örneğin, lösemiler aşırı ve
olgunlaşmamış lökositlerin (beyaz kan hücreleri) erken salınımına yol açan kemik
iliği kanserleridir. Lenfomalar ise lenfatik sistem kanserleridir [19].
Pek çok ajan, yüksek kanser oranlarıyla ilişkilidir. Hepsinin ortak özelliği, DNA
molekülündeki nükleotit dizisini değiştirme yetenekleridir [23]. Çoğu kanserin ortaya
çıkışında, tütün ve sigara kullanımı [24, 25], bazı virüsler (papilloma virüsler [26],
insan T-hücre lösemi virüsü [27, 28], Hepatit-B virüsü [29], Epstein-Barr virüsü [30]
vb.), bazı bakteriler (örn. Helicobacter pylori) [31], iyonize radyasyon [32], asbest
[33], kimyasal karsinojenler [34], ultraviyole ışınları [35], çok miktarda ve uzun
süreli alkol alımı [36] gibi çevresel faktörlerin rolü olduğu gösterilmiştir. Ancak
genetik faktörlerin [37] de kanser oluşumunda rol oynadığı bilinmektedir.
2.2. Kanserin Moleküler Özellikleri
Son otuz yıldır bilim adamları, kanserin, kanser hücrelerinin kontrolsüz büyüme ve
yayılmasına neden olan onkogenlerle tümör baskılayıcı genlerin karşılıklı etkileşimi
ile karakterize edilen genetik bir hastalık olduğunu keşfetmişlerdir [2]. Kanser
oluşumu için genellikle birçok genetik değişiklik gerekmekte ise de bazen tek bir
genetik değişiklik bile kanser oluşumuna neden olabilir [38]. Bu değişiklikler tek bir
baz değişikliği ile olabilir ve bu durumda bir kodonu tanımlayan 3 bazdan biri
değişmiş olur ve bir proteine farklı bir proteinin eklenmesine yol açar. Bu ise
proteinin aktivitesini önemli derecede değiştirmeye yeter. Başka DNA mutasyonları
ise, çok sayıda bazı etkileyebilir ve genomdan birkaç gen içeren bir DNA parçası
kopar; ya da bu DNA parçası genomda başka bir yere yerleşerek bitişik olmayan
DNA parçalarının birleşmesiyle oluşan yeni genler oluşarak yeni, anormal
proteinlerin sentezine yol açar [23]. Hücre böyle hasarları tamir etmek için çeşitli
araçlar geliştirmiştir. Ancak çeşitli nedenlerle hatalar meydana gelir ve genomda
7
kalıcı değişiklikler olur [10]. DNA diziliminde mutasyon adı verilen bu değişiklikler
meydana geldiğinde kanser başlayabilir [39].
İşlevini kaybeden bir gen, kritik bir proteinin anormal düzeylerde üretimine (çok az
ya da çok fazla), anormal bir protein üretimine ( işlev kazanmış ya da kaybetmiş), ya
da bir proteinin hiç olmamasına sebep olabilir [23]. Örneğin, K-Ras olarak
adlandırılan bir gende meydana gelen bir mutasyon, hücre zarının hemen içinde
bulunan küçük bir proteinin hücre büyümesinin sinyalini artıran bir protein halini
almasına neden olur. K-Ras mutasyonları kolorektal kanserler (vakaların %3040'ında) ya da akciğer adenokarsinomalarında (vakaların %20-30'unda) gibi birçok
kanserde yaygındır [3]. Bu şekilde etkinleşmiş bir gen, onkogen olarak adlandırılır,
çünkü hücre çoğalmasını hızlandırır [40]. Tersine, bazı genler ise, etkin
olmadıklarında kanser gelişimine katkıda bulunurlar. Örneğin, Tp53 geninde durum
budur. Bu gen yanlış hücre bölünmesini engellemek için doğal olarak bir acil fren
olarak hareket eder [41]. Bu gendeki bir mutasyon proteini bozar ve protein de
gerektiğinde hücrelerin çoğalmasını durduramaz. Tp53 mutasyonları hemen hemen
her kanser çeşidinde vardır [42]. İşlevini kaybetmesi nedeniyle kanser gelişimine
katkıda bulunan böyle bir gen, tümör baskılayıcı olarak adlandırılır. Çünkü normal
koşullarda etkin ürünleri kanser gelişimini baskılayan bir fren olarak çalışırlar [41].
Kanser gelişimine neden olabilecek binlerce nokta mutasyon, translokasyon,
amplifikasyon ve delesyon olduğu bilinmektedir. Detaylı bioinformatik analizler,
kanser ilişkili mutasyonların pek çok ana sinyalizasyon yolunu ve tümör oluşumunda
sorumlu süreçleri etkilediğini ortaya koymuştur. Pek çok kilit onkogenik
sinyalizasyon yolları, tümör hücrelerinin büyümesini ve hayatta kalmasını sağlamak
için tümör hücre metabolizmasını değiştirir. Bu değişiklikler hücre bölünmesinin 3
temel
ihtiyacı
olan
enerji
durumunu
korumak
için
hızlı
ATP
üretimi,
makromoleküllerin biyosentezinin artırılması ve uygun hücresel redox durumunun
korunması için gereklidir. Bu hücresel metabolizmadaki değişiklikler kanserin en
belirgin özelliğidir [43].
8
2.3. Dünyada Kanser
Uluslararası Kanser Araştırmaları Kurumu (IARC) 2008 yılında 12,4 milyon yeni
kanser vakası, 7,6 milyon kanser nedenli ölüm ve 28 milyon ilk tanıdan bu yana 5 yıl
ya da daha az süre geçmiş kanserli hasta olduğunu tahmin etmektedir. IARC ayrıca
yeni vakaların yarısından biraz fazlasının ve kanser nedenli ölümlerin üçte ikisinin
düşük ve orta gelir grubundaki ülkelerde olduğunu tahmin etmiştir [3]. 2008’de
dünya nüfusu tahmini 6,7 milyar olup bunun 2030’da 8,3 milyara yükselmesi
beklenmektedir. Bu dönemde yüksek gelir grubundaki ülkelerin nüfusları %4
artarken düşük ve orta gelir grubundaki ülkelerde bu artışın yaklaşık %30 olarak
gerçekleşmesi beklenmektedir. Ayrıca düşük ve orta gelir grubundaki ülkelerde 65
yaş ve üzerindeki nüfusun oranının da %5 ila %10 arasında artış göstermesi
beklenmektedir [44]. Kanser oranlarıyla yaş arasındaki güçlü bağıntı göz önünde
bulundurulduğunda 2030 yılında en çok düşük ve orta gelir grubundaki ülkelere etki
edecek artan bir kanser yükünden söz edilebilir [3].
Kanser türleri arasında en sık ölüme neden olanları akciğer, mide, karaciğer, kolon
ve meme kanserleridir. En sık görülen kanser türleri kadında ve erkekte farklılık
göstermektedir. 2007 yılında tüm kanser nedeniyle olan ölümlerin yaklaşık %72'si
düşük ve orta gelir grubuna ait ülkelerde meydana gelmiştir. Tüm dünyada kanser
ölümlerinin artmaya devam edeceği ve 2030 yılında 12 milyon ölümün kanser
nedeniyle olacağı tahmin edilmektedir [45].
2.4. Türkiye’de Kanser
Kanser, Türkiye'de en yüksek ikinci ölüm nedenidir [46-48]. Kanser insidansı ve
mortalite oranları gelişmekte olan ülkelerin çoğunda olduğu gibi ülkemizde de
artmaktadır. Türkiye'de kanser insidans hızları, bireysel ve çevresel risk faktörlerinin
yanı sıra, kayıt sisteminde yapılan iyileştirmeler ve sağlık hizmetlerine erişimin
artması nedeniyle yükselmektedir [49].
Türkiye'de cinsiyete göre kanser insidansı ise 2004 yılı için kadında yüzbin nüfusta
9
142,9; erkekte 236,3 olup 2005 yılında bu değerler sırasıyla 149,7 ve 246,5 olarak
bulunmuştur. 2006 yılında kanser insidansı kadında yüzbinde 158,1 iken erkekte
256,4 olmuştur [45].
Sağlık Bakanlığı, Kanser Kontrol Dairesinin veritabanından elde edilen verilere göre
kanser insidans oranları 2002 ve 2005 yılları arasında artmıştır. İnsidans oranları
2002 yılında 100 binde 133,78 iken 2005 yılında 100 binde 173,85’e yükselmiştir.
2002 ve 2005 yılları arasında erkekler için artışın ortalama büyüme oranı yaklaşık
%9,7’ye gelirken, kadınlar için bu oran %8,6 olmuştur. Türkiye'de sık rastlanan ilk
beş kanser türü, yüzbin nüfusta, akciğer (30,13), prostat (24,33), deri (18,91), meme
(17,96), mide (9,92) olarak tespit edilmiştir. Erkekler için kanser insidansı büyüme
oranları kadınlar için kanser insidans büyüme oranlarını aşmaktadır. Bu boşluk
özellikle erkekler için çok daha yüksek olan akciğer kanseri insidansından
kaynaklanmaktadır [49].
2006 yılında kadınlarda en sık görülen 10 kanser türünün insidansına bakıldığında;
meme kanseri yüzbin nüfusta 37,6 ile ilk sırada, kolorektal kanserler 12,5 ile 2.
sırada, tiroid kanseri 10,8 ile 3. sırada yer almaktadır. Bunu 8,4 ile uterus corpusu ve
7,6 ile mide kanseri takip etmektedir. Aynı yıl için erkeklerde en sık görülen 10
kanser türünün insidansı, akciğer ve bronş kanseri yüzbin nüfusta 68,9 ile ilk sırada,
prostat kanseri 28,9 ile 2. sırada, mesane kanseri ise 21,0 ile 3. Sırada yer almaktadır.
Bunu 18,2 ile kolorektal kanserler ve 14,8 ile mide kanseri takip etmektedir [45].
2.5. Kanser Tedavisi
Kanser, tedavi edilebilir bir hastalıktır [4-6]. Başarılı bir tedavi, sadece tıp
bilimindeki gelişmelere bağlı olmayıp, aynı zamanda hastalığın erken teşhisine, tanı
esnasında kanserin boyutunu belirlerken dikkatli evrelemeye, hızlı tedaviye ve hasta
için uygun destek verilmesine bağlıdır [8].
Kullanılacak tedavi biçimine karar verilirken dikkate alınması gereken bir takım
faktörler vardır. Örneğin, kanserin tipi, aşaması, metastaz yapıp yapmadığına dair bir
10
bulgunun olup olmaması, hastanın yaşı ve sağlığı ve bazı durumlarda bazı genetik
mutasyonların bulunuşu gibi [19]. Kanser tedavisinde kullanılan başlıca yöntemler,
cerrahi, radyoterapi, kemoterapi, nanopartikül terapi ve immünoterapidir [7, 23].
Birçok durumda hastalığın cinsi ve yaygınlığına göre bu yöntemler birlikte
kullanılırlar [7].
Kanser tedavisinde en eski ve en yaygın kullanılan metot ameliyattır [19]. Kanser
tespit edildikten sonra, bu tümörü ortadan kaldırmak genellikle mümkündür. Eğer
kanser birkaç belirli yerle sınırlı ise, cerrahi olarak çıkarmak için mümkün olabilir.
Cilt veya meme kanserlerinin çoğuna bu şekilde müdahale edilir. Bu nedenle
metastazdan önce yapılacak cerrahi müdahale, kanseri ortadan kaldırma olasılığını
artırır. Bu nedenle, bu tür kanserlerin erken teşhisi önemlidir [23].
Cerrahi tedavi gibi, radyoterapi de, belirgin bir doku kütlesini hedeflemektedir.
Yüksek enerjili X-ışınları, bir tümörün hücrelerinden geçerken DNA moleküllerine
zarar verir. Amaç, yüksek enerjili X-ışınlarının kanser hücrelerinden geçerken
DNA’da önemli bir miktarda hasar oluşturmak ve böylece bu hücrelerin artık işlev
yapamasını ve ölmesini sağlamaktır [19].
Bununla birlikte, bazı durumlarda, cerrahi pratik değildir. Lösemi, kemik iliği içinde
oluşturulmakta olan beyaz kan hücrelerinin kontrolsüz bir şekilde büyümesine neden
olduğu bir kanser türüdür. Bu durumda, kanserli hücreler vücuda yayılabilir ve tedavi
ameliyatla olamaz [23].
Kanser tedavisi için hücre büyümesini inhibe eden veya hücreleri öldüren sitotoksik
ilaçların kullanımı, antineoplastik ilaç tedavisi ya da daha yaygın olarak kemoterapi
olarak ifade edilir. İlaçlar kan dolaşım sistemi yoluyla tüm vücuda hareket edebilir.
Bunun avantajı, kemoterapinin tümörler şeklinde olmayan (lösemi ve lenfoma gibi)
ya da metastatik olan ve henüz tespit edilebilir kitleler olmayan kanser hücrelerinin
büyümesini durdurması veya öldürmesidir [19].
Yayılmış kanserlerin tedavisi çok daha zordur [50]. Metastatik kanser tedavileri ana
11
tümörler için kullanılan tedavilere benzemektedir. Radyasyon terapisi tedavinin ana
noktasıdır ve hastalar, kanser histolojisi ve toksisite profiline bağlı olarak çok sayıda
kemoterapi alırlar. Cerrahi nadiren metastatik lezyonlar üzerinde gerçekleştirilir [51].
Son zamanlarda, biyolojik/moleküler hedefe yönelik tedaviler gittikçe ön plana
çıkmaktadır [51, 52].
2.6. Antimikrobiyal Maddeler
Bakteriler, mantarlar, parazitler ya da virüslerin gelişimini önleyen veya inhibe eden
bileşiklere antimikrobiyal maddeler denir ve sırasıyla antibakteriyel, antifungal,
antiprotozoal ve antiviral ajanlar olarak adlandırılırlar [53]. Hastalık nedeni olan
mikroorganizmaları konağa zarar vermeden ortadan kaldıran, ilaçlarla yapılan tedavi
şekli kemoterapi başlığı altında yer alır [54].
Antimikrobik maddelerin enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde kullanılması 17.
yüzyıla dayanır. Bu yüzyılda sıtmada kinin, amipli dizanteride emetin kullanılıyordu.
Modern kemoterapinin temelleri 20. yüzyılda da Paul Ehrlich tarafından atılmıştır.
Ehrlich antimikrobiyal maddelerin klinik uygulamada seçici toksisite göstermesi
gerektiğini bildirmiştir. Seçici toksisite, ilacın, mikroorganizmaya zarar verip, insana
zarar vermemesi durumudur. Ehrlich, enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde tek bir
ilaç kullanıldığında kolaylıkla direnç gelişebildiğinden kombine ilaç kullanılması
gerektiğini belirtmiştir. 1929'da Alexander Fleming penisilinleri, 1935'de Domagk
sülfonamidleri bulmuştur [53, 55].
Antibakteriyel ajanlar (antibiyotikler), antimikrobiyal ajanlar olarak adlandırılan
bileşikler arasındaki en büyük grubu oluştururlar [56]. Antibiyotikler etki
mekanizmasına göre dört ayrı sınıfa ayrılabilir. Bu dört sınıf şunlardır: (1) Bakteriyel
hücre duvarı biyosentezini engelleyen ajanlar, (2) protein biyosentezi engelleyen
ajanlar, (3) deoksiribonükleik asit (DNA) veya ribonükleik asit (RNA) sentezini
engelleyen ajanlar, (4) folat sentezini engelleyen ajanlar [12].
12
2.7. Antibiyotik Direnci
Penisilin kullanımını izleyen yıllarda gelişen direnç 1960’lı yıllarda beta laktamaza
dirençli yarı sentetik penisilinleri (metisilin, oksasilin, nafsilin) gündeme getirmiştir.
Kısa bir süre sonra bu antibiyotiklere dirençli suşların olduğu saptanmıştır [57].
Bakterilerin antibiyotiklere direnç oluşturması nedeniyle, eskiden beri kullanılmakta
olan pek çok kemoterapotik madde bugün etkisiz kalmaktadır [54].
İnsanlar antimikrobiyal ilaç geliştirirken, mikroorganizmalarda bu ilaçların
etkisinden kaçınmak için kendi genetik mekanizmalarını kullanırlar. Bazı bakteri
türleri bazı ilaçlara karşı doğal olarak dirençlidir [53]. İlaçlara dirençlilik genlerle
alakalı olabilir bu genlerde bakteri kromozomu ya da plazmid DNA’da kodlanmış
olabilir [58]. Bu, doğuştan veya içsel direnç olarak adlandırılır [53]. Diğer
durumlarda ise, daha önceleri duyarlı olan organizmalarda kendiliğinden mutasyon
veya yeni genetik bilgi elde edilmesi yoluyla direnç gelişir, bu da edinilen direnç
olarak adlandırılır [53].
Bakteriler bu güne kadar keşfedilen antibiyotiklerin tüm farklı sınıflarına karşı direnç
geliştirmişlerdir. Direncinin en sık görüleni, plazmid konjugasyonu yoluyla kazanılır
ve yatay olarak aktarılır [14]. Kemoterapötik maddelerin gelişi güzel ve yaygın
kullanımı dirençli mikroorganizmaların egemen olmalarını sağlar ve bakterilerde
direncin yayılmasını kolaylaştırır [59].
Mikroorganizmaların da antimikrobiyal maddelere karşı geliştirdikleri birkaç direnç
mekanizması vardır. Bunlar, hücre içine ilacın girişini engelleme, enzimler
tarafından ilacın aktifliğinin giderilmesi, ilacın hedef bölgesinin değiştirilmesi,
hücreden ilacın dışarı akışı ya da ana metabolik yolların değiştirilmesidir [60].
Antibiyotik direnci, başlangıçta artan sayıda hastanede kazanılmış enfeksiyonlarla
ilişkili, genellikle kritik ve bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda sorun oluşturur
[14]. Halen antibiyotik dirençli bakteriler hastane ortamında hastane dışına göre çok
daha fazla hızla gelişmektedir. Hastanelerde bakteriler yoğun ve sürekli olarak
13
antibiyotiklere maruz kalmaktadır. Böyle mikroçevrelerde, antibiyotik dirençli
bakteriler için hayatta kalmayı ve bakteri popülasyonuna baskın olmayı sağlayan
seçici etkenler vardır [12].
Antibiyotiğe dirençli patojenler halk sağlığı için önemli bir tehlike oluşturmaktadır
[13]. Hastane veya hastane dışı enfeksiyonlara neden olan ve tedavisi zor olan çoklu
ilaç dirençli organizmalar, metisilin ve çoklu dirençli Staphylococcus aureus,
vankomisine dirençli enterokok, penisiline dirençli pnömokok ve Escherichia coli,
Klebsiella ve Enterobacter spp. ve Pseudomonas aeruginosa gibi çoklu dirençli
gram-negatif basillerdir [61]. S. aureus, enterokok ve gram-negatif basillerde
antimikrobiyal direnç gelişimi ile mortalite, morbidite, hastanede kalış süresi ve
sağlık maliyetlerindeki artış arasında bir ilişki vardır [16]. Metisiline dirençli S.
aureus’un Amerika Birleşik Devletleri'nde yılda yaklaşık 19.000 ölüme neden
olduğu tahmin edilmektedir [13].
2.8. Tıbbi Önem Taşıyan Bazı Bakteri ve Mantarlar
S. aureus: Ana ortamı insan burnu olup deride de bulunur. Elle bulaşır. Küme yapan
gram-pozitif koklardır. Koagülaz ve katalaz pozitiftir. Birçok organda apse,
endokardit, gastroenterid (gıda zehirlenmesi), toksik şok sendromu, hastaneden
bulaşan zatürre, cerrahi yara enfeksiyonları ve sepsise neden olurlar. İnsanda
enfeksiyonların en sık rastlanan nedenlerindendir. Aşısı yoktur. El yıkama bulaşmayı
azaltır [62-64].
Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus saprophyticus : Tıbbi önemi olan iki
stafilakoktur. Küme yapan gram-pozitif koklardır. Koagülaz-negatif ve katalazpozitiftir. S. epidermidis cildin normal florasının bir parçası olarak bol miktarda
bulunur. Kalp kapağı protezlerinde endokardit, kalça protez enfeksiyonu, damar içi
kateter enfeksiyonu, yeni doğan sepsisine neden olur [62-64]. S. epidermidis
tarafından kazanışmış ilaç direnci S. aureus’tan bile daha sıktır [64]. S. epidermidis
neredeyse her zaman hastane enfeksiyonu tipinde iken S. saprophyticus
enfeksiyonları genellikle hastane dışında alınmaktadır [64]. S. saprophyticus idrar
14
yolu enfeksiyonu yapar. Ekzotoksin üretmez. Staphylococcus aureus gibi besin
zehirlenmesine neden olmaz [63].
Escherichia coli: Doğada toprakta, sularda, insan ve hayvan gastrointestinal sistem
floralarında bol miktarda bulunur. İnsanda ortamı kolondur; vajen ve üretrayı
kolonize eder. Üretradan yukarı doğru tırmanıp idrar yolu enfeksiyonlarına neden
olur. E. coli kalınbarsak ve dışkıda en bol bulunan fakültatif anaeroptur. Gramnegatif, hareketli, kapsüllü, laktozu fermente eden, üreaz enzimi negatif, hidrojen
sülfür oluşturmayan, triptofandan indol oluşumu pozitif basillerdir. En sık idrar yolu
enfeksiyonları, yeni doğan menenjiti, sepsis ve turist diyaresi gibi hastalıklara yol
açabilir. Bazı E. coli suşları enterohemorajiktir ve kanlı ishale neden olur [62, 63,
65].
Enterococcus faecalis: Enterokoklar insan ve hayvanların normal florasında
bulunabilir. Katalaz-negatif, zincir yapmış gram-pozitif koklardır. Ortamı insan
kolonudur; üretra ve dişi üreme kanalına da yerleşim olabilir. Gastrointestinal veya
genitoüriner kanal manipülasyonları sırasında kana geçebilir. Neden olduğu
hastalıklardan en sık görülenler idrar ve safra yolu enfeksiyonlarıdır. Endokardit
ender ise de yaşamı tehdit eder. Penisilin veya vankomisin artı gentamisin gibi bir
aminoglikozid bakterisittir. Aşısı yoktur [62, 63, 65].
Pseudomonas aeruginosa: İnsan ve hayvanlarda fırsatçı patojen olan doğada çok
yaygın bulunan bakterilerdir. Aerobik gram-negatif çomak şekilli bakterilerdir.
Ortamı çevredeki su kaynaklarıdır. Deri, üst solunum yolu ve kolonda da bulunur.
Bulaşma su aerosolleri, aspirasyon ve dışkı bulaşıklığı iledir. Neden olduğu
hastalıklar, yara enfeksiyonu, idrar yolu enfeksiyonu, zatürre ve sepsistir. Damarda
ilaç kullananlarda endokardite neden olur. Laktoz fermente etmez, piyosiyanin
(mavi-yeşil) pigment üretir, oksidaz pozitif olup bu yolla Enterobakterideler ailesinin
üyelerinden ayırt edilir [62, 63, 65]. P. aeruginosa hastane infeksiyonlarında sık
rastlanan, kullanılan antimikrobiyallere hızla direnç geliştirebilen ve bu direnci
aktarabilen bir bakteridir [66, 67]. Hastane ortamında bulunan en zorlu patojendir
[68].
15
Bacillus cereus: Gıda zehirlenmesine neden olan aerob, gram-pozitif, spor yapan
çomaklardır. Ortamı pirinç gibi tahıllardır. Pirincin pişirilmesi sırasında sporlar
kaynamaya dayanır ve daha sonra pirinç sıcak tutulurken veya daha sonra ısıtma
nedeniyle çimlenir. İki adet enterotoksin üretir; bir tanesi kolera toksini gibi etki
yapar, diğeri stafilokoksik enterotoksin gibi etki yapar, yani bir süper antijendir.
Vücuda sindirim kanalından bulaşır. Herhangi bir aşısı olmayıp semptomatik tedavi
uygulanır [62, 63].
Bacillus subtilis: Toz, toprak, bitki, gübre, hayvanlar, süt ve sularda yaygın olarak
bulunan bakterilerdir. Subterminal peritrik kirpikleri ile hareketli, gram-pozitif,
bazen suşlar kapsüllü, aerop ve uzun zincirler yapabilen türlerdir. En sık besin
zehirlenmesi, doku veya göz içerisinde girerek göz yangılarına, septisemiye gibi
hastalıklara yol açabilir [62].
Proteus vulgaris: Proteus bakterileri hem hastane dışı hem de hastane içi idrar yolu
enfeksiyonlarına neden olurlar. Gram-negatif çomaklardır. Laktoz negatif, sporsuz ve
kapsülsüz bakterilerdir. Toprak ve suda olduğu kadar insan kolonunda da bulunur.
Bunların idrar yolu enfeksiyonlarına neden olma eğilimi, olasılıkla kolonda
bulunmalarına ve özellikle kadında üretraya yerleşmelerine bağlıdır. Proteus
organizmaların şiddetli hareketi, bunların idrar yoluna hareket etme yeteneklerine
katkıda bulunabilir. Ağır ve parçalanmış yaralarda bulunmaları hem enfeksiyonu
ağırlaştırır hem de tetanoz, gazlı kangren etkenlerinin üremesini kolaylaştırarak
bunların enfeksiyonlarının gelişmesine yol açar. Proteus vulgaris indol-pozitif bir tür
olup, antibiyotiğe indol-negatif olan Proteus türlerinden daha fazla dirençlidir [62,
63, 65].
Candida albicans: Eşeyli çoğalan, diploit, maya tipi bir mantar türü ve insanlarda
oral ve vajinal fırsatçı enfeksiyonların etmenidir. Candida cinsine ait 200 tür
olmasına karşın Candida enfeksiyonlarının %75'inin sorumlusu C. albicans'tır.
Mukozaların normal florasına dahil bir maya ise de dokuları işgal ettiğinde psödohifa
ve hifalar oluşturur. Neden olduğu hastalıklar, pamukçuk, yayılmış kandidiaz ve
kronik mukokütanöz kandidiazdır [63].
16
Candida tropicalis: Özellikle lenfoma, lösemi ve diyabet hastalarında, septisemi ve
disemine kandidiyazın önemli bir nedenidir. Bu, C. albicans yanında, ikinci en sık
rastlanan tıbbi patojendir. Aynı zamanda, normal insan deri ve mukoza florasının bir
parçası olarak da bulunur [69].
2.9. DNA-İlaç Etkileşimi
İlaçlarla DNA'nın etkileşimi, ilaç keşfi ve ilaç geliştirme sürecinde biyolojik
çalışmaların önemli bir bölümünü oluşturmaktadır [17, 70]. DNA’yı bağlayan
ligandlarla ilişkili etkileşimlerin çeşitli tipleri vardır. Bunlar, interkalasyon, kovalent
olmayan oluk bağlanma, kovalent bağlama/çapraz bağlama, DNA’yı kesme ve
nükleozid analog birleşmeyi içerir. Bu bağlanma etkileşimlerinin sonuçları,
kompleks oluşumu tanzim etmek için hem DNA hem de ilaç moleküllerinde
değişikliklere yol açar. Birçok durumda, DNA sarmal yapısındaki değişiklikler,
değiştirilmiş
termodinamik
kararlılık
ile
sonuçlanır
ve
DNA'nın
işlevsel
özelliklerinde değişiklikler olarak kendini gösterir [70, 71].
DNA çok sayıda negatif yüklü fosfat grupları içerdiğinden, çeşitli katyonları bağlama
yeteneğine sahip büyük bir anyondur [72]. Çoğu antitümör ilacı da hedef
hücresindeki DNA’ya zarar vererek işlev yapar, yani doğrudan DNA’ya bağlanır ve
DNA hasarına neden olur. Bu şekilde DNA kalıbı işlevine engel olabilir ve
replikasyonu ve DNA sentezini inhibe edebilir [73].
2.10. Fosfazenler
Fosfat-Azot bağı, kimyada en ilgi çekici bağlar arasındadır [74, 75]. Bu bağa sahip
bileşiklerden, fosfazenler en çok çalışılan bileşiklerdendir. Bilinen inorganik
makromoleküller sınıfının en büyüğünü teşkil ederler [75].
Fosfazenleri kısaca, kimyasal yapılarında –P=N- birimleri ihtiva eden bileşikler
olarak tanımlayabiliriz [74, 76-80].
17
Fosfazenler, organik çözücülerde çözündükleri için organik özellik gösterir. Bununla
birlikte, yapılarında P=N grubu bulundurmaları anorganik karaktere de sahip
olduklarını gösterir [74, 79, 80] . Bu nedenle de çok ilginç bir bileşik sınıfıdır [79].
Genellikle kristal yapılıdır [81].
Fosfazen bileşikleri düz zincirli (doğrusal), halkalı (siklofosfazen) veya polimerik
(polifosfazen) yapıda bulunurlar. Düz zincirli fosfazenler (R)HN=PX3 veya
X2P(Y)N=PX3 (R: alkil; X: F, Cl, alkil, aril, alkoksi, amino; Y: O, S); halkalı
fosfazenler [(NPX2)n (X: F, Cl, Br; n: 3-12)]; polimerik fosfazenler ise [X2P(Y)(N=PX2)n-N=PX3 (R=alkil, X=halojen, alkil, aril, alkoksi, amino; Y=O,S)] genel
formülleriyle gösterilirler [74, 78- 80]. Bu yapılar, tekrarlanma sayısına bağlı olarak,
küçük moleküllü bileşiklerden polimerlere kadar pek çok bileşiği kapsar [78].
Halkalı fosfazenler uygun şartlarda ısıtıldığında halka açılır ve düz zincirli yapıya
dönüştürülür ve böylece polimerik fosfazenler elde edilir [74, 81]. Bu bileşiklerin
genel formülleri Şekil 2.1’de verilmiştir.
Şekil 2.1. Fosfazenlerin genel formülleri (a) Doğrusal monofosfazen, (b)
Polifosfazen, (c) Siklodifosfazen, (d) Siklotrifosfazen, (e)
Siklotetrafosfazen
Halkalı fosfazenler, halkadaki (N P X2)n sayısına göre, trimer (n=3), tetramer (n=4)
ve pentamer (n=5) olarak isimlendirilir
bileşiklerinden trimerin,
[74]. Halkalı
yapıdaki fosfazen
(NPCl2)3 mono ve bifonksiyonel amin ve alkollerle
nükleofilik yer değiştirme reaksiyonları konusunda araştırmalar mevcuttur. Bununla
birlikte, halka yapısı farklı olan tetramerin sübstitüsyon reaksiyonları ile ilgili
literatürde çok fazla çalışma yoktur.
18
Fosfazenler, pek çok grupla nükleofilik yerdeğiştirme reaksiyonu verebilmekte ve
böylece değişik fosfazen bileşikleri oluşmaktadır. Bağlanan gruba göre, oluşan
bileşikler farklı özellikler taşımaktadır [74, 79, 80, 82, 83].
Bağlanan ligandlara göre değişik özellikler gösteren fosfazen türevleri, ısıya ve
yangına dayanıklılık [83], elastomerik özellik [83, 84], antikanser ve antitümör
özellik [9, 85-98], doğrusal olmayan optik özellik [99-102], elektrolit özellik [103108],
antimikrobiyal özellik [9, 11, 109-122], DNA ile etkileşim [90, 117-121,
123-126], sıvı kristal özellik [127, 128], üreaz aktivitesi [129, 130], biyobozunur
özellik [93, 131-137] gibi özelliklerinden yararlanılarak pek çok alanda kullanılabilir.
Bu nedenle fosfazen bileşikleri endüstriyel ve tıbbi alanlarda önemli bir yer tutarlar.
Özellikle polifosfazenler malzeme biliminde hızla genişleyen bir ölçeğe sahiptir. Bu
genişleme, yeni polimer yapılarının oluşmasını ve kullanışlı özelliklere sahip yeni
materyalleri ortaya çıkarmaktadır [83].
Endüstride, ısıya ve yangına dayanıklı olmaları nedeniyle tutuşmayı önleyici ve
geciktirici maddeler üretilmektedir [138-141]. Isıya direnç, hidrolitik kararlılık,
elastomerik uyumluluk ve iyonik sıvı özelliklerinden yararlanılarak hidrolik sıvı
uygulamalarında, hidrolik ve yağlayıcı sistemlerde kullanılan ısıya dirençli sıvılar
üretilebilmektedir [142-144]. İyonik özellikteki bu sıvılar çok kullanışlı materyal
özellikleri olan bileşiklerin bir çeşitidir [145-147].
Fosfazenlerin doğrusal olmayan optik ve yüksek kırılma indisine sahip olma
özellikleri transparan film ve cam yapımında kullanılırken [99, 101], elektrolik
özellikleri şarj edilebilir lityum pillerinde kullanılmaktadır [106, 148-150].
Fosfazenlerin tıpta kullanımı daha çok biyomedikal uygulamalarda [133] karşımıza
çıkmaktadır. Örneğin, biyomedikal uygulamalar için polifosfazen nanofiberler [151]
[152], proton iletken membranlar [135], ve doku mühendisliğinde iskelet doku [135,
137, 152-157], yapay implantları kaplama malzemesi [109] olarak kullanılmaktadır.
19
İlaç endüstrisinde, kontrollü salım ve ilaç taşıyıcı sistemlerde [131, 132, 135, 158169], viral olmayan gen taşıyıcı sistemlerde [93, 134, 136, 170, 171], ilaç
formülasyonunda [135], sulu çözeltilerde protein dengeleyici olarak [108] ve ilaç
adjuvanı [108, 166, 172, 173] olarak kullanılmaktadır.
Yapay nükleazların geliştirilmesi moleküler biyoloji ve genetik mühendisliği kadar,
biyoteknoloji ve ilaç tasarımı için de önemlidir [124, 126, 174-176]. Kimyasal
nükleazlar, DNA’yı oksidatif, foto-uyarılmış ve hidrolitik işlemlerle kesebilirler
[126, 177-179]. Büyüklük olarak geleneksel enzimatik nükleazlardan daha küçük
olmaları bakımından daha üstün avantajlara sahiptir. Yapay nükleazların tasarımında
fosfazenler,
özellikle
etkin
DNA
kesimi
için
kompleksler
oluşturabilen
siklofosfazenler dikkat çekmektedir [126].
2.11. Fosfozen Kimyasının Gelişimi
Shaw ve arkadaşlarının (1962) bildirdiğine göre, fosfazenlerin literatüre ilk girişi,
1834 yılında Rose ve Liebig’in ayrı ayrı yaptıkları çalışmalarla olmuştur. Her iki
araştırmacı da, fosfor pentaklorürün amonyak ya da amonyum klorür ile reaksiyonu
sonucu beyaz kristalli bir bileşiğini verdiğini bulmuştur. Fakat 1846 yılında Gerhardt
ve Laurent, verilen formülün yanlış olduğunu, ampirik formülün NPCl2 olduğunu
belirlemiştir. 1864 yılında Gladstone, Holmes ve Wichelhnus saflaştırılmış ürünün
buhar yoğunluğunu ölçmüş ve molekül formülünü N3P3Cl6 olarak belirlemiştir.
Birçok araştırmacı bu alanda çalışmış, aromatik amino türevleri karakterize edilmiş
ve bir bromofosfazen hazırlanmıştır. Stokes, 1897’de hekzaklorotrifosfazen’in
halkalı yapısını (Şekil 2.2) önermiş ve çalışması fosfazen kimyasının temellerini
oluşturmuştur. Schenk ve Romer, 1924 yılında klorofosfazen sentezini modifiye
etmişler ve inert bir çözücü kullanımına ilişkin yöntemler günümüzde yaygın olarak
kullanılmaktadır [81].
Fosfazen bileşiklerinin keşfi 1800’lü yıllarda olmasına rağmen, deneysel tekniklerin
gelişmesiyle birlikte 1950’li yıllardan itibaren çalışmalar hız kazanmıştır [180].
20
Günümüze kadar pek çok fosfazen bileşiği sentezlenmiş olup, bu polimerler, Harry
R. Allcock araştırma grubu tarafından popüler hale getirilmiştir [82].
Şekil 2.2. Halkasal fosfazenler
Son
yarım
asırda
yapılan
çalışmalar
sadece
yeni
fosfazen
bileşiklerin
sentezlenmesinden ve yapılarının incelenmesinden ibaret olmayıp, aynı zamanda
sentezlenen bu bileşiklerin çeşitli özelliklerin araştırılması şeklindedir. Böylece
fosfazen bileşikleri pek çok alanda kullanılmaya başlanmıştır.
2.12. Antimikrobiyal Aktivite ve DNA’ya Etki Çalışmaları
Son yüzyılda fosfazen kimyası ve fosfazenlerin uygulama alanları üzerine pek çok
çalışma yapıldığı, özellikle son 50 yılda bu çalışmaların hız kazandığı görülmektedir.
Bununla birlikte, fosfazenlerin biyolojik aktiviteleri üzerine çok fazla çalışma
yapılmamıştır. Yeni sentezlenen fosfazen bileşiklerinin kimyasal özelliklerinin
incelenmesinin yanında antibakteriyal ve antifungal aktivitelerinin ve DNA üzerine
etkilerinin araştırıldığı çalışmalar 2000’li yıllardan itibaren artmaya başlamıştır.
Allock ve arkadaşları (1992), suda çözülebilen bazı fosfazen yüksek polimerlerinin
6 farklı bakteri suşu üzerinde antibakteriyel aktivitelerini araştırmışlardır. MEEP
hidrojelleri gibi bir takım yüksek polimerlerin bakteri büyümesini engellediğini,
sadece
E.
coli
bakterisinin
uyguladıkları
fosfazenlerden
etkilenmediğini
bildirmişlerdir. Bazı bileşiklerin bazı bakteri suşları üzerinde antibakteriyal etkiye
sahip olduğunu, bununla birlikte konsantrasyon azaltıldığında bakteri suşları
21
üzerindeki aktivitenin de azaldığını gözlemlemişlerdir. Ayrıca bu materyallerin
yapay implantlar için kaplayıcı olarak kullanılabileceğini belirtmişlerdir [109].
Konar
ve
arkadaşları
(2000),
SM,
BOMPHOS
ve
PHOMPHOS
gibi
monofosfazenlerin bakteri ve maya suşları üzerindeki antimikrobiyal etkilerini
incelemişlerdir. SM ve BOMPHOS’un uygulanan tüm konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde etkiye sahip olduğunu, PHOMPHOS’un ise sadece yüksek
konsantrasyonlarda
antimikrobiyal
etkiye
sahip
olduğunu
göstermişlerdir.
Mikrobiyal besi ortamlarında klor atomlarının antiseptik olduğunu, SM bileşiğinin
yapı iskeletindeki klorin atomlarının antimikrobiyal aktiviteye neden olmuş
olabileceğini söylemişlerdir. BOMPHOS bileşiğinin antimikrobiyal aktivitesinin ise
moleküler iskeletindeki benzen halkası nedeniyle olabileceğini belirtmişlerdir.
PHOMPHOS
bileşiğinin
düşük
konsantrasyonlarda
antimikrobiyal
aktivite
göstermemesi, sadece yüksek konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktiviteye sahip
olması nedeniyle, monofosfazen moleküllerinin belirli konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğuna işaret etmişlerdir
[110].
Öztürk ve arkadaşları (2000), SM, ipemphos ve amphos gibi monofosfazenlerin bazı
bakteri ve maya suşları üzerindeki antimikrobiyal aktivitelerini araştırmışlardır.
Farklı konsantrasyonlarla yapılan bu çalışmada, diğerlerinin sentezinde başlangıç
materyali olarak kullanılan SM bileşiğinin, uygulanan tüm konsantrasyonlarda
bakteri ve maya hücreleri üzerinde etkili olduğu, ipemphos ve amphos bileşiklerinin
sadece yüksek konsantrasyonlarda antimikrobiyal etkiye sahip olduğu gösterilmiştir.
Bu sonuçlar, monofosfazen moleküllerinin belirli konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu işaret etmişdir.
Antimikrobiyal aktivitenin SM bileşiğinin yapı iskeletindeki klorin atomları
nedeniyle olabileceğini, çünkü klorin atomlarının mikrobiyal büyüme üzerinde
antiseptik etkiye sahip olduğunu belirtmişlerdir. Sonuç olarak, amphos ve ipemphos
bileşiklerinin, başlangıç materyaline (SM) kıyasla daha düşük antimikrobiyal
aktiviteye sahip olduğu söylemişlerdir [111].
22
Yılmaz ve arkadaşları (2002), iki monofosfazen bileşiğinin bakteri ve mayalar
üzerindeki antimikrobiyal etkisini araştırdıkları çalışmalarında, bu bileşiklerden
trifenil monofosfazen-II bileşiğinin test ettikleri tüm bakteri ve maya hücreleri
üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu, ancak tri(o-tolil)monofosfazen-III
bileşiğinin sadece bazı bakteri hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip
olduğunu göstermişlerdir. Konsantrasyonlar artırıldığında trifenil monofosfazen-II
bileşiği inhibisyon zonlarının genişlemesine neden olurken, tri(o-tolil)monofosfazenIII bileşiğinin böyle bir etkisi gözlenmemiştir. Trifenil monofosfazen-II bileşiği
uygulanan tüm konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktivite gösterirken, tri(otolil)monofosfazen-III bileşiği düşük konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktivite
göstermemiştir.
Sonuç
olarak,
trifenil
tolil)monofosfazen-III’ün
aynı
mikroorganizmalar
monofosfazen-II’ye
göre
üzerinde
daha
tri(odüşük
antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu göstermişlerdir. Bu bileşiklerin antimikrobiyal
aktivite göstermesinde, trifenil monofosfazen-II’nin iskelet yapısındaki fenol
halkasının, tri(o-tolil)monofosfazen-III bileşiğinde ise yapısındaki tolüen halkasının
bu bileşiklere antimikrobiyal aktivite kazandırdığı düşünülmüştür [112].
Yılmaz
(2004),
bazı
halkalı
fosfazenlerin
sentezini,
polimerizasyonu
ve
karakterizasyonunu yaptığı çalışmasında sentezlenen bu yeni amino fosfazen
bileşikleri ve polimerlerinin bakteriler ile maya kültürlerine karşı antimikrobiyal
özelliklerini
incelemiştir.
Sentezledikleri
polimer
bileşiklerinin
monomer
bileşiklerine göre daha aktif olduğunu gözlemlemiştir [113].
Yıldız ve arkadaşları (2007), sentezledikleri bazı yeni amino fosfazen bileşikleri ve
polimerlerinin antimikrobiyal özelliklerini bakteriler ile maya kültürlerine karşı
incelemişler, polimer bileşiklerinin monomer bileşiklerine göre daha güçlü
antimikrobiyal aktivite sergilediğini gözlemlemişlerdir. Gram-pozitif bakterilere
karşı olan aktivitenin gram-negatif bakterilere olandan daha yüksek olduğunu
belirtmişler, bunun nedeninin bu bakterilerin membran yapı farklılıklarını
göstermişlerdir. Bazı bileşiklerin bazı bakterilere karşı referans antibiyotiklerden
daha fazla aktif olduğunu, bu nedenle enfektöz hastalıklara karşı potansiyel ilaçlar
olarak daha ileri farmakolojik testler için seçilebileceğini belirtmişlerdir. Ayrıca,
23
polimer IV’ün maya kültürleri ile yapılan testlerinde ticari antifungal ajanlardan daha
etkili olduğu, bu nedenle bu bileşiklerin güçlü anticandidal etkisi geniş spektrumlu
yeni anticandidal ajanlar geliştirilmesi bakımından gelecek vadedici olduğunu
bildirmişlerdir [114].
Durmaz ve arkadaşları (2007), bazı fosfazen bileşiklerinin antimikrobial etkilerini 14
farklı mikroorganizma suşu üzerinde test etmişler, bileşiklerden bir kısmının
vancomycine ve methicillin gibi kuvvetli ticari antimikrobiyal maddelerle
kıyaslanabilecek düzeyde olduğunu belirtmişlerdir [115].
Yıldız ve arkadaşları (2008), sentezledikleri bazı yeni fenoksi-, fenoksi-amino- ve
anilinofosfazen bileşiklerinin bakteri ve mayalara karşı antimikrobiyal özelliklerini
incelemişlerdir. Tüm fosfazen bileşiklerinin 14 farklı mikroorganizmadan oluşan
bakteri ve maya kültürlerine karşı aktivite gösterdiklerini ve bazılarının standart
antibiyotiklerde daha etkili olduğunu gözlemlemişlerdir. Bu fosfazen bileşiklerinin
antibiyotik veya katkı maddesi olarak ileride kullanılabileceğine işaret etmişlerdir
[116].
Asmafiliz ve arkadaşları (2009), sentezledikleri yeni mono- ve bisferrosenilfosfazen
türevlerinin antimikrobiyal aktivitelerini ve DNA etkileşimlerini araştırmışlardır.
Tüm bileşiklerin Gram-pozitif bir bakteri olan B. cereus’a karşı potansiyel
antibakteriyal aktivite gösterdiğini, bir bileşiğin ise aynı zamanda C. albicans’a karşı
çok güçlü antifungal aktivite gösterdiğini gözlemlemişlerdir. Başlangıç materyali
olarak kullandıkları ferrosenildiamin’lerin M. tuberculosis’e karşı biyolojik aktivitesi
bilindiği için antitüberküloz aktivitesi incelenmiş ve yapılan duyarlılık testinde
bileşiklerin dilüsyon serilerine duyarlı olduğu görülmüştür. Bileşiklerin DNA
etkileşimlerinin incelenmesi neticesinde tüm bileşiklerin pBR322 plazmit DNA’sının
hareketliliğini değiştirmede etkili olduğu, bazı bileşiklerin etkisinin diğerlerinden
farklı olduğu tespit edilmiştir [117].
İlter
ve
arkadaşları
(2010),
sentezledikleri
yeni
spirosiklik
monoferrosenilsiklotrifosfazenleri, gram-pozitif ve gram-negatif bakterilere karşı
24
antibakteriyal aktivite yönünden, maya suşlarına karşı antifungal aktiviteleri
yönünden, M. tuberculosis H37Rv referans suşu ve çoklu antibiyotik direnci gösteren
6 farklı klinik M. tuberculosis suşuna karşı antitüberküloz aktiviteleri yönünden
araştırmıştır. Ayrıca, bileşiklerin DNA üzerine etkileri de incelenmiştir. Bu
maddelerin bazılarının, patojen bakteriler üzerinde etkili, tüberküloz referans suşuna
ve klinik suşlara da etkili olduğunu saptamışlardır. Bileşiklerin plazmit DNA ile
etkileşimleri sonucu DNA hareketliliği ve yoğunluğundaki etkiler gösterilmiştir.
Ayrıca, yapılan restriksiyon analizinde tüm bileşiklerce BamHI kesiminin
engellendiği, ancak HindIII kesiminin gözlendiği bildirilmiştir [118].
Işıklan ve arkadaşları (2010), sentezledikleri yeni N/O spirosiklik fosfazen
türevlerinin
biyolojik
araştırmalarında,
aktiviteleri
bileşiklerin
ve
güçlü
DNA
etkileşimlerini
antimikrobiyal
aktivite
inceledikleri
gösterdiklerini
gözlemlemiştir. Pirrolidin substituente sahip spirosiklikfosfazenlerin, mono- ve
bisferroseniltetrapirrolidinofosfazen’lere [117] kıyasla daha iyi antimikrobiyal aktive
sergilediğini belirtmişlerdir. Bileşiklerin plazmit DNA ile etkileşimleri sonucu DNA
hareketliliğinde etkili olduğunu, yapılan restriksiyon analizinde tüm bileşiklerce
BamHI ve HindIII kesiminin engellendiğini bildirmişlerdir [119].
Okumuş ve arkadaşları (2011), sentezledikleri yeni mono ve bis (4florobenzil)
spirosiklofosfazen’lerin biyolojik aktiviteleri ve DNA etkileşimlerini inceledikleri
araştırmalarında,
antimikrobiyal
bileşiklerden
aktiviteye
sadece
sahip
ikisinin
olduğunu
bakteri
ve
mayalara
gözlemlemişlerdir.
Bileşik
karşı
1b,
bakterilerden B. cereus, S. aureus ve B. Subtilis suşuna karşı aktivite gösterirken,
bileşik 4b C. albicans ve C. tropicalis suşuna karşı güçlü aktivite gösterdiğini
bildirmişlerdir. Bileşiklerin DNA ile etkileşimlerini pBR322 plasmid DNA ile
çalışmışlar ve sentezlenen tüm bileşiklerin DNA’nın hareketliliği üzerine etki
gösterdiği bulmuşlardır. (4-florobenzil)fosfazen bileşiklerinin DNA ile etkileşimleri
sonucunda DNA’ya bağlanıp bağlanmadığını, eğer bağlandıysa hangi nükleotidlere
bağlandığını belirlemek için BamHI ve HindIII enzimleri ile DNA-madde
karışımının enzim kesim deneylerini gerçekleştirmişlerdir [120].
25
Asmafiliz ve arkadaşları (2012), sentezledikleri yeni N/O spirosiklotrifosfazenlerin
biyolojik aktiviteleri ve DNA etkileşimlerini incelemişlerdir. 5000 μM ve 10000 μM
konsantrasyonlarda, bileşikleri bazı bakteri ve mantar suşlarına karşı test etmişler
ancak herhangi bir güçlü antimikrobiyal aktivite gözlemleyememişlerdir. Aktivite
göstermeme nedenlerinin, maddelerin hücreye girememesi veya girdikten sonra
hücreden atılması veya hücre tarafından maddeyi inaktive eden bir enzim üretiminin
olabileceğini tartışmışlardır. Bileşiklerin DNA ile etkileşimlerini pBR322 plasmid
DNA ile çalışmışlar ve sentezlenen her bileşiğin doza bağlı olarak DNA
hareketliliğini değiştirerek az çok etki gösterdiğini tespit etmişlerdir [121].
Çil ve arkadaşları (2012), spirosiklofosfazen’in farklı aminlerle reaksiyonu sonucu
sentezledikleri Schiff baz ve dioksifenil grupları taşıyan yeni fosfazen türevlerinin
gram-negatif
ve
gram-pozitif
bakterilere
karşı
antibakteriyal
aktivitesini
araştırmışlar, bileşiklerin farklı bakterilere karşı değişen antibakteriyal etki
gösterdiklerini gözlemlemişlerdir. OH, Cl ve CN gibi gruplar ihtiva eden bileşiklerin
diğerlerine göre daha iyi sonuç gösterdiğini, hem OH, hem de Cl grupları içeren
bileşiğin ise en iyi antibakteriyal aktiviteyi gösterdiğini bildirmişlerdir [122].
Yıldırım ve arkadaşları (2012), antikanser ajanları olarak siklotrifosfazen türevlerini
inceledikleri çalışmalarında, sentezledikleri siklotrifosfazen bileşiklerinin bir takım
yeni dispirobino ve dispiroansa spermin türevlerinin antimikrobiyal etkilerinin olup
olmadığını da araştırmışlardır. Bu bileşikleri, gram-pozitif (S. aureus) ve gramnegatif (E. coli ve P. aeruginosa) bakterilere karşı antibakteriyal aktivite yönünden,
C. albicans’a karşı antifungal aktiviteleri yönünden araştırmışlar, dikkate değer
herhangi bir antimikrobiyal etki gözlemlememişlerdir [9].
Wang ve arkadaşları (2009), çok dişli siklotrifosfazen ligandlar üzerine yaptıkları
çalışmalarında, sentezledikleri beş dişli çok çekirdekli siklotrifosfazen liganların Cu
kompleksleri varlığında plazmid DNA üzerindeki kesim etkisini göstermişlerdir.
Tüm test edilen bileşiklerin, özellikle 3b + Cu, fizyolojik koşullar altında plazmid
DNA'nın
kesimi
belirtmişlerdir[124].
için
güçlü
bir
katalizör
gibi
hareket
edebileceğini
26
Wang ve arkadaşları (2009), siklotrifosfazen çok dişli ligandların DNA kesimi
üzerine yaptıkları çalışmalarında, bir dizi çok çekirdekli siklotrifosfazen liganları
sentezlemişler ve yapay nükleaz enzim modeli olarak kullanmışlardır. Metal
kompleksleri varlığında pUC19 plazmid DNA’sının bu ligandlarca etkili biçimde
kesildiğini göstermişlerdir [123].
Yang ve arkadaşları (2010), bazı polifosfazenlerin DNA üzerindeki transfeksiyon
aktivitesini araştırmışlardır. Tek birincil (1°) amino grupları olan veya bol miktarda
birincil (1°) amino grupları olan polimerlerin, çoğunlukla veya tamamen ikincil (2°)
veya üçüncül (3°) amino grupları olanlardan daha etkili biçimde DNA’ya
bağlanabildiklerini göstermişlerdir. En etkili gen taşıyıcının, küçük bir kısmında
imidazol parçası bulunması ile birlikte, uygun oranda (1°), (2°) ve (3°) aminleri
bulunan katyonik polimerlere dayanacağına inandıklarını belirtmişlerdir [125].
Zhu ve arkadaşları (2011), sentezledikleri iki yeni siklotetrafosfazen türevinin
pUC19 plazmid DNA’sı üzerindeki etkisini araştırmışlar ve bu bileşiklerin Cu2+
kompleksi ile DNA üzerinde kesim etkisinin olduğunu, Cu2+ komplekslerinin ise tek
başına kesimde etkili olmadığını göstermişlerdir. Bu DNA kesim reaksiyonun
bileşik/Cu2+ kompleksinin konsantrasyonuna bağlı olarak değiştiğini bildirmişlerdir.
Kendi trimer analoglarında, esnek sekiz elemanlı bir halka ihtiva eden
siklotetrafosfazenlerin, katı düzlemsel altı elemanlı halka bulunduranlardan daha
etkili DNA kesme için kompleksler oluşturduğunu belirtmişlerdir [126].
Brandt ve arkadaşları (2001), taç taşıyan siklotirifosfazenlere azidiril gruplarının
sokulmasıyla ve bunun sübstitüsyonları sonucu elde ettikleri fosfazen türevlerinin
AIDS ilişkili lenf kanserinde tümör büyümesini inhibe ettiğini göstermişlerdir. Bu
bileşiklerin
DNA
etkileşiminde
etkili
olduğunu
belirtmişlerdir.
Aziridinilsiklofosfazen ilaçların terapötik özelliklerini geliştirmek için daha ileri
olasılıklar aramışlardır [90].
27
3. MATERYAL VE METOT
3.1. Materyal
3.1.1. Fosfazenler
Araştırma materyali olarak kullanılan orijinal fosfazen bileşikleri Prof. Dr. Zeynel
KILIÇ ve Dr. Nuran ASMAFİLİZ tarafından Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi,
Kimya Bölümü laboratuvarlarında sentezlenmiştir. İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7,
İF8, İF9, İF10 ve İF11 olarak adlandırdığımız 11 farklı fosfozen bileşiği ve çözücü
olarak dimetil sülfoksit (DMSO) kullanılmıştır. Çalışmada kullanılan bileşiklerin
açık yapısı Şekil 3.1’de verilmiştir.
İF1
O
N
CH2
CH2
N
P
P
N
Cl
N
Cl
P
Cl
O
Cl
N
P
P
Cl
Cl
P
N
N
Cl
Cl
N
İF2
H5C2N
N
CH2
CH2
N
P
P
N
N
N
Cl
Cl
P
Cl
N
Cl
Cl
P
P
N
NC2H5
Cl
Cl
Şekil 3.1. İF bileşiklerinin açık yapısı
P
N
Cl
28
İF3
H3CN
CH2
N
CH2
N
P
P
N
N
N
Cl
Cl
P
Cl
NCH3
N
Cl
Cl
P
P
P
Cl
Cl
N
Cl
N
İF4
H3CN
CH2
N
CH2
N
P
P
N
N
N
Cl
Cl
P
Cl
NCH3
N
Cl
Cl
P
P
Cl
Cl
N
P
Cl
N
İF5
H5C2N
N
CH2
CH2
N
P
P
N
N
N
N
N
P
N
N
N
N
P
P
N
NC2H5
N
N
P
N
Şekil 3.1. (Devam) İF bileşiklerinin açık yapısı
N
29
İF6
H3CN
N
CH2
CH2
N
P
P
N
N
N
N
N
CH2
CH2
N
N
P
P
N
N
N
N
N
P
NCH3
P
N
N
İF7
H3CN
N
N
P
P
N
N
N
N
N
P
N
N
N
P
P
N
N
NCH3
N
P
N
N
N
İF8
O
N
CH2
CH2
N
P
P
N
N
N
N
N
P
N
N
N
N
P
P
N
O
N
N
P
N
Şekil 3.1. (Devam) İF bileşiklerinin açık yapısı
N
30
İF9
O
N
CH2
CH2
N
O
P
P
N
O
O
N
N
N
P
N
P
N
P
N
O
O
O
N
N
P
N
N
N
O
N
N
O
O
İF10
H5C2N
N
CH2
CH2
N
NC2H5
P
P
O
N
N
P
P
O
O
N
N
N
P
P
O
N
N
O
O
N
N
N
N
N
N
N
O
O
İF11
H3CN
N
CH2
CH2
N
P
P
N
O
N
N
P
N
O
O
N
O
N
N
P
P
N
P
N
NCH3
N
N
O
N
O
Şekil 3.1. (Devam) İF bileşiklerinin açık yapısı
O
N
N
O
31
3.1.2. Kullanılan mikroorganizmalar
Çalışmada B. cereus (NRRL-B-3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC
25922), E. coli (ATCC 35218), E. faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC
27853), P. vulgaris (ATCC 8427), S. aureus (ATCC 25923), C. albicans (ATCC
10231), C. tropicalis (ATCC 13803) mikroorganizmaları kullanılmıştır.
3.1.3. Biyolojik aktivite çalışmaları için kullanılan tampon ve çözeltiler
Bileşik stok çözeltisi :
İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11 bileşikleri DMSO içinde
çözülerek 5000 μM stok çözeltileri hazırlanmıştır.
Antimikrobiyal aktivite için kullanılan kimyasal maddeler ve çözücüler
Muller Hilton Agar, Nutrient Broth, Sabouraud Dextrose Agar ve Sabouraud
Dextrose Broth, % 0,9 Serum fizyolojik (% 0,9 NaCl çözeltisi), Distile su, DMSO
(Dimetil sülfoksit) kullanılır.
DNA’ya etkinin araştırılması için kullanılan maddeler ve çözücüler
Stok Tris çözeltisi
: 500 mM Tris ( pH: 8.0)
Stok EDTA tamponu : 500 mM EDTA ( Etilendiamin-tetra asetik disodyum tuzu),
5M NaOH ( pH: 8.0)
TE tamponu
: 10 mM Tris (pH:8), 1mM EDTA (pH:8)
Agaroz
: % 0,8 ve % 2 (w/v) agaroz TAE tamponunda çözülerek
hazırlanır.
Tris asetat (TAE) tamponu: 242 g Tris bazı, 57,1 ml Glasial asetik asit, 100 ml 0,5M
EDTA ( pH:8), saf su
Yükleme tamponu
: % 40 sukroz, % 0,025 bromfenol mavisi, % 0,25 ksilen
siyanol
32
Etidyum bromür
: 10mg/ml derişimde hazırlanır. Koyu renkli şişelerde
muhafaza edilir.
TTC tuzu
2,3,5- Triphenytetrazolium chlorid..........250 mg
Etanol (%96)..........................................100 ml
Madde tartılarak etanol de iyice çözülmüş ve sprey özellikli cam şişe içinde
buzdolabında saklanmıştır.
Mc Farland No: 0,5 bulanıklık standardı
BaCl2 ( %1,175)........................0,5 ml
H2SO4.....................................99,5 ml
BaCl2 ve H2SO4 karıştırılarak 15 ml’lik kapaklı tüplere dağıtılır. Karanlıkta oda
sıcaklığında saklanır.
3.2. Yöntem
3.2.1. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesi
Bu çalışmada genel amaçlı besiyerleri olan Müeller- Hinton Agar ve Nutrient Broth
bakterilerinin gelişmesi için, Sabouraud Dextrose Agar ve Sabouraud Dextrose Broth
mayaların gelişmesi için kullanılmıştır.
Mueller-Hinton agar’dan 34 g alınıp 1000 ml saf su içinde karıştırılarak çözülmesi
sağlanır. Nutrient broth 8 g alınıp 1000 ml saf su içinde karıştırılarak çözülmesi
sağlanır ve kapaklı tüplere 10 ml konulur. Sabouraud dektroz agar’dan 65 g alınıp
1000 ml saf su içinde karıştırılarak çözülmesi sağlanır. Sabouraud dekstroz broth’dan
30 g 1000 ml saf su içinde karıştırılarak çözülmesi sağlanır ve kapaklı tüplere 10 ml
konulur.
33
Besiyerleri hazırlandıktan sonra 121⁰C basınçta 15 dakika otoklavlanarak steril
edilmiştir. Agar besiyerleri 90 mm’lik petri kaplarına dökülüp oda sıcaklığında
katılaştıktan sonra buzdolabında kullanılacağı zamana kadar saklanmıştır. 10’ar ml
steril tüplere dağıtılmış olan sıvı besiyerleri de kullanılacağı zamana kadar
buzdolabında saklanır.
Mikrobroth seyreltme tekniği
+4°C’de muhafaza edilen stok kültürler canlandırılmak üzere çıkarılmıştır (Çizelge
3.1). Bakteriler, içinde Muller Hinton Agar bulunan petrilere, stok kültürlerden
alınarak tek koloni ekimi yapılmış ve 37°C’de 24 saat süreyle inkübasyona
bırakılmıştır. İnkübasyondan sonra gelişen aktif bakteri kültüründen alınarak steril
serum fizyolojik bulunan tüplere aktarılmış, yoğunluğu McFarland No: 0,5 (1x108
colony forming unit (cfu)/ml)) olacak şekilde ayarlandıktan sonra 100 μl alınıp
besiyeri yüzeyine bırakılarak drigalski spatülü ile yayma işlemi yapılmıştır.
Mayalar, Sabouraud Dextrose Agar petrilerine ekilmiş ve 30°C’de 48 saat süreyle
inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyondan sonra gelişen aktif maya kültüründen
alınarak steril serum fizyolojik bulunan tüplere aktarılmış, yoğunluğu McFarland No:
0,5 (1x107 cfu/ml) olacak şekilde ayarlandıktan sonra 100 μl alınıp besiyeri yüzeyine
bırakılarak drigalski spatülü ile yayma işlemi yapılmıştır.
34
Çizelge 3.1. Biyolojik aktivite için kullanılan mikroorganizmalar
Mikroorganizma
Bacillus cereus
Bacillus subtilis
Eschericia coli
Eschericia coli
Enterococcus feacalis
Pseudomonas
aeruginosa
7 Proteus vulgaris
8 Staphylococcus aureus
9 Candida albicans
10 Candida tropicalis
1
2
3
4
5
6
Suş No
NRRL-B-3711
ATCC 6633
ATCC 25922
ATCC 35218
ATCC 292112
ATCC 27853
Ortam
MHA
MHA
MHA
MHA
MHA
MHA
Sıcaklık
37 °C
37 °C
37 °C
37 °C
37 °C
37 °C
Patojen
Patojen
Patojen
Patojen
Patojen
Patojen
ATCC 8427
ATCC 25923
ATCC 10231
ATCC 13803
MHA
MHA
SDA
SDA
37 °C
37 °C
30 °C
30 °C
Patojen
Patojen
Patojen
Patojen
MHA: Mueller Hinton Agar, SDA: Sabouroud Dextrose Agar
Agar kuyucuk difüzyon yöntemi
Antimikrobiyal aktivitesinin belirlenebilmesi için Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi
kullanılmıştır. Bu yöntemde her besiyerine aseptik koşullar altında 6 mm çapında
3’er adet kuyucuk açılmıştır. Her kuyucuğa daha önceden hazırlanmış ve filtreden
geçirilerek steril edilmiş stok çözeltiden 50 µl olacak şekilde konmuştur. Bu şekilde
hazırlanan petriler 2 saat +4˚C’de bekletildikten sonra bakteriler 37˚C’lik etüvde 24
saat, mayalar ise 30˚C’lik etüvde 48 saat inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon
süresi sonunda oluşan inhibisyon zonları cetvelle milimetrik olarak ölçülmüştür.
Minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) yöntemi
İnhibisyon zonu oluşmasına neden olan bileşikler için 2500 μM konsantrasyonundan
başlayarak DMSO ile 9 adet seyreltme yapılmıştır. Katı besiyerinden % 0,9 NaCl’ye
öze yardımıyla ekilen bakteriler 0,5 Mc Farland standardına göre ayarlanmıştır. 96
kuyucuk içeren pleytin her bir kuyucuğuna 95 μl nutrient broth konulmuştur.
Seyrelttiğimiz bileşiklerden 100 μl ilave edilmiştir. Üzerine 5 μl bakterilerden
eklenerek spektrofotometre cihazında absorbansı ölçülür. Negatif kontrol olarak
DMSO kullanılır. 24 saatlik inkübasyondan sonra tekrar spektrofotometre cihazında
35
absorbansı ölçülür. Etüv öncesi ve etüv sonrası çıkan değerler karşılaştırılır [181,
182].
Aynı işlem mayalar için de yapılır. Ancak bakterilerle yapılan işlemden farklı olarak
Sabouroud Dextrose Broth besiyeri kullanılır ve 48 saat inkübasyona bırakılır. Yine
etüv öncesi ve etüv sonrası çıkan değerler karşılaştırılır. Böylece minimum
inhibisyon konsantrasyonu tespit edilir [182, 183].
3.2.2. Madde-DNA etkileşimi
DMSO çözücüsünde çözülerek 5000 μM olarak hazırlanan İF1, İF2, İF3, İF4, İF5,
İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11 bileşiklerinin pBR322 plazmid DNA üzerinde etkisi
araştırılmıştır. 5000, 2500, 1250, 625 ve 312 μM konsantrasyonlardaki bileşikler
pBR322 plazmid DNA ile 37°C’de inkübasyona bırakılmıştır. 24, 48 ve 72 saat
sonunda agaroz jel elektroforezi yapılarak oluşan bantlar incelenmiştir. Kontrol
olarak bileşik ile etkileşime sokulmamış pBR322 plazmid DNA’sı jeldeki birinci
kuyucuğa konulmuştur.
3.2.3. Agaroz jel elektroforezi
% 1 (w/v) agaroz, TAE tamponu içinde kaynatılarak çözüldükten sonra jel tabağına
dökülmüştür. Jel polimerleştikten sonra inkübasyon sonrası bileşik-DNA solüsyonu
ile yükleme tamponu karıştırılarak jelde oluşan kuyucuklara yüklenmiş ve TAE
tamponu içinde 40-90 V uygulanarak 3-4 saat süre ile doğru akımda yürütülmüştür.
Etidium bromür içinde birkaç dakika boyama yapılmıştır [184]. Daha sonra jellerin
görüntülenmesi BioDoc Analyze (Biometra) görüntüleme cihazında yapılmış ve
bilgisayar ortamında fotoğrafları alınmıştır.
36
4. DENEYSEL BULGULAR
4.1. Fosfozenlerin Antimikrobiyal Aktiviteleri
İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11 bileşikleri DMSO
çözücüsünde çözülerek 5000 μM stok çözeltileri hazırlanmıştır. Bu bileşikler için
Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi kullanılarak 3 tekrarlı olarak antimikrobiyal
aktiviteleri incelenmiştir. Bu yöntem ile bulunan antimikrobiyal aktivite sonuçları
Çizelge 4.1’de verilmiştir.
Çizelge 4.1. İF5, İF6, İF7 ve İF8’in antimikrobiyal aktivite sonuçları
İnhibisyon Zon Çapları (mm)
Bileşikler
Mikroorganizma
B. cereus
(NRRL-B-3711)
B. subtilis
(ATCC 6633)
E.coli
(ATCC 25922)
E. coli
(ATCC 35218)
E. faecalis
(ATCC 292112)
P. aeruginosa
(ATCC 27853)
P. vulgaris
(ATCC 8427)
S. aureus
(ATCC 25923)
C. albicans
(ATCC 10231)
C. tropicalis
(ATCC 13803)
Negatif
Kontrol
DMSO
Antibiyotik
İF5
16,5
±0,5
18,5
±0,5
İF6
23,5
±0,5
26,5
±0,5
İF7
17,5
±0,5
17,5
±0,5
İF8
19,5
±0,5
21,5
±0,5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
R
12,0
±1,0
-
-
-
-
30,0
±0,0
C**
23,4
±0,7
31,0
±1,0
26,6
±1,1
10,5
±0,7
29,0
±1,0
-
-
-
-
-
R
R
-
-
-
-
-
R
-
22,5
±0,5
-
-
-
35,0
±0,0
30,3
±0,5
29,6
±0,5
-
-
-
-
-
NS
NS
-
12,0
±0,0
-
-
-
NS
NS
-
(Amp*: Amfisilin, C**: Kloramfenikol, Keto#: Ketokonozol)
Amp*
10,0
±1,0
30,3
±0,5
20,3
±0,5
Anti
fungal
Keto#
NS
NS
NS
NS
NS
NS
NS
NS
30,0
±0,0
29,0
±0,5
37
İF1, İF2, İF3, İF4, İF9, İF10 ve İF11 bileşiklerinin herhangi bir etki göstermemesi
nedeniyle zon oluşumu gerçekleşmemiştir. Buna karşılık, İF5, İF6, İF7 ve İF8
bileşiklerinin
antimikrobiyal
aktivite
göstermesi
nedeniyle
zon
oluşumu
gözlenmiştir. Negatif kontrol olarak DMSO kullanılmış ve herhangi bir etki, yani zon
oluşumu gözlenmemiştir.
Antimikrobiyal aktivite gösteren bileşiklerden İF5, B. cereus ile 16,5 mm, B. subtilis
ile 18,5 mm, E. faecalis ile 12 mm inhibisyon zonu oluşumuna neden olmuştur. İF6,
B. cereus ile 23,5 mm, B. subtilis ile 26,5 mm, S. aureus ile 22,5 mm, C. tropicalis
ile 12 mm inhibisyon zonu oluşumuna neden olmuştur. İF7, hem B. cereus ile hem
de B. subtilis ile 17,5 mm inhibisyon zonu oluşumuna neden olmuştur. İF8 ise B.
cereus ile 19,5 mm, B. subtilis ile 21,5 mm inhibisyon zonu oluşumuna neden
olmuştur.
İnhibisyon çapları incelendiğinde antimikrobiyal aktivite gösteren tüm bileşiklerin
(İF5, İF6, İF7 ve İF8) B. cereus ve B. subtilis bakterilerine karşı etkili olduğu,
bunlara ek olarak, İF5’in E. faecalis, İF6’nın ise S. aureus ve C. tropicalis
mikroorganizmalarına karşı da etkili olduğu gözlenmiştir. E.coli (ATCC 25922), E.
coli (ATCC 35218), P. aeruginosa (ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) ve C.
albicans (ATCC 10231) mikroorganizmalarının tüm bileşiklere karşı dirençli
oldukları
görülmüştür.
Çalışılan
bileşikler
arasında
en
fazla
sayıda
mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş inhibisyon zonu oluşturan İF6’nın
en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip bileşik olduğu anlaşılmıştır. Bileşiklerin
antimikrobiyal aktiviteleri Resim 4.1’de gösterilmiştir.
38
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
Resim 4.1. Antibakteriyal aktivite sonuçları (a-k). (a) B. cereus İF5 etkileşimi, (b) B.
subtilis İF5 etkileşimi, (c) E. faecalis İF5 etkileşimi, (d) B. cereus İF6
etkileşimi, (e) B. subtilis İF6 etkileşimi, (f) C. tropicalis İF6 etkileşimi
39
(g)
(h)
(i)
(j)
(k)
Resim 4.1. (Devam) Antibakteriyal aktivite sonuçları (a-k). (g) S. aureus İF6
etkileşimi, (h) B. cereus İF7 etkileşimi, (i) B. subtilis İF7 etkileşimi, (j)
B. cereus İF8 etkileşimi, (k) B. subtilis İF8 etkileşimi
40
4.2. Mikroorganizmalar Üzerindeki MİK Değerleri
Agar Kuyucuk Difüzyon Yöntemi kullanılarak antimikrobiyal aktiviteleri gözlenen
bileşiklerin etki gösterdikleri mikroorganizmalara bu yöntem uygulanmıştır. 5000
μM konsantrasyona sahip bileşik kullanılarak inhibisyon zonu oluşmasına neden olan
bileşikler için 2500 μM konsantrasyonundan başlayarak DMSO ile 9 adet seyreltme
yapılmıştır. Bulunan minimum inhibisyon konsantrasyonları (MİK) Çizelge 4.2’de
gösterilmiştir.
Çizelge 4.2. İF5, İF6, İF7 ve İF8’in MİK değerleri (μM/mm)
Bileşik
Mikroorganizma
B. cereus
(NRRL-B-3711)
B. subtilis
(ATCC 6633)
E. faecalis
(ATCC 292112)
S. aureus
(ATCC 25923)
C. tropicalis
(ATCC 13803)
İF5
İF6
İF7
İF8
5000
5000
5000
5000
2500
5000
5000
2500
2500
-
-
-
-
5000
-
-
-
5000
-
-
Çizelge 4.2’de gösterildiği gibi, İF5 için B. cereus’un MİK değeri 5000 μM olarak,
B. subtilis ve E. faecalis’in MİK değeri 2500 μM olarak belirlenmiştir. İF6 için B.
cereus,
B. subtilis, S. aureus ve C. tropicalis’in MİK değeri 5000 μM olarak
belirlenmiştir. İF7 için B. cereus ve B. subtilis’in MİK değeri 5000 μM olarak
belirlenmiştir. İF8 için B. cereus’un MİK değeri 5000 μM olarak, B. subtilis’in MİK
değeri 2500 μM olarak belirlenmiştir. Bulunan MİK değerleri incelendiğinde İF6 ve
İF7’nin 5000 μM’dan daha düşük konsantrasyonlarda etki göstermediği, daha düşük
konsantrasyonda (2500 μM) İF5’in B. subtilis ve E. faecalis'e karşı, İF8’in ise B.
subtilis’e karşı etkili olduğu görülmektedir.
41
4.3. Bileşiklerin DNA Üzerindeki Etkisi
DMSO çözücüsünde çözülerek 5000 μM olarak hazırlanan İF1, İF2, İF3, İF4, İF5,
İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11 bileşiklerinin pBR322 plazmid DNA üzerine etkisi
agaroz jel elektroforez yöntemi ile incelenmiştir. Bileşiklerin dimetilsülfoksit
(DMSO) içerisindeki çözeltileri 5000, 2500, 1250, 625 ve 312 μM olacak şekilde beş
farklı konsantrasyonda hazırlandıktan sonra plazmit DNA ile 37°C’de inkübasyona
bırakılmış ve %1’lik agaroz jel elektroforezde yürütülerek etkileşim belirlenmiştir.
Bahsi geçen konsantrasyonlarda İF1, İF2, İF3 ve İF4 bileşiklerinin plazmid DNA’nın
jel kuyucuklarına hapsetmesi nedeniyle, bu bileşikler için 625 μM’dan başlayan beş
seyreltme kullanılarak elektroforetik çalışma tekrarlanmıştır.
Bileşiklerin plazmit DNA ile etkileşimlerini gösteren elektrofotogramlar Resim 4.24.6’da verilmiştir.
Resim 4.2. İF1 (1-5), İF2 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat (b)
inkübasyon
İF1 ve İF2 bileşikleri plazmid DNA ile 24 saat ve 48 saat süre ile inkübasyona
bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda yapılan elektroforezle bu maddelerle DNA
arasında oluşan etkileşim Resim 4.2’de gösterilmektedir.
42
24 saatlik inkübasyon sonucu en yüksek üç konsantrasyonda İF1 ve İF2, plazmid
DNA’yı tamamen parçalamıştır. En düşük iki konsantrasyonda, konsantrasyon
azaldıkça form I ve form II yoğunluğu artmaya başlamıştır. Bileşikler DNA
hareketliliğini de bariz biçimde azaltmışır. 48 saatlik inkübasyon sonucunda ise
İF1’in en düşük iki konsantrasyonunda form I görülürken, İF2’nin sadece en düşük
konsantrasyonunda form I görülmektedir. Form II ise tamamen kaybolmuştur. Form
III oluşumu gözlenmemiştir.
Resim 4.3. İF3 (1-5), İF4 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat (b)
inkübasyon
İF3 ve İF4 bileşikleri plazmid DNA ile 24 saat ve 48 saat süre ile inkübasyona
bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda yapılan elektroforezle bu maddelerle DNA
arasında oluşan etkileşim Resim 4.3’de gösterilmektedir.
24 saatlik inkübasyon sonucu en yüksek iki konsantrasyonda İF3, plazmid DNA’yı
tamamen parçalarken, madde konsantrasyonu azaldıkça form I yoğunluğunda artış
görülmekte, form II ve form I yoğunluğu son üç konsantrasyonda hemen hemen aynı
görülmektedir. İF4 ise en yüksek konsantrasyonda DNA’yı tamamen parçalarken,
diğer konsantrasyonlarda form II ve form III meydana gelmiş, en düşük
konsantrasyon dışındaki tüm konsantrasyonlarda form I kaybolmuştur. Her iki
43
madde konsatrasyonu hareketliliği etkilemiş, konsantrasyon azaldıkça hareketlilikte
de azalma meydana gelmiştir.
48 saatlik inkübasyon sonucunda ise en yüksek iki konsantrasyonda İF3 ve İF4,
plazmid DNA’yı tamamen parçalarken, madde konsantrasyonu azaldıkça form II ve
form III yoğunluğunda artış görülmekte, form I ise tüm konsantrasyonlarda
kaybolmuştur. Her üç formun yoğunlukları dikkate alındığında inkübasyon süresi
arttıkça madde DNA etkileşiminin de arttığı görülmektedir. Yine her iki madde
konsatrasyonunun hareketliliği etkilediği, konsantrasyon azaldıkça hareketliliğin de
azaldığı görülmektedir.
48 saatlik inkübasyon sonucu İF3’ün en düşük iki konsantrasyonunda form II
yoğunluğunun, 24 saatlik inkübasyona göre daha fazla olması, 48 saatlik inkübasyon
sonucu tamamen kaybolan form I’in form II’ye, kısmen de form III’e dönüştüğünü
göstermektedir. Bununla birlikte, inkübasyon süresindeki artışla birlikte form II’nin
form III’e dönüşme hızında İF4, İF3’e göre daha fazla etkilidir.
Resim 4.4. İF5 (1-5), İF6 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a) ve 48 saat (b)
inkübasyon
44
İF5 ve İF6 bileşikleri plazmid DNA ile 24 saat ve 48 saat süre ile inkübasyona
bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda yapılan elektroforezle bu maddelerle DNA
arasında oluşan etkileşim Resim 4.4’de gösterilmektedir.
24 saatlik inkübasyon sonucu madde konstrasyonu arttıkça form I yoğunluğunun
azaldığı, form II yoğunluğunun ise arttığı görülmektedir. Form III ise
görülmemektedir. Madde konsantrasyonu arttıkça form I hareketliliğini azalırken,
form II hareketliliği ise azalmıştır.
48 saatlik inkübasyon sonucu ise madde konstrasyonu arttıkça form I yoğunluğunun
azaldığı, form II yoğunluğunun ise arttığı görülmektedir. Form III ise sadece en
düşük iki konsantrasyonda görülmektedir. Her iki madde de form I hareketliliğini
oldukça çok artırmıştır. Madde konsantrasyonu arttıkça form I hareketliliği de
azalmıştır. Konsantrasyondaki değişimlerin form I hareketliliğine etkisi İF5 ile
etkileşimde daha iyi görülebilmektedir. Form II hareketliliği, İF5 ile etkileşimde pek
fazla etkilenmezken, İF6’nın en yüksek iki konsantrasyonda artırmış, en düşük iki
konsantrasyonda da azalmıştır.
45
Resim 4.5. İF7 (1-5), İF8 (6-10) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a), 48 saat (b) ve 72
saat (c) inkübasyon
İF7 ve İF8 bileşikleri plazmid DNA ile inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon
sonunda yapılan elektroforezle bu maddelerle DNA arasında oluşan etkileşim Resim
4.5’de gösterilmektedir.
İF7 ve İF8 bileşiklerinin plazmit DNA ile 24 saatlik inkübasyonu sonucu form I,
form II ve farklı büyüklerde DNA fragmentleri görülürken form III oluşumu
gözlenmemiştir. İF7 konstrasyonu azaldıkça form I yoğunluğu artarken, form II
yoğunluğu
ise
azalmaktadır.
Bununla
birlikte
farklı
büyüklüklerde
DNA
fragmentlerinde ise bir artış görüşmektedir. İF8 konsantrasyonu form I ve form II
46
yoğunluğunu pek fazla etkilememiştir. Bununla birlikte İF8’in ikinci yüksek
konsantrasyonunda diğer konsantrasyonlara oranla daha fazla DNA fragmentleri
görülmektedir. Her iki madde de hareketliliği pek fazla etkilememiştir.
İF7 bileşiğinin plazmit DNA ile 48 saatlik inkübasyonu sonucu yine form III
meydana gelmezken form I ve form II’nin yanı sıra DNA fragmentleri de
görülmektedir. En düşük konsantrasyonda hem farklı büyüklüklerde DNA parçaları
oluşmuş hem de en fazla fragment oluşumu gözlenmiştir. Konsantrasyon azaldıkça
form I konsantrasyonunda artış form II konsantrasyonunda ise az da olsa azalış
gözlenmektedir.
İF7 ve İF8 bileşiklerinin plazmit DNA ile 72 saatlik inkübasyonu sonucunda da 24
saatlik ve 48 saatlik inkübasyon sonucu elde edilen sonuçlara benzer bir sonuç elde
edilmiştir. Ancak DNA yoğunluklarında oldukça azalma görülmektedir. Ayrıca, İF7
bileşiği, form I, form II ve DNA fragmentlerinin hareketliliğini de etkilemiştir. İF7
konsantrasyonu arttıkça DNA hareketliliği azalmıştır.
47
Resim 4.6. İF9 (1-5), İF10 (6-10) ve İF11 (11-15) bileşikleri, Kontrol (P), 24 saat (a),
48 saat (b) ve 72 saat (c) inkübasyon
İF9, İF10 ve İF11 bileşikleri plazmid DNA ile inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon
sonunda yapılan elektroforezle bu maddelerle DNA arasında oluşan etkileşim Resim
4.6’de gösterilmektedir.
İF9, İF10 ve İF11 bileşiklerinin plazmit DNA ile 24 saatlik inkübasyonu sonucu
form I, form II ve farklı büyüklerde DNA fragmentleri görülürken form III oluşumu
sadece
1250
μM
İF11
konsantrasyonunda
gözlenmiştir.
Her
üç
madde
konsantrasyonu azaldıkça form II yoğunluğunda da azalma gözlenmekte, form I
yoğunluğu ise sadece İF11 konsantrasyonuna bağlı olarak azalma göstermektedir.
48
Her üç madde de DNA fragmentlerinin oluşumuna neden olmuştur. Madde
konsantrasyonu azaldıkça form I ve form II hareketliliğini İF9 artırırken İF 11
azaltmış, İF10 ise değiştirmemiştir.
48 saatlik inkübasyon sonucu form III görülmemektedir. Form I, form II ve DNA
fragmentlerinin yoğunlukları konsantrasyona göre tutarlı olamayan bir farklılık
göstermiştir.
İF10’nun
ikinci
yüksek
konsantrasyonunda
ve
en
düşük
konsantrasyonunda form I yoğunluğu ve DNA fragmentlerinin yoğunluğu İF10’un
diğer konsantrasyonlarına oranla daha fazladır. Ayrıca bu konsantrasyonlarda farklı
büyüklüklerde DNA fragmentleri de görülmektedir.
İF11’in en yüksek iki konsantrasyonunda konsantrasyon azalırken form I yoğunluğu
artarken form II yoğunluğu azalmıştır. İkinci yüksek konsantrasyonda çok az DNA
fragmenti görülmektedir. Üçüncü konsantrasyonda ise form I ve form II tamamen
kaybolurken bir miktar DNA fragmenti oluşumu gözlenmiştir. En düşük iki
konsantrasyonda ise yoğun DNA fragmenti bandı görülürken madde konsantrasyonu
azaldıkça form I ve form II’de artış görülmektedir.
72 saatlik inkübasyon sonucunda İF9’un en düşük konsantrasyonunda form I, form II
ve DNA fragmentlerinin yoğunluğu diğer konsantrasyonlara oranla iyice azalmıştır.
Form II, konsantrasyon azaldıkça azalmıştır.
İF10 için 48 saatlik inkübasyon sonucuna benzer sonuçlar elde edilmiştir. İF11’de ise
en yüksek iki konsantrasyonda ve en düşük iki konsantrasyonda form III oluşumu
görülürken 24 ve 48 saate göre form I ve form II yoğunlukları oldukça azalmıştır.
Form II yoğunluğu en fazla ikinci yüksek konsantrasyonda gözlenmiştir. Üçüncü
konsantrasyonda ise DNA tamamen kaybolmuştur.
49
4.4. Bileşiklerin DNA Üzerine Bağlanıp Bağlanmadığının Araştırılması
Resim 4.7. Kontrol (0), İF bileşiklerinin (1-11), plazmid DNA, BamHI (a) ve HindIII
(b) ile 24 saat inkübasyonunun elektroforetik sonuçları
İF (1-11) bileşikleri, plazmid DNA ve restriksiyon enzimleri (BamHI ve HindIII) ile
24 saat inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon sonunda yapılan elektroforez sonucu
Resim 4.7’de gösterilmektedir.
BamHl ve Hindlll enzimleri ile DNA-madde karışımının enzim kesim deneyleri ile
bileşiklerin DNA ile etkileşimleri sonucunda DNA’ya bağlanıp bağlanmadığı, eğer
bağlandıysa hangi nükleotidlere bağlandığı araştırılmıştır.
Restriksiyon analizinde hem BamHI hem de HindIII kesimi kesimi gözlenmiştir.
Form I ve form II tamamen kaybolmuş ve sadece form III oluşumu gözlenmiştir.
Sonuç olarak çalışmada kullanılan maddelerimizin DNA’da, guanin-guanin (G/G)
nükleotid çiftine ve/veya adenin-adenin (A/A) nükleotid çiftine bağlanmadığı
bulunmuştur.
50
5. SONUÇ VE ÖNERİLER
Dünyada hergün binlerce insan çeşitli hastalıklar nedeniyle hayatını kaybetmektedir.
Enfeksiyon hastalıkları, kanser ve AIDS gibi ölümcül hastalıklara karşı mücadelede,
ilaç olarak geliştirilebilecek yeni moleküllerin keşfi oldukça önem arz etmektedir.
Her geçen gün yeni hastalıkların ortaya çıkması, mevcut ilaçların çeşitli yan etkilere
haiz olması, bu ilaçlara karşı bakterilerde hızla gelişen direnç gibi sebepler, yeni,
daha etkili ve bunun yanında, en az yan etkili ilaç etkin maddelerinin geliştirilmesini
zorunlu kılmaktadır. Bu amaçla araştırmacılar yeni moleküller sentezlemekte ve
bunlar üzerinde çeşitli fiziksel ve kimyasal analizler ve biyolojik aktiviteleri üzerine
çeşitli çalışmalar yapmaktadırlar.
Bu tez çalışmasında dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan
fosfazen bileşikleri kullanılmıştır. Fosfazen bileşikleri ile ilgili pek çok bilimsel
çalışma yapılmış olmasına rağmen, fosfazen bileşikleriyle yapılan antimikrobiyal
aktivite ve DNA ile etkileşim çalışmaları literatürde az sayıda bulunmaktadır.
Allock ve arkadaşları (1992), suda çözülebilen bazı fosfazen yüksek polimerlerinin
6 farklı bakteri suşu üzerinde antibakteriyel aktivitelerini araştırmışlardır. MEEP
hidrojelleri gibi bir takım yüksek polimerlerin bakteri büyümesini engellediğini,
sadece
E.
coli
bakterisinin
uyguladıkları
fosfazenlerden
etkilenmediğini
bildirmişlerdir. Bazı bileşiklerin bazı bakteri suşları üzerinde antibakteriyal etkiye
sahip olduğunu, bununla birlikte konsantrasyon azaltıldığında bakteri suşları
üzerindeki aktivitenin de azaldığını gözlemlemişlerdir. Ayrıca bu materyallerin
yapay implantlar için kaplayıcı olarak kullanılabileceğini belirtmişlerdir [109].
Konar
ve
arkadaşları
(2000),
SM,
BOMPHOS
ve
PHOMPHOS
gibi
monofosfazenlerin bakteri ve maya suşları üzerindeki antimikrobiyal etkilerini
incelemişlerdir. SM ve BOMPHOS’un uygulanan tüm konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde etkiye sahip olduğunu, PHOMPHOS’un ise sadece yüksek
konsantrasyonlarda
antimikrobiyal
etkiye
sahip
olduğunu
göstermişlerdir.
Mikrobiyal besi ortamlarında klor atomlarının antiseptik olduğunu, SM bileşiğinin
51
yapı iskeletindeki klorin atomlarının antimikrobiyal aktiviteye neden olmuş
olabileceğini söylemişlerdir. BOMPHOS bileşiğinin antimikrobiyal aktivitesinin ise
moleküler iskeletindeki benzen halkası nedeniyle olabileceğini belirtmişlerdir.
PHOMPHOS
bileşiğinin
düşük
konsantrasyonlarda
antimikrobiyal
aktivite
göstermemesi, sadece yüksek konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktiviteye sahip
olması nedeniyle, monofosfazen moleküllerinin belirli konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğuna işaret etmişlerdir
[110].
Öztürk ve arkadaşları (2000), SM, ipemphos ve amphos gibi monofosfazenlerin bazı
bakteri ve maya suşları üzerindeki antimikrobiyal aktivitelerini araştırmışlardır.
Farklı konsantrasyonlarla yapılan bu çalışmada, diğerlerinin sentezinde başlangıç
materyali olarak kullanılan SM bileşiğinin, uygulanan tüm konsantrasyonlarda
bakteri ve maya hücreleri üzerinde etkili olduğu, ipemphos ve amphos bileşiklerinin
sadece yüksek konsantrasyonlarda antimikrobiyal etkiye sahip olduğu gösterilmiştir.
Bu sonuçlar, monofosfazen moleküllerinin belirli konsantrasyonlarda bakteri ve
maya hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu işaret etmişdir.
Antimikrobiyal aktivitenin SM bileşiğinin yapı iskeletindeki klorin atomları
nedeniyle olabileceğini, çünkü klorin atomlarının mikrobiyal büyüme üzerinde
antiseptik etkiye sahip olduğunu belirtmişlerdir. Sonuç olarak, amphos ve ipemphos
bileşiklerinin, başlangıç materyaline (SM) kıyasla daha düşük antimikrobiyal
aktiviteye sahip olduğu söylemişlerdir [111].
Yılmaz ve arkadaşları (2002), iki monofosfazen bileşiğinin bakteri ve mayalar
üzerindeki antimikrobiyal etkisini araştırdıkları çalışmalarında, bu bileşiklerden
trifenil monofosfazen-II bileşiğinin test ettikleri tüm bakteri ve maya hücreleri
üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu, ancak tri(o-tolil)monofosfazen-III
bileşiğinin sadece bazı bakteri hücreleri üzerinde antimikrobiyal etkiye sahip
olduğunu göstermişlerdir. Konsantrasyonlar artırıldığında trifenil monofosfazen-II
bileşiği inhibisyon zonlarının genişlemesine neden olurken, tri(o-tolil)monofosfazenIII bileşiğinin böyle bir etkisi gözlenmemiştir. Trifenil monofosfazen-II bileşiği
uygulanan tüm konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktivite gösterirken, tri(o-
52
tolil)monofosfazen-III bileşiği düşük konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktivite
göstermemiştir.
Sonuç
olarak,
trifenil
tolil)monofosfazen-III’ün
aynı
mikroorganizmalar
monofosfazen-II’ye
göre
üzerinde
daha
tri(odüşük
antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu göstermişlerdir. Bu bileşiklerin antimikrobiyal
aktivite göstermesinde, trifenil monofosfazen-II’nin iskelet yapısındaki fenol
halkasının, tri(o-tolil)monofosfazen-III bileşiğinde ise yapısındaki tolüen halkasının
bu bileşiklere antimikrobiyal aktivite kazandırdığı düşünülmüştür [112].
Yılmaz
(2004),
bazı
halkalı
fosfazenlerin
sentezini,
polimerizasyonu
ve
karakterizasyonunu yaptığı çalışmasında sentezlenen bu yeni amino fosfazen
bileşikleri ve polimerlerinin bakteriler ile maya kültürlerine karşı antimikrobiyal
özelliklerini
incelemiştir.
Sentezledikleri
polimer
bileşiklerinin
monomer
bileşiklerine göre daha aktif olduğunu gözlemlemiştir [113].
Yıldız ve arkadaşları (2007), sentezledikleri bazı yeni amino fosfazen bileşikleri ve
polimerlerinin antimikrobiyal özelliklerini bakteriler ile maya kültürlerine karşı
incelemişler, polimer bileşiklerinin monomer bileşiklerine göre daha güçlü
antimikrobiyal aktivite sergilediğini gözlemlemişlerdir. Gram-pozitif bakterilere
karşı olan aktivitenin gram-negatif bakterilere olandan daha yüksek olduğunu
belirtmişler, bunun nedeninin bu bakterilerin membran yapı farklılıklarını
göstermişlerdir. Bazı bileşiklerin bazı bakterilere karşı referans antibiyotiklerden
daha fazla aktif olduğunu, bu nedenle enfektöz hastalıklara karşı potansiyel ilaçlar
olarak daha ileri farmakolojik testler için seçilebileceğini belirtmişlerdir. Ayrıca,
polimer IV’ün maya kültürleri ile yapılan testlerinde ticari antifungal ajanlardan daha
etkili olduğu, bu nedenle bu bileşiklerin güçlü anticandidal etkisi geniş spektrumlu
yeni anticandidal ajanlar geliştirilmesi bakımından gelecek vadedici olduğunu
bildirmişlerdir [114].
Durmaz ve arkadaşları (2007), bazı fosfazen bileşiklerinin antimikrobial etkilerini 14
farklı mikroorganizma suşu üzerinde test etmişler, bileşiklerden bir kısmının
vancomycine ve methicillin gibi kuvvetli ticari antimikrobiyal maddelerle
kıyaslanabilecek düzeyde olduğunu belirtmişlerdir [115].
53
Yıldız ve arkadaşları (2008), sentezledikleri bazı yeni fenoksi-, fenoksi-amino- ve
anilinofosfazen bileşiklerinin bakteri ve mayalara karşı antimikrobiyal özelliklerini
incelemişlerdir. Tüm fosfazen bileşiklerinin 14 farklı mikroorganizmadan oluşan
bakteri ve maya kültürlerine karşı aktivite gösterdiklerini ve bazılarının standart
antibiyotiklerde daha etkili olduğunu gözlemlemişlerdir. Bu fosfazen bileşiklerinin
antibiyotik veya katkı maddesi olarak ileride kullanılabileceğine işaret etmişlerdir
[116].
Asmafiliz ve arkadaşları (2009), sentezledikleri yeni mono- ve bisferrosenilfosfazen
türevlerinin antimikrobiyal aktivitelerini ve DNA etkileşimlerini araştırmışlardır.
Tüm bileşiklerin gram-pozitif bir bakteri olan B. cereus’a karşı potansiyel
antibakteriyal aktivite gösterdiğini, bir bileşiğin ise aynı zamanda C. albicans’a karşı
çok güçlü antifungal aktivite gösterdiğini gözlemlemişlerdir. Başlangıç materyali
olarak kullandıkları ferrosenildiamin’lerin M. tuberculosis’e karşı biyolojik aktivitesi
bilindiği için antitüberküloz aktivitesi incelenmiş ve yapılan duyarlılık testinde
bileşiklerin dilüsyon serilerine duyarlı olduğu görülmüştür. Bileşiklerin DNA
etkileşimlerinin incelenmesi neticesinde tüm bileşiklerin pBR322 plazmit DNA’sının
hareketliliğini değiştirmede etkili olduğu, bazı bileşiklerin etkisinin diğerlerinden
farklı olduğu tespit edilmiştir [117].
İlter
ve
arkadaşları
(2010),
sentezledikleri
yeni
spirosiklik
monoferrosenilsiklotrifosfazenleri, gram-pozitif ve gram-negatif bakterilere karşı
antibakteriyal aktivite yönünden, maya suşlarına karşı antifungal aktiviteleri
yönünden, M. tuberculosis H37Rv referans suşu ve çoklu antibiyotik direnci gösteren
6 farklı klinik M. tuberculosis suşuna karşı antitüberküloz aktiviteleri yönünden
araştırmıştır. Ayrıca, bileşiklerin DNA üzerine etkileri de incelenmiştir. Bu
maddelerin bazılarının, patojen bakteriler üzerinde etkili, tüberküloz referans suşuna
ve klinik suşlara da etkili olduğunu saptamışlardır. Bileşiklerin plazmit DNA ile
etkileşimleri sonucu DNA hareketliliği ve yoğunluğundaki etkiler gösterilmiştir.
Ayrıca, yapılan restriksiyon analizinde tüm bileşiklerce BamHI kesiminin
engellendiği, ancak HindIII kesiminin gözlendiği bildirilmiştir [118].
54
Işıklan ve arkadaşları (2010), sentezledikleri yeni N/O spirosiklik fosfazen
türevlerinin
biyolojik
araştırmalarında,
aktiviteleri
bileşiklerin
ve
güçlü
DNA
etkileşimlerini
antimikrobiyal
aktivite
inceledikleri
gösterdiklerini
gözlemlemiştir. Pirrolidin substituente sahip spirosiklikfosfazenlerin, mono- ve
bisferroseniltetrapirrolidinofosfazen’lere [117] kıyasla daha iyi antimikrobiyal aktive
sergilediğini belirtmişlerdir. Bileşiklerin plazmit DNA ile etkileşimleri sonucu DNA
hareketliliğinde etkili olduğunu, yapılan restriksiyon analizinde tüm bileşiklerce
BamHI ve HindIII kesiminin engellendiğini bildirmişlerdir [119].
Okumuş ve arkadaşları (2011), sentezledikleri yeni mono ve bis (4florobenzil)
spirosiklofosfazen’lerin biyolojik aktiviteleri ve DNA etkileşimlerini inceledikleri
araştırmalarında,
antimikrobiyal
bileşiklerden
aktiviteye
sadece
sahip
ikisinin
olduğunu
bakteri
ve
mayalara
gözlemlemişlerdir.
Bileşik
karşı
1b,
bakterilerden B. cereus, S. aureus ve B. Subtilis suşuna karşı aktivite gösterirken,
bileşik 4b C. albicans ve C. tropicalis suşuna karşı güçlü aktivite gösterdiğini
bildirmişlerdir. Bileşiklerin DNA ile etkileşimlerini pBR322 plasmid DNA ile
çalışmışlar ve sentezlenen tüm bileşiklerin DNA’nın hareketliliği üzerine etki
gösterdiği bulmuşlardır. (4-florobenzil)fosfazen bileşiklerinin DNA ile etkileşimleri
sonucunda DNA’ya bağlanıp bağlanmadığını, eğer bağlandıysa hangi nükleotidlere
bağlandığını belirlemek için BamHI ve HindIII enzimleri ile DNA-madde
karışımının enzim kesim deneylerini gerçekleştirmişlerdir [120].
Asmafiliz ve arkadaşları (2012), sentezledikleri yeni N/O spirosiklotrifosfazenlerin
biyolojik aktiviteleri ve DNA etkileşimlerini incelemişlerdir. 5000 μM ve 10000 μM
konsantrasyonlarda, bileşikleri bazı bakteri ve mantar suşlarına karşı test etmişler
ancak herhangi bir güçlü antimikrobiyal aktivite gözlemleyememişlerdir. Aktivite
göstermeme nedenlerinin, maddelerin hücreye girememesi veya girdikten sonra
hücreden atılması veya hücre tarafından maddeyi inaktive eden bir enzim üretiminin
olabileceğini tartışmışlardır. Bileşiklerin DNA ile etkileşimlerini pBR322 plasmid
DNA ile çalışmışlar ve sentezlenen her bileşiğin doza bağlı olarak DNA
hareketliliğini değiştirerek az çok etki gösterdiğini tespit etmişlerdir [121].
55
Çil ve arkadaşları (2012), spirosiklofosfazen’in farklı aminlerle reaksiyonu sonucu
sentezledikleri Schiff baz ve dioksifenil grupları taşıyan yeni fosfazen türevlerinin
gram-negatif
ve
gram-pozitif
bakterilere
karşı
antibakteriyal
aktivitesini
araştırmışlar, bileşiklerin farklı bakterilere karşı değişen antibakteriyal etki
gösterdiklerini gözlemlemişlerdir. OH, Cl ve CN gibi gruplar ihtiva eden bileşiklerin
diğerlerine göre daha iyi sonuç gösterdiğini, hem OH, hem de Cl grupları içeren
bileşiğin ise en iyi antibakteriyal aktiviteyi gösterdiğini bildirmişlerdir [122].
Yıldırım ve arkadaşları (2012), antikanser ajanları olarak siklotrifosfazen türevlerini
inceledikleri çalışmalarında, sentezledikleri siklotrifosfazen bileşiklerinin bir takım
yeni dispirobino ve dispiroansa spermin türevlerinin antimikrobiyal etkilerinin olup
olmadığını da araştırmışlardır. Bu bileşikleri, gram-pozitif (S. aureus) ve gramnegatif (E. coli ve P. aeruginosa) bakterilere karşı antibakteriyal aktivite yönünden,
C. albicans’a karşı antifungal aktiviteleri yönünden araştırmışlar, dikkate değer
herhangi bir antimikrobiyal etki gözlemlememişlerdir [9].
Wang ve arkadaşları (2009), çok dişli siklotrifosfazen ligandlar üzerine yaptıkları
çalışmalarında, sentezledikleri beş dişli çok çekirdekli siklotrifosfazen liganların Cu
kompleksleri varlığında plazmid DNA üzerindeki kesim etkisini göstermişlerdir.
Tüm test edilen bileşiklerin, özellikle 3b + Cu, fizyolojik koşullar altında plazmid
DNA'nın kesimi için güçlü bir katalizör gibi hareket edebileceğini belirtmişlerdir
[124].
Wang ve arkadaşları (2009), siklotrifosfazen çok dişli ligandların DNA kesimi
üzerine yaptıkları çalışmalarında, bir dizi çok çekirdekli siklotrifosfazen liganları
sentezlemişler ve yapay nükleaz enzim modeli olarak kullanmışlardır. Metal
kompleksleri varlığında pUC19 plazmid DNA’sının bu ligandlarca etkili biçimde
kesildiğini göstermişlerdir [123].
Yang ve arkadaşları (2010), bazı polifosfazenlerin DNA üzerindeki transfeksiyon
aktivitesini araştırmışlardır. Tek birincil (1°) amino grupları olan veya bol miktarda
birincil (1°) amino grupları olan polimerlerin, çoğunlukla veya tamamen ikincil (2°)
56
veya üçüncül (3°) amino grupları olanlardan daha etkili biçimde DNA’ya
bağlanabildiklerini göstermişlerdir. En etkili gen taşıyıcının, küçük bir kısmında
imidazol parçası bulunması ile birlikte, uygun oranda (1°), (2°) ve (3°) aminleri
bulunan katyonik polimerlere dayanacağına inandıklarını belirtmişlerdir [125].
Zhu ve arkadaşları (2011), sentezledikleri iki yeni siklotetrafosfazen türevinin
pUC19 plazmid DNA’sı üzerindeki etkisini araştırmışlar ve bu bileşiklerin Cu2+
kompleksi ile DNA üzerinde kesim etkisinin olduğunu, Cu2+ komplekslerinin ise tek
başına kesimde etkili olmadığını göstermişlerdir. Bu DNA kesim reaksiyonun
bileşik/Cu2+ kompleksinin konsantrasyonuna bağlı olarak değiştiğini bildirmişlerdir.
Kendi trimer analoglarında, esnek sekiz elemanlı bir halka ihtiva eden
siklotetrafosfazenlerin, katı düzlemsel altı elemanlı halka bulunduranlardan daha
etkili DNA kesme için kompleksler oluşturduğunu belirtmişlerdir [126].
Brandt ve arkadaşları (2001), taç taşıyan siklotirifosfazenlere azidiril gruplarının
sokulmasıyla ve bunun sübstitüsyonları sonucu elde ettikleri fosfazen türevlerinin
AIDS ilişkili lenf kanserinde tümör büyümesini inhibe ettiğini göstermişlerdir. Bu
bileşiklerin
DNA
etkileşiminde
etkili
olduğunu
belirtmişlerdir.
Aziridinilsiklofosfazen ilaçların terapötik özelliklerini geliştirmek için daha ileri
olasılıklar aramışlardır [90].
Çalışmamızda kullandığımız patojen mikroorganizmalar halen günümüzde insan
sağlığı
üzerinde
ciddi
tehditler
oluşturmaktadır.
Bu
nedenle
yeni
bu
mikroorganizmalara karşı maksimum etkiyi gösterecek, bunun yanı sıra hastada
minimum yan etkiye sahip olacak yeni antimikrobiyal etkin maddelerin geliştirilmesi
çok büyük önem arz etmektedir.
Bu tez çalışmasında, daha önce herhangi bir biyolojik aktivite çalışması yapılmamış,
dört dişli ligandların trimer ile etkileştirilmesinden oluşan fosfazen bileşiklerinin
(İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve İF11) insan patojeni bakteriler
olan B. cereus (NRRL-B-3711), B. subtilis (ATCC 6633), E.coli (ATCC 25922), E.
coli (ATCC 35218), E. faecalis (ATCC 292112), P. aeruginosa (ATCC 27853), P.
57
vulgaris (ATCC 8427), S. aureus (ATCC 25923), C. albicans (ATCC 10231), C.
tropicalis (ATCC 13803) mikroorganizmaları üzerindeki biyolojik aktiviteleri
araştırılmıştır. Bulgular kısmında da ayrıntılı olarak gösterildiği gibi bu maddelerin
bazılarının, patojen mikroorganizmalar üzerinde etkili olduğu saptanmıştır.
İF5, İF6, İF7 ve İF8 bileşikleri antimikrobiyal aktivite göstermiş olup, bu bileşiklerin
B. cereus ve B. subtilis bakterilerine karşı etkili olduğu, bunlara ek olarak, İF5’in E.
faecalis, İF6’nın ise S. aureus ve C. tropicalis mikroorganizmalarına karşı da etkili
olduğu gözlenmiştir. E.coli (ATCC 25922), E. coli (ATCC 35218), P. aeruginosa
(ATCC 27853), P. vulgaris (ATCC 8427) ve C. albicans (ATCC 10231)
mikroorganizmalarının tüm bileşiklere karşı dirençli oldukları görülmüştür. Çalışılan
bileşikler arasında en fazla sayıda mikroorganizmaya karşı etki gösteren ve en geniş
inhibisyon zonu oluşturan İF6’nın en etkili antimikrobiyal aktiviteye sahip bileşik
olduğu tespit edilmiştir.
Antimikrobiyal aktiviteleri gözlenen bileşiklerin (İF5, İF6, İF7 ve İF8) etki
gösterdikleri mikroorganizmalara minimum inhibisyon konsantrasyonları (MİK)
tespit edilmiştir. MİK değerleri incelendiğinde İF6 ve İF7’nin 5000 μM’dan daha
düşük konsantrasyonlarda etki göstermediği, daha düşük konsantrasyonda (2500 μM)
İF5’in B. subtilis ve E. faecalis'e karşı, İF8’in ise B. subtilis’e karşı etkili olduğu
görülmüştür.
Uluslararası Kanser Araştırmaları Kurumu (IARC)’nun verileri incelendiğinde
dünyada her yıl milyonlarca insanın kanser hastalığına yakalandığını ve her yıl
milyonlarca insanın yine kanser nedeniyle hayatını kaybettiğini görmekteyiz [3].
Bugüne kadar birçok antikanser ilaçları geliştirilmiş ve hekimler tarafından
uygulanmıştır. Ancak, antikanser ilaçlara direnç ve yan etkiler keşfedilmiştir. Bu
nedenle, yeni ve güvenli ilaçların araştırılması ve geliştirilmesi zorunlu hale gelmiştir
[185, 186]. Çoğu antikanser ilacı hedef hücresindeki DNA’ya zarar vererek işlev
yapar, yani doğrudan DNA’ya bağlanır ve DNA hasarına neden olur. Bu şekilde
DNA kalıbı işlevine engel olabilir ve replikasyonu ve DNA sentezini inhibe
58
edebilir[73]. Ya da hücre DNA hasarını tamir edemez ve programlanmış hücre
ölümü olarak da bilinen apoptozis aktive edilir [187].
Bu nedenle, bu tez çalışmasında antimikrobiyal aktivite çalışmalarına ek olarak,
bileşiklerin, DNA üzerindeki etkileri de araştırılmıştır. Bunun için agaroz jel
elektroforezi yöntemi kullanılmıştır.
Elektroforez sonucu genellikle plazmid DNA’nın üç farklı biçimi gözlenir. Plazmid
DNA’sına ait süper sarmal biçim (form I), gevşek sarmal biçim (form II) ve doğrusal
biçim (form III). Molekül ağırlıkları aynı olmasına karşın bu üç formun jeldeki göç
sırası,
agaroz konsantrasyonuna, DNA’nın büyüklüğüne uygulanan akıma ve
tamponun iyonik kuvvetine bağlıdır. Optimize olmuş koşullarda genellikle form1
diğerlerine göre daha hızlı hareket eder [188].
Plazmid DNA üzerindeki bir iplikçikte kesim oluşursa (çentikleme), supersarmal
yapı gevşeyerek daha yavaş hareket eden açık dairesel form (form II) oluşur. Her iki
iplikçik de kesilirse, I ve II formları arasında göç eden doğrusal bir form (form III)
meydana gelir [189].
Tez konusu fosfazen bileşikleri (İF1, İF2, İF3, İF4, İF5, İF6, İF7, İF8, İF9, İF10 ve
İF11) ile pBR322 plazmid DNA arasındaki etkileşim agaroz jel elektroforez yöntemi
ile incelenmiştir. Sonuçta, tüm maddelerin, konsantrasyona ve inkübasyon süresine
bağlı olarak, DNA’yı parçalama, kesme ve hareketliliğini sınırlama şeklinde etkiler
gösterdikleri bulunmuştur.
Bileşiklerin DNA ile etkileşimleri sonucunda DNA’ya bağlanıp bağlanmadığı, eğer
bağlandıysa hangi nükleotidlere bağlandığını araştırmak için BamHl ve Hindlll
enzimleri ile DNA-madde karışımının enzim kesim deneyleri yapılmıştır.
Restriksiyon analizinde hem BamHI hem de HindIII kesimi kesimi gözlenmiştir.
DNA’nın, BamHl enzimi ile kesilmesi maddenin guanin-guanin (G/G) nükleotid
çiftine, Hindlll enzimi ile kesilmesi ise adenin-adenin (A/A) nükleotid çiftine
bağlanmadığını göstermiştir.
59
Sonuç olarak, antimikrobiyal aktivite gösteren fosfazen bileşiklerinin (İF5, İF6, İF7
ve İF8) ileride antibiyotik olarak geliştirilmeye aday bileşikler olduğunu
söyleyebiliriz. Diğer yandan tez konusu fosfazen bileşiklerinin tümü DNA üzerine,
konsantrasyona ve inkübasyon süresine göre çeşitli düzeylerde ve farklı etkiler
göstermişlerdir. DNA üzerindeki etkileri nedeniyle potansiyel antikanser ajanlar
olarak düşünülebilirler. Ancak, kanser hücre hatlarıyla sitotoksik ve apoptotik
özellikleri yönünden araştırmaların yapılması da gerekmektedir. İlave olarak in vivo
çalışmalarla toksisitesi de araştırılmalıdır.
60
KAYNAKLAR
1.
Siegel, R., Ward, E., Brawley, O., Jemal, A., "Cancer statistics, 2011, The
impact of eliminating socioeconomic and racial disparities on premature cancer
deaths", CA: A Cancer Journal for Clinicians, 61: 212–236 (2011).
2.
Klug, W. S., Cummings, M. R., Spencer, C. A, "Genetik Kavramlar, 8. baskı",
Editör, Öner, C., Sümer, S., Öner, R., Öğüş, A. ve Açık, L., Palme Yayıncılık,
Ankara, 434-451 (2011).
3.
Boyle, P., Levin, B., “World Cancer Report 2008”, International Agency for
Research on Cancer (IARC), Lyon,11-39 (2008).
4.
Roukos, D. H., "Current Advances and Changes in Treatment Strategy May
Improve Survival and Quality of Life in Patients With Potentially Curable
Gastric Cancer", Annals of Surgical Oncology, 6(1): 46-56 (1999).
5.
de Visscher, S. H., van Ginkel, R. J., Wobbes, T., Veth, R., ten Heuvel, S. E.,
Suurmeijer, A., Hoekstra, H. J., "Epithelioid sarcoma: Still an only surgically
curable disease", Cancer, 107(3): 606–612 (2006).
6.
Rutqvist, L. E., Wallgren, A., Nilsson, B., "Is breast cancer a curable disease?
A study of 14.731 women with breast cancer from the cancer registry of
Norway", Cancer, 53(8): 1793–1800 (1984).
7.
Gilman, A., Goodman, L.S., "Chemotherapy of Neoplastic Diseases", The
Pharmacological Basis of Therapeutics, 8th edition, Pergamon Press, New
York, 1240-1306 (1991).
8.
Gabriel, J., "What is Cancer?, Second Edition.", Editor, Gabriel, J., The
Biology of Cancer, John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 3-10 (2007).
9.
Yıldırım, T., Bilgin, K., Çiftçi, Y., Eçik, E. T., Şenkuytu, E., Uludağ, Y.,
Tomak, L., Kılıç, A., “Synthesis, cytotoxicity and apoptosis of
cyclotriphosphazene compounds as anticancer”, European Journal of
Medicinal Chemistry, 52: 213-220 (2012).
10.
Bertram, J. S., "The molecular biology of cancer", Molecular Aspects of
Medicine, 21: 167-223 (2001).
11.
Yavuz, M., "Bazı Fosfazen Bileşiklerinin Antimikrobiyal Aktivitelerinin
Belirlenmesi ve Bu Bileşiklerin DNA İle Etkileşimi", Yüksek Lisans Tezi,
Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Ankara, 42 (2010).
12.
Walsh, C., "Antibiotics: actions, origins, resistance", American Society for
Microbiology Press, Washington DC, 11 (2003).
61
13.
Fischbach, M., Walsh, C., "Antibiotics for emerging pathogens", Science,
325(5944): 1089-1093 (2009).
14.
Alanis, A. J., "Resistance to Antibiotics: Are We in the Post-Antibiotic Era?",
Archives of Medical Research, 36: 697–705 (2005).
15.
Barker, K. F., "Antibiotic resistance: a current perspective", British Journal of
Clinical Pharmacology, 48(2): 109-124 (1999).
16.
Cosgrove, S. E., "The Relationship between Antimicrobial Resistance and
Patient Outcomes: Mortality, Length of Hospital Stay and Health Care Costs",
Clin Infect Dis., 42(Supplement 2): 82-89 (2006).
17.
Rauf, S., Gooding, J. J., Akhtar, K., Ghauri, M. A., Rahman, M., Anwar, M.
A., Khalid, A. M., “Electrochemical approach of anticancer drugs–DNA
interaction”, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 37: 205–
217 (2005).
18.
Duncan, R., “The dawning era of polymer therapeutics”, Nature Reviews Drug
Discovery, 2:347-360 (2003).
19.
Almeida, C. A., Barry, S. A., "Cancer: Basic Science and Clinical Aspects",
John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 1-23 (2010).
20.
Mantovani, A., "Cancer: Inflaming metastasis", Nature, 457: 36-37 (2009).
21.
Fidler, I. J., "The pathogenesis of cancer metastasis: the 'seed and soil'
hypothesis revisited", Nature Reviews Cancer , 3: 453-458 (2003).
22.
Haines, C., Perkel, R., Enck, R. E., "Lung cancer: diagnosis and management",
American Family Physician, 75(1): 56-63 (2007).
23.
Enger, E. D., Ross, F. C., Bailey, D. B., "Concept in Biology, Fourteenth
Edition", The McGraw-Hill Companies, Inc., New York, 167-185 (2012).
24.
Doll, R., Peto, R., Boreham, J., Sutherland, I., “Mortality from cancer in
relation to smoking: 50 years observations on British doctors”, British Journal
of Cancer, 92(3): 426 – 429 (2005).
25.
Kenfield, S. A., Stampfer, M. J., Rosner, B. A., Colditz, G. A., “Smoking and
Smoking Cessation in Relation to Mortality in Women”, JAMA, 299(17):20372047 (2008).
26.
Braakhuis, B. J., Brakenhoff, R. H., Meijer, C. J., Snijders, P. J., Leemans, C.
R., "Human papilloma virus in head and neck cancer: The need for a
standardised assay to assess the full clinical importance", European Journal of
Cancer, 45(17): 2935-2939 (2009).
62
27.
Takatsuki, K., "Discovery of adult T-cell leukemia", Retrovirology, 2: 16
(2005).
28.
Matsuoka, M., Jeang, K.-T., "Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1)
and leukemic transformation: viral infectivity, Tax, HBZ and therapy",
Oncogene, 30(12): 1379–1389 (2011).
29.
Perz, J. F., Armstrong, G. L., Farrington, L. A., Hutin, Y. J., Bell, B. P., "The
contributions of hepatitis B virus and hepatitis C virus infections to cirrhosis
and primary liver cancer worldwide", Journal of Hepatology, 45(4): 529–538
(2006).
30.
Chu, E. A., Wu, J. M., Tunkel, D. E., Ishman, S. L., "Nasopharyngeal
Carcinoma: The Role of the Epstein-Barr Virus", Medscape J Med., 10(7): 165
(2008).
31.
Polk, D. B., Peek, R. M., "Helicobacter pylori: gastric cancer and beyond",
Nature Reviews Cancer, 10: 403-414 (2010).
32.
Nikiforov, Y., "Is ionizing radiation responsible for the increasing incidence of
thyroid cancer?", Cancer, 116(7): 1626–1628 (2010).
33.
Gerrits, J. F., Landrigan, P. J., "Asbestos-related cancer", CA: A Cancer
Journal for Clinicians, 46(4): 254–255 (1996).
34.
Soto, A. M., Sonnenschein , C., "Environmental causes of cancer: endocrine
disruptors as carcinogens", Nature Reviews Endocrinology, 6: 363-370 (2010).
35.
Lin, S.-W., Wheeler, D. C., Park, Y., Cahoon, E. K., Hollenbeck, A.,
Freedman, D., Abnet, C. C., "Prospective study of ultraviolet radiation
exposure and risk of cancer in the United States", Int. J. Cancer, 131(6):
E1015–E1023 (2012).
36.
Boffetta, P., Hashibe, M., "Alcohol and cancer", Lancet Oncology, 7: 149–156
(2006).
37.
Zheng, W., Long, J., Gao, Y.-T., Li, C., Zheng, Y., Xiang, Y.-B., Wen, W.,
Levy, S., Deming, S. L., Haines, J. L., Gu, K., Fair, A. M., Cai, Q., Lu, W.,
Shu, X.-O., "Genome-wide association study identifies a new breast cancer
susceptibility locus at 6q25.1", Nature Genetics , 41: 324 - 328 (2009).
38.
Pazarbaşı, A., Kasap, M., “Genetics of Cancer”, Archives Medical Review
Journal, 12(4): 328-339 (2003).
63
39.
Herceg, Z., Hainaut, P., “Genetic and epigenetic alterations as biomarkers for
cancer detection, diagnosis and prognosis”, Molecular Oncology, 1:26-41
(2007).
40.
Weinberg, R. A., "Oncogenes and tumor suppressor genes", CA: A Cancer
Journal for Clinicians, 44(3): 160-170 (1994).
41.
Olivier, M., Petitjean, A., Marcel, V., Pétré, A., Mounawar, M., Plymoth, A.,
de Fromentel, C. C., Hainaut, P., "Recent advances in p53 research: an
interdisciplinary perspectiveRecent advances in p53 research", Cancer Gene
Therapy, 16: 1-12 (2009).
42.
Olivier, M., Hollstein, M., Hainaut, P., "TP53 Mutations in Human Cancers:
Origins, Consequences, and Clinical Use", Cold Spring Harb Perspect Biol, 2:
a001008 (2010).
43.
Cairns, R. A., Harris, I. S., Mak, T. W., "Regulation of cancer cell
metabolism", Nature Reviews/Cancer , 11: 85-95 (2011).
44.
United Nations Department of Economic and Social Affairs, “World
population prospects: the 2006 revision”, United Nations, New York, 1-37
(2007).
45.
Yardım, N., Mollahaliloglu, S., Başara, B. B., “Türkiye'de Kanser Durumu ve
Uluslararası Göstergeler İle Uyumunun Değerlendirmesi”, Tuncer, A. M.,
Özgül, N., Olcayto, E. ve Gültekin, M., Türkiye'de Kanser Kontrolü, T.C.
Sağlık Bakanlığı Kanserle Savaş Dairesi Başkanlığı, Ankara, 51-63 (2009).
46.
Tavafian, S. S., Hasani, L., Aghamolaei, T., Zare, S., Gregory, D., "Prediction
of breast self-examination in a sample of Iranian women: an application of the
Health Belief Model", BMC Women's Health, 9: 37 (2009).
47.
Yalcin, S., "Gastric Cancer in Turkey—A Bridge Between West and East",
Gastrointest Cancer Res., 3(1): 29-32(2009).
48.
Tatar, M., Tatar, F., "Colorectal cancer in Turkey: current situation and
challenges for the future", Eur J Health Econ, 10(Suppl 1): S99–S105 (2010).
49.
Yılmaz, H. H., Yazıhan, N., Tunca, D., Sevinç, A., Olcayto, E. Ö., Özgül, N.,
Tuncer, M., "Cancer Trends and Incidence and Mortality Patterns in Turkey",
Jpn J Clin Oncol, 41(1): 10-16 (2011).
50.
Chaffer, C. L., Weinberg, R. A., "A Perspective on Cancer Cell Metastasis",
Science, 331(6024): 1559-1564 (2011).
51.
Sleeman, J., Steeg, P. S., "Cancer metastasis as a therapeutic target", European
Journal of Cancer, 46(7): 1177–1180 (2010).
64
52.
Baselga, J., "Targeting Tyrosine Kinases in Cancer: The Second Wave",
Science, 312: 1175-1178 (2006).
53.
Nester, E. W., Anderson, D. G., Roberts, C. E., Nester, M. T., "Microbiology:
A Human Perspective, Sixth Edition", The McGraw-Hill Companies, Inc.,
New York, 469-493 (2009).
54.
Kiraz, N., “Genetik, Bakteri Genetiği ve Antimikrobik Maddeler”,
Mikrobiyoloji, T.C. Anadolu Üniversitesi Yayınları, Eskişehir, 49-65 (1996).
55.
Glazer, A. N., Nikaido, H., "Microbial Biotechnology: Fundamentals of
Applied Microbiology, Second Edition", Cambridge University Press,
Cambridge, 324-397 (2007).
56.
Williams, D. A., Lemke, T. L., "Foye's principles of medicinal chemistry, 6th
edition", Lippincott Williams & Wilkins, Baltimore, 1029-1031 (2008).
57.
Topçu, A. W., Söyletir, G., Doğanay, M., “İnfeksiyon Hastalıkları ve
Mikrobiyolojisi”, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 165, 1507 (2002).
58.
Rana, H., "Antimicrobial Resistance: The Current Trend", National Journal
Of Medical Research, 1(2): 21-22 (2011).
59.
Walsh, C., "Molecular mechanisms that confer antibacterial drug resistance",
Nature, 406: 775-781 (2000).
60.
Tortora, G. J., Funke, B. R., Case, C. L., "Microbiology: An Introduction, 11th
edition", Pearson Education, Inc., Boston, 580-582 (2007).
61.
French, G. L., "Clinical impact and relevance of antibiotic resistance",
Advanced Drug Delivery Reviews, 57: 1514– 1527 (2005).
62.
Murray, R. P., Baron, J. E., Jorgensen, J. H., Landry, L. M., Pfaller, A. M.,
“Klinik Mikrobiyoloji,1”, Editör, Başustaoğlu, A., Atlas Kitapçılık, Ankara,
455-737 (2009).
63.
Levinson, W., “Tıbbi Mikrobiyoloji ve İmmünoloji”, Güneş Tıp Kitabevleri,
Ankara, 106-507 (2008).
64.
Harvey, R. A., Champe, P. C., Fisher, B. D., “Lippincott's Illustrated Reviews:
Microbiology, 2nd Edition”, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, 70414 (2007).
65.
Tünger, A., Çavuşoğlu, C., Korkmaz, M., “Mikrobiyoloji”, Asya Tıp
Yayıncılık, İzmir, 41-131 (2003).
65
66.
Sydnor, E. R. M., Perl, T. M., "Hospital Epidemiology and Infection Control in
Acute-Care Settings", Clin. Microbiol. Rev., 24(1): 141 (2011).
67.
Adekunle, O. O., "Mechanisms of Antimicrobial Resistance in Bacteria,
General Approach", Int. J. Pharm. Med. & Bio. Sc., 1(2): 166-187 (2012).
68.
Thomson, J. M., Bonomo, R. A., "The threat of antibiotic resistance in Gramnegative pathogenic bacteria: b-lactams in peril!", Current Opinion in
Microbiology, 8: 518–524 (2005).
69.
Kothavade, R. J., Kura, M. M., Valand, A. G., Panthaki, M. H., “Candida
tropicalis: its prevalence, pathogenicity and increasing resistance to
fluconazole”, Journal of Medical Microbiology, 59:873–880 (2010).
70.
Erdem, A., Ozsoz, M., “Electrochemical DNA Biosensors Based on DNADrug Interactions”, Electroanalysis, 14(14):965-974 (2002).
71.
Graves, D. E., Velea, L. M., “Intercalative Binding of Small Molecules to
Nucleic Acids”, Current Organic Chemistry, 4(9):915-929 (2000).
72.
Bloomfield, V. A., "DNA condensation by multivalent cations", Biopolymers,
44(3): 269–282 (1997).
73.
Li, Q., Yang, P., Wang, H., Guo, M., “Diorganotin(IV) antitumor agent.
(C2H5)2SnCl2 (phen)/nucleotides aqueous and solid-state coordination
chemistry and its DNA binding studies”, Journal of inorganic biochemistry,
64(3):181-195 (1996).
74.
Greenwood, N. N., Earnshaw, A., “Chemistry of the Elements, Second
Edition”, Butterworth-Heinemann, Oxford, 489-546 (1997).
75.
Chaplin, A. B., Harrison, J. A., Dyson, P. J., “Revisiting the Electronic
Structure of Phosphazenes”, Inorganic Chemistry, 44(23):8407-8417 (2005).
76.
Audrieth, L. F., Steinman, R., Toy, A. D. F., “The Phosphonitrilic Chlorides
And Their Derivatives”, Chemical Reviews, 32(1):109-133 (1943).
77.
Gribova, I. A., Ban-Yuan, U., “Advances in the Field of Phosphonitrile
Polymers”, Russ. Chem. Rev., 30(1):1-15 (1961).
78.
Jaeger, R. D., Gleria, M., “Poly(organophosphazene)s and Related
Compounds: Synthesis, Properties and Applications”, Progress in Polymer
Science, 23(2):179-276 (1998).
79.
Gleria, M., Jaeger, R. D., “Aspects of Phosphazene Research”, Journal of
Inorganic and Organometallic Polymers, 11(1):1-45 (2001).
66
80.
Kondo, Y., “Phosphazene: Preparation, Reaction and Catalytic Role”,
Superbases for Organic Synthesis: Guanidines, Amidines, Phosphazenes and
Related Organocatalysts, Editor, Ishikawa, T., John Wiley & Sons, Ltd.,
Wiltshire, 145-185 (2009).
81.
Shaw, R. A., Fitzsimmons, B. W., Smith, B. C., “The Phosphazenes
(Phosphonitrilic Compounds)”, Chemical Reviews, 62(3):247-281 (1962).
82.
Sethuraman, S., Nair, L. S., El-Amin, S., Nguyen, M.-T., Singh, A., Krogman,
N., Greish, Y. E., Allcock, H. R., Brown, P. W., Laurencin, C. T., "Mechanical
properties and osteocompatibility of novel biodegradable alanine based
polyphosphazenes: Side group effects", Acta Biomaterialia, 6(6): 1931-1937
(2010).
83.
Allcock, H. R., “Recent developments in polyphosphazene materials science”,
Current Opinion in Solid State and Materials Science, 10(5-6):231–240
(2006).
84.
Allcock, H. R., Napierala, M. E., Cameron, C. G., O’Connor, S. J. M.,
“Synthesis and Characterization of Ionically Conducting Alkoxy Ether/Alkoxy
Mixed-Substituent Poly(organophosphazenes) and Their Use as Solid Solvents
for Ionic Conduction”, Macromolecules, 29(6):1951-1956 (1996).
85.
Bovin, O.-J., Labarre, J.-F., Goly, J., “The crystal structure of a new antitumor
agent: 2, 2, 4, 4, 6, 6, 8, 8-octapyrolidinylcyclotetra (phosphazene),
N4P4(NC4H8)8”, Acta Cryst., B35(5):1182-1186 (1979).
86.
Labarre, J.-F., Guerch, G., Sournies, F., Spreafico, F., Filippeschi, S.,
“Attempts at the production of more selective antitumourals: Part I. The
antineoplastic activity of cyclophosphazenes linked to the polyamines 1,3diaminopropane and 1,4-diaminobutane (putrescine)”, Journal of Molecular
Structure, 117(1-2):59-72 (1984).
87.
Sassus, J.-L., Graffeuil, M., Castera, P., Labarre, J.-F., “Covalent binding of
non-effective diaziridinocyclotriphosphazenes to natural polyamines as tumor
finders makes potential anticancer agents”, Inorganica Chimica Acta,
108(1):23-27 (1985).
88.
Sournies, F., Labarre, J.-F., Spreafico, F., Filippeschi, S., Jin, X. Q., “Attempts
at the production of more selective antitumourals: Part II. The antineoplastic
activity of cyclophosphazenes linked to spermine”, Journal of Molecular
Structure, 147(1-2):161-173 (1986).
89.
In, S., Le Lann, A. D., Oksman, F., Fournié, E. L., Labarre, J.-F., Benoist, H.,
Fournié, G. J., “An in vivo model for the experimental selection of drugs able
to prevent immune complex glomerulonephritis”, International Journal of
Immunopharmacology, 14(5):871-876 (1992).
67
90.
Brandt, K., Kruszynski, R., Bartczak, T. J., Porwolik-Czomperlik, I., “AIDSrelated lymphoma screen results and molecular structure determination of a
new crown ether bearing aziridinylcyclophosphazene, potentially capable of
ion-regulated DNA cleavage action”, Inorganica Chimica Acta, 322(12):138–144 (2001).
91.
Jun, Y. J., Kim, J. I., Jun, M. J., Sohn, Y. S., “Selective tumor targeting by
enhanced permeability and retention effect. Synthesis and antitumor activity of
polyphosphazene-platinum (II) conjugates”, J. Inorg. Biochem., 99(8):15931601 (2005).
92.
Siwy, M., Sek, D., Kaczmarczyk, B., Jaroszewicz, I., Nasulewicz, A.,
Pelczynska, M., Nevozhay, D., Opolski, A., “Synthesis and in Vitro
Antileukemic
Activity
of
Some
New
1,3(Oxytetraethylenoxy)cyclotriphosphazene Derivatives”, J. Med. Chem.,
49(2):806-810 (2006).
93.
de Wolf, H. K., de Raad, M., Snel, C., van Steenbergen, M., Fens, M., Storm,
G., Hennink, W., “Biodegradable Poly(2-Dimethylamino Ethylamino)
Phosphazene for Gene Delivery to Tumor Cells. Effect of Polymer Molecular
Weight”, Pharmaceutical Research, 24(8):1572-1580 (2007).
94.
Sohn, Y. S., Baek, H., Cho, Y. H., Lee, Y.-A., Jung, O.-S., Lee, C. O., Kim, Y.
S., “Synthesis and antitumor activity of novel polyphosphazene(diamine)platinum(II) conjugates”, International Journal of Pharmaceutics,
153:79-91 (1997).
95.
Cho, J.-K., Chun, C., Kuh, H.-J., Song, S.-C., “Injectable
poly(organophosphazene)–camptothecin conjugate hydrogels: Synthesis,
characterization, and antitumor activities”, European Journal of
Pharmaceutics and Biopharmaceutics, 81(3):582-590 (2012).
96.
Porwolik-Czomperlik, I., Siwy, M., Sek, D., Kaczmarczyk, B., Nasulewicz, A.,
Jaroszewicz, I., Pełczyńska, M., Opolski, A. “Synthesis and in vitro cytostatic
activity of some new 1,3-(oxytetraethylenoxy)-cyclotriphosphazatriene
derivatives”, Acta Pol Pharm, 61(4):267-272 (2004).
97.
Labarre, J.-F., Levy, G., Sournies, F., “Cyclophosphazenes as novel antitumor
agents: X-ray crystal structure and donor properties of the
hexaziridinocyclotriphosphazene, N3P3(NC2H4)6”, Journal of Molecular
Structure, 63(1):127-130 (1980).
98.
O. J. Bovin, J. Galy, Labarre, J.-F., Sournies, F., “Cyclophosphazenes as novel
potential
antitumor
agents:
x-ray
crystal
structure
of
the
octapyrrolidinocyclotetraphosphazene, N4P4(NC4 H8)8”, Journal of
Molecular Structure, 49(2):421-423 (1978).
68
99.
Allcock, H. R., Dembek, A. A., Kim, C., Devine, R. L. S., Shi, Y., Steier, W.
H.,
Spangler,
C.
W.,
“Second-Order
Nonlinear
Optical
Poly(organophosphazenes): Synthesis and Nonlinear Optical Characterization”,
Macromolecules, 24(5):1000-1010 (1991).
100. Allcock, H. R., Kim, C., “Photochromic Polyphosphazenes with Spiropyran
Units”, Macromolecules, 24(10):2846-2851 (1991).
101. Olshavsky, M. A., Allcock, H. R., “Polyphosphazenes with High Refractive
Indices: Synthesis, Characterization, and Optical Properties”, Macromolecules,
28(18):6188-6197 (1995).
102. Minto, F., Gleria, M., Bortolus, P., Fambri, L., Pegoretti, A., “Grafting
reactions onto poly(organophosphazenes). IV. Light-induced graft
copolymerization of organic polymers containing free acid or basic
functionalities onto poly[bis(4-benzylphenoxy)phosphazene]”, J. Appl. Polym.
Sci., 565:747–756 (1995).
103. Chen-Yang, Y. W., Hwang, J. J., Chang, F. H., “Polyphosphazene Electrolytes.
1. Preparation and Conductivities of New Polymer Electrolytes Based on
Poly[bis(amino)phosphazene] and Lithium Perchlorate”, Macromolecules,
30(13):3825-3831 (1997).
104. Selvaraj, I. I., Chaklanobis, S., Chandrasekhar, V., “New Lipophilic Cyclo- and
Poly-phosphazenes
Containing
Surfactant
Substituents”,
Polymer
International, 46(2):111-116, (1998).
105. Inoue, K., Yamauchi, T., Itoh, T., Ihara, E., “Ionic Conductivity of Crosslinked Polymethacrylate Derivatives/Cyclophosphazenes/Li+ Salt Complexes”,
Journal of Inorganic and Organometallic Polymers and Materials,
17(2):367-375 (2007).
106. Conner, D. A., Welna, D. T., Chang, Y., Allcock, H. R., “Influence of
Terminal Phenyl Groups on the Side Chains of Phosphazene Polymers:
Structure-Property Relationships and Polymer Electrolyte Behavior”,
Macromolecules, 40(2):322-328 (2007).
107. DeCollibus, D. P., Marin, A., Andrianov, A. K., “Effect of Environmental
Factors on Hydrolytic Degradation of Water-Soluble Polyphosphazene
Polyelectrolyte in Aqueous Solutions”, Biomacromolecules, 11(8):2033–2038
(2010).
108. Marin, A., DeCollibus, D. P., Andrianov, A. K., “Protein Stabilization in
Aqueous Solutions of Polyphosphazene Polyelectrolyte and Non-Ionic
Surfactants”, Biomacromolecules, 11(9):2268–2273 (2010).
69
109. Allcock, H. R., Pucher, S. R., Fitzpatrick, R. J., Rashid, K., “Antibacterial
activity and mutagenicity studies of water-soluble phosphazene high
polymers”, Biomaterials, 13(12):857–862 (1992).
110. Konar, V., Yılmaz, Ö., Öztürk, A. İ., Kırbağ, S., Arslan, M., “Antimicrobial
and Biological Effects of Bomphos and Phomphos on Bacterial and Yeast
Cells”, Bioorganic Chemistry, 28:214–225 (2000).
111. Öztürk, A. İ., Yılmaz, Ö., Kırbağ, S., Arslan, M., “Antimicrobial and
Biological E}ects of Ipemphos and Amphos on Bacterial and Yeast Strains”,
Cell Biochem. Funct., ( 18):117-126 (2000).
112. Yılmaz, Ö., Aslan, F., Öztürk, A. İ., Vanli, N. S., Kirbağ, S., Arslan, M.,
“Antimicrobial and biological effects of N-diphenylphosphoryl-Ptriphenylmonophosphazene-II
and
di(o-tolyl)
phosphoryl-P-tri(otolyl)monophosphazene-III on bacterial and yeast cells”, Bioorganic
Chemistry, 30(5):303-314 (2002).
113. Yılmaz, S., “Bazı halkalı fosfazenlerin sentezi, polimerizasyonu ve
karakterizasyonu, Yüksek Lisans Tezi, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
Fen Bilimleri Enstitüsü, Çanakkale, 1-44 (2004).
114. Yildiz, M., Yilmaz, S., Dölger, B., “Synthesis, spectral properties, and
antimicrobial
activity
of
2-arilamino-2,4,4,6,6-pentachloro1,3,5,2λ<sup>5</sup>,4λ<sup>5</sup>,6λ<sup>
5</sup>-triazatriphosphines
and
poly[bis(4fluorophenylamino)phosphazene]”, Russian Journal of General Chemistry,
77(12):2117-2122 (2007).
115. G. Durmaz, B. Ateş, S. Alataş, M. Ş. Çetin, S. Begeç, “2-Merkaptopirimidin
sübstitüye fosfazen türevi bileşiklerin antimikrobiyal özellikleri”, XXI. Ulusal
Kimya Kongresi, Malatya (2007).
116. Yıldız, M., Dülger, B., Erdener, D., Kiraz, A., Hacıoğlu, N., “Spiro, ansa
aosfazen bileşiklerinin sentezi, yapılarının ve antimikrobiyal özelliklerinin
incelenmesi”, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, Çanakkale
(2008).
117. Asmafiliz, N., Kılıç, Z., Öztürk, A., Hökelek, T., Koç, L. Y., Açık, L., Kısa, Ö.,
Albay, A., Üstündağ, Z., Solak, A. O., “Phosphorus-Nitrogen Compounds. 18.
Syntheses, Stereogenic Properties, Structural and Electrochemical
Investigations, Biological Activities, and DNA Interactions of New Spirocyclic
Mono- and Bisferrocenylphosphazene Derivatives”, Inorganic Chemistry,
48(21):10102-10116 (2009).
70
118. İlter, E. E., Asmafiliz, N., Kılıç, Z., Açık, L., Yavuz, M., Bali, E. B., Solak, A.
O., Büyükkaya, F., Dal, H., Hökelek, T., “Phosphorus–nitrogen compounds:
Part 19. Syntheses, structural and electrochemical investigations, biological
activities,
and
DNA
interactions
of
new
spirocyclic
monoferrocenylcyclotriphosphazenes”, Polyhedron, 29:2933–2944 (2010).
119. Işıklan, M., Asmafiliz, N., Özalp, E. E., İlter, E. E., Kılıç, Z., Çoşut, B.,
Yeşilot, S., Kılıç, A., Öztürk, A., Hökelek, T., Bilir, L. Y. K., L. Açık, Akyüz,
E., “Phosphorus−Nitrogen Compounds. 21. Syntheses, Structural
Investigations, Biological Activities, and DNA Interactions of New N/O
Spirocyclic Phosphazene Derivatives. The NMR Behaviors of Chiral
Phosphazenes with Stereogenic Centers upon the Addition of C”, Inorganic
Chemistry, 49(15):7057-7071 (2010).
120. Okumuş, A., Kılıç, Z., Hökelek, T., Dal, H., Açık, L., Öner, Y., Koç, L. Y.,
“Phosphorus–nitrogen compounds part 22. Syntheses, structural investigations,
biological activities and DNA interactions of new mono and bis (4fluorobenzyl) spirocyclophosphazenes”, Polyhedron, 30(17):2896-2907
(2011).
121. Asmafiliz, N., Kılıç, Z., Hayvalı, Z., Açık, L., Hökelek, T., Dal, H., Öner, Y.,
“Phosphorus–nitrogen compounds. Part 23: Syntheses, structural
investigations, biological activities, and DNA interactions of new N/O
spirocyclotriphosphazenes”, Spectrochimica Acta Part A: Molecular and
Biomolecular Spectroscopy, 86:214-223 (2012).
122. E. Cil, Tanyildizi, M. A., Ozen, F., Boybay, M., Arslan, M., Gorgulu, A. O.,
“Synthesis, Characterization, and Biological–Pharmacological Evaluation of
New Phosphazenes Bearing Dioxybiphenyl and Schiff Base Groups”, Arch.
Pharm. Pharm. Med. Chem., 345(6):476-485 (2012).
123. Wang, L., YE, Y., Zhong, S. B., Zhang, D., Zhao, Y. F., “Synthesis and DNAcleaving Function of Cyclotriphosphazene Polydentate Ligands”, Chemical
Journal of Chinese Universities, 30(3):493-496 (2009).
124. Wang, L., YE, Y., Zhong, S. B., Zhao, Y. F., “Polydentate cyclotriphosphazene
ligands: Design, synthesis and bioactivity”, Chinese Chemical Letters,
20(1):58–61 (2009).
125. Yang, Y., Zhang, Z., Chen, L., Li, Y., “Effect of multifold charge groups and
imidazole-4-carboxaldehyde on physicochemical characteristics and
transfection of cationic polyphosphazenes/DNA complexes”, International
Journal of Pharmaceutics, 390(2):191-197 (2010).
126. Zhu, X.-F., Liang, Y.-H., Zhang, D., Wang, L., YE, Y., Zhao, Y., “Synthesis
and Characterization of Side Group–Modified Cyclotetraphosphazene
Derivatives”, Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 186(2):281–286 (2011).
71
127. Moriya, K., Suzuki, T., Yano, S., Miyajima, S., “31P and 13C NMR Studies of
a Liquid-Crystalline Cyclotriphosphazene Derivative: Orientational
Characteristics and Contrasting Shielding Anisotropies for Inorganic and
Organic Moieties”, J. Phys. Chem. B, 105(33):7920-7927 (2001).
128. Barbera, J., Bardaji, M., Jimenez, J., Laguna, A., Martinez, M. P., Oriol, L.,
Serrano, J. L., Zaragozano, I., “Columnar Mesomorphic Organizations in
Cyclotriphosphazenes”, J. Am. Chem. Soc., 127(25):8994–9002 (2005).
129. Amtul , Z., Atta-ur-Rahman, A., Siddiqui, R. A., Choudhary, M. I., “Chemistry
and Mechanism of Urease Inhibition”, Current Medicinal Chemistry,
9(14):1323-1348 (2002).
130. Ahmad, V. U., Hussain, J., Hussain, H., Farmanullah, U. F., Lodhi, M. A.,
Choudhary, M. I., “Two new diterpene polyesters from Euphorbia decipiens”,
Natural Product Research, 19(3):267–274 (2005).
131. Park, J. H., Ye, M., Park, K., “Biodegradable Polymers for Microencapsulation
of Drugs”, Molecules, 10(1):146-161 (2005).
132. Kumbar, S. G., Bhattacharyya, S., Nukavarapu, S. P., Khan, Y. M., Nair, L. S.,
Laurencin, C. T., “In Vitro and In Vivo Characterization of Biodegradable
Poly(organophosphazenes) for Biomedical Applications”, Journal of
Inorganic and Organometallic Polymers and Materials, 16(4):365-385
(2006).
133. Nair, L. S., Laurencin, C. T., “Biodegradable polymers as biomaterials”, Prog.
Polym. Sci., 32:762–798 (2007).
134. Luten, J., van Nostrum, C. F., de Smedt, S. C., Hennink, W. E., “Biodegradable
polymers as non-viral carriers for plasmid DNA delivery”, Journal of
Controlled Release, 126(2):97–110 (2008).
135. Ilia, G., “Phosphorus containing hydrogels”, Polym. Adv. Technol., 20(9):707–
722 (2009).
136. Reul, R., Nguyen, J., Kissel, T., “Amine-modifiedhyperbranchedpolyesters as
non-toxic, biodegradable gene delivery systems”, Biomaterials, 30(29):5815–
5824 (2009).
137. Zhang, Q.-S., Yan, Y.-H., Li, S.-P., Feng, T., “Synthesis of a novel
biodegradable and electroactive polyphosphazene for biomedical application”,
Biomed. Mater., 4(3):035008 (2009).
72
138. Huang, W.-K., Yeh, J.-T., Chen, K.-J., Chen, K.-N., “Flame retardation
improvement of aqueous-based polyurethane with aziridinyl phosphazene
curing system”, J. Appl. Polym. Sci., 79(4):662–673 (2001).
139. Kuan J.-F., Lin, K.-F., “Synthesis of hexa-allylamino-cyclotriphosphazene as a
reactive fire retardant for unsaturated polyesters”, J. Appl. Polym. Sci.,
91(2):697–702 (2004).
140. Ding, J., Liang, H., Shi, W., Shen, X., “Photopolymerization and properties of
UV-curable flame-retardant resins with hexaacrylated cyclophosphazene
compared with its cured powder”, J. Appl. Polym. Sci., 97(5):1776–1782
(2005).
141. Liu, R., Wang, X., “Synthesis, characterization, thermal properties and flame
retardancy of a novel nonflammable phosphazene-based epoxy resin”, Polymer
Degradation and Stability, 94(4):617-624 (2009).
142. Singler, R. E., Deome, A. J., Dunn, D. A., “Preparation and Properties of
Phosphazene Fire-Resistant Fluids”, Ind. Eng. Chem. Prod. Res. Dev.,
25(1):46-57 (1986).
143. Keller, M. A., Saba, C. S., “Oxidative Stability and Degradation Mechanism of
a Cyclotriphosphazene Lubricant”, Analytical Chemistry, 68(19):3489-3492
(1996).
144. Omotowa, B. A., Phillips, B. S., Zabinski, J. S., Shreeve, J. M., “PhosphazeneBased Ionic Liquids: Synthesis, Temperature-Dependent Viscosity, and Effect
as Additives in Water Lubrication of Silicon Nitride Ceramics”, Inorganic
Chemistry, 43(17):5466-5471 (2004).
145. Holbrey, J. D., Seddon, K. R., “Ionic Liquids”, Clean Products and Processes,
1:223–236 (1999).
146. Leadbeater, N. E., Torenius, H. M., “Microwaves and Ionic Liquids”, %1
içinde Microwaves in Organic Synthesis, Second edition”, Editor, Loupy, A.,
WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 327-357 (2006).
147. Anderson, J. L., Armstrong, D. W., Wei, G.-T., “Room-temperature ionic
liquids have tremendous potential in organic synthesis, green chemistry,
separations, MS, spectroscopy, and electrochemistry.”, Analytical Chemistry,
78(9):2893-2902 (2006).
148. Morford, R. V., Kellam III, E. C., Hofmann, M. A., Baldwin, R., Allcock, H.
R., “A fire-resistant organophosphorus gel polymer electrolyte additive for use
in rechargeable lithium batteries”, Solid State Ionics, 133(3-4):171-177 (2000).
73
149. Xu, G.-X., Lu, Q., Yu, B.-T., Wen, L., “Inorganic polymer phosphazene
disulfide as cathode material for rechargeable lithium batteries”, Solid State
Ionics, 177(3-4):305-309 (2006).
150. Klein, R. J., Welna, D. T., Weikel, A. L., Allcock, H. R., Runt, J., “Counterion
Effects on Ion Mobility and Mobile Ion Concentration of Doped
Polyphosphazene and Polyphosphazene Ionomers”, Macromolecules,
40(11):3990-3995 (2007).
151. Nair, L. S., Bhattacharyya, S., Bender, J. D., Greish, Y. E., Brown, P. W.,
Allcock, H. R., Laurencin, C. T., “Fabrication and Optimization of
Methylphenoxy Substituted Polyphosphazene Nanofibers for Biomedical
Applications”, Biomacromolecules, 5(6):2212-2220 (2004).
152. Deng, M., Kumbar, S. G., Nair, L. S., Weikel, A. L., Allcock, H. R., Laurencin,
C. T., “Biomimetic Structures: Biological Implications of DipeptideSubstituted Polyphosphazene–Polyester Blend Nanofi ber Matrices for LoadBearing Bone Regeneration”, Adv. Funct. Mater., 21:2641–2651 (2011).
153. Laurencin, C. T., Norman, M. E., Elgendy, H. M., El-Amin, S. F., Allcock, H.
R., Pucher, S. R., Ambrosio, A. A., “Use of polyphosphazenes for skeletal
tissue regeneration”, J. Biomed. Mater. Res., 27:963–973 (1993).
154. Borden, M., El-Amin, S. F., Attawia, M., Laurencin, C. T., “Structural and
human cellular assessment of a novel microsphere-based tissue engineered
scaffold for bone repair”, Biomaterials, 24(4):597-609 (2003).
155. Greish, Y. E., Bender, J. D., Lakshmi, S., Brown, P. W., Allcock, H. R.,
Laurencin, C. T., “Low temperature formation of hydroxyapatite-poly(alkyl
oxybenzoate)phosphazene composites for biomedical applications”,
Biomaterials, 26(1):1-9 (2005).
156. Deng, M., Kumbar, S. G., Wan, Y., Toti, U. S., Allcock, H. R., Laurencin, C.
T., “Polyphosphazene polymers for tissue engineering: an analysis of material
synthesis, characterization and applications”, Soft Matter, 6:3119-3132 (2010).
157. Kumbar, S. G., Toti, U. S., Deng, M., James, R., Laurencin, C. T.,
Aravamudhan, A., Harmon, M., Ramos, D. M., “Novel mechanically
competent polysaccharide scaffolds for bone tissue engineering”, Biomed.
Mater., 6(065005):1-13 (2011).
158. Lee, S. B., Song, S.-C., Jin, J.-I., Sohn, Y. S., “Thermosensitive
Cyclotriphosphazenes”, J. Am. Chem. Soc., 122(34):8315-8316 (2000).
74
159. Giavaresi, G., Tschon, M., Borsari, V., Daly, J. H., Liggat, J. J., Fini, M.,
Bonazzi, V., Nicolini, A., Carpi, A., Morra, M., Cassinelli, C., Giardino, R.,
“New polymers for drug delivery systems in orthopaedics: in vivo
biocompatibility evaluation”, Biomedicine & Pharmacotherapy, 58:411–417
(2004).
160. Andrianov, A. K., Marin, A., “Degradation of Polyaminophosphazenes: Effects
of Hydrolytic Environment and Polymer Processing”, Biomacromolecules,
7(5):1581-1586 (2006).
161. Enkvist, E., Raidaru, G., Uri, A., Patel, R., Redick, C., Boyer, J. L., Subbi, J.,
Tammiste, I., “Synthesis of Potential Purinoceptor Antagonists: Application of
P1-tBu Phosphazene Base for Alkylation of Adenine in Solution and on Solid
Phase”, Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 25(2):141-157 (2006).
162. Qiu, L. Y., Bae, Y. H., “Polymer Architecture and Drug Delivery”,
Pharmaceutical Research, 23(1):1-30 (2006).
163. Andrianov, A. K., Marin, A., Chen, J., “Synthesis, Properties, and Biological
Activity
of
Poly[di(sodium
carboxylatoethylphenoxy)phosphazene]”,
Biomacromolecules, 7(1):394-399 (2006).
164. Asif, M., Arayne, M. S., Sultana, N., Hussain, F., “Fabrication of nanoparticles
within polymeric pores for controlled release of drug”, Pakistan Journal of
Pharmaceutical Sciences, 19(1):73-84 (2006).
165. Rolland, O., Griffe, L., Poupot, M., Maraval, A., Ouali, A., Coppel, Y.,
Fournié, J.-J., Bacquet, G., Turrin, C.-O., Caminade, A.-M., Majoral, J.-P.,
Poupot, R., “Tailored Control and Optimisation of the Number of Phosphonic
Acid Termini on Phosphorus-Containing Dendrimers for the Ex-Vivo
Activation of Human Monocytes”, Chem. Eur. J., 14(16):4836 – 4850 (2008).
166. Chan, C., Toms, S., Hodgson, P., Potter, A. “Advancing Adjuvants and
Vaccine Delivery Systems for Better Vaccination Strategies”, BioPharm
International Supplements (2010).
167. Mapletoft, J. W., Latimer, L., Babiuk, L. A., van Drunen Littel-van, D.,
“Intranasal immunization of mice with a bovine respiratory syncytial virus
vaccine induces superior immunity and protection compared to those by
subcutaneous delivery or combinations of intranasal and subcutaneous primeboost strategies”, Clin. Vaccine Immunol., 17(1:23–35 (2010).
168. Kadajji, V. G., Betageri, G. V., “Water Soluble Polymers for Pharmaceutical
Applications”, Polymers, 3(4):1972-2009 (2011).
169. Saroja, C. H., Lakshmi, P. K., Bhaskaran, S., “Recent trends in vaccine
delivery systems: A review”, Int. J. Pharma. Investig., 1(2):64-74 (2011).
75
170. Kloeckner, J., Bruzzano, S., Ogris, M., Wagner, E., “Gene Carriers Based on
Hexanediol Diacrylate Linked Oligoethylenimine: Effect of Chemical
Structure of Polymer on Biological Properties”, Bioconjugate Chem.,
17(5):1339-1345 (2006).
171. He, C.-X., Tabata, Y., Gao, J.-Q., “Non-viral gene delivery carrier and its
three-dimensional transfection system”, International Journal of
Pharmaceutics, 386(1-2:232–242 (2010).
172. Nath, B. M., Schumann, K. E., Boyer, J. D., “The chimpanzee and other nonhuman-primate models in HIV-1 vaccine research”, Trends in Microbiology,
8(9):426-431 (2000).
173. Garlapati, S., Facci, M., Polewicz, M., Strom, S., Babiuk, L. A., Mutwiri, G.,
Hancock, R. E. W., Elliott, M. R., Gerdts, V., “Strategies to link innate and
adaptive immunity when designing vaccine adjuvants”, Veterinary
Immunology and Immunopathology, 128(1-3):184-191 (2009).
174. Neves, A., Terenzi, H., Horner, R., Horn Jr., A., Szpoganicz, B., Sugai, J.,
“Hydrolytic DNA cleavage promoted by a dinuclear iron(III) complex”,
Inorganic Chemistry Communications, 4(8):388-391 (2001).
175. Boseggia, E., Gatos, M., Lucatello, L., Mancin, F., Moro, S., Palumbo, M.,
Sissi, C., Tecilla, P., Tonellato, U., Zagotto, G., “Toward Efficient Zn(II)Based Artificial Nucleases”, Journal of the American Chemical Society,
126(14):4543-4549 (2004).
176. Fang, Y.-G., Zhang, J., Chen, S.-Y., Jiang, N., Lin, H.-H., Zhang, Y., Yu, X.Q., “Chiral multinuclear macrocyclic polyamine complexes: Synthesis,
characterization and their interaction with plasmid DNA”, Bioorganic &
Medicinal Chemistry, 15(2):696–701 (2007).
177. Kong, D.-M., Wang, J., Zhu, L.-N., Jin, Y.-W., Li, X.-Z., Shen, H.-X., Mi, H.F., “Oxidative DNA cleavage by Schiff base tetraazamacrocyclic oxamido
nickel(II) complexes”, Journal of Inorganic Biochemistry, 102(4):824–832
(2008).
178. Rao, M. R., Gayatri, G., Kumar, A., Sastry, G. N., Ravikanth, M.,
“Cyclotriphosphazene Ring as a Platform for Multiporphyrin Assemblies”,
Chem. Eur. J., 15(14):3488–3496 (2009).
179. Ray, A., Rosair, G. M., Kadam, R., Mitra, S., “Three new mono–di–trinuclear
cobalt complexes of selectively and non-selectively condensed Schiff bases
with N2O and N2O2 donor sets: Syntheses, structural variations, EPR and
DNA binding studies”, Polyhedron, 28(4):796-806 (2009).
76
180. Allcock, H. R., “Recent advances in phosphazene (phosphonitrilic) chemistry”,
Chemical Reviews, 72(4):315-356 (1972).
181. C. a. L. S. Institute, “Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for
bacteria that grow aerobically; approved standard-ninth edition”, Clinical and
Laboratory Standards Institute, Wayne (2012).
182. Bayati, F., Sulaiman, K., “In vitro Antimicrobial activity of Salvadora persica
L. Extracts against some isolated oral pathogens in Iraq”, Turk. J. Biol., 32:5762 (2008).
183. C. a. L. S. Institute, “Reference method for broth dilution antifungal
susceptibility testing of yeast; approved standards-third edition”, Clinical and
Laboratory Standards Institute, Wayne (2008).
184. Sambrook, J., Russel, D. W., “Molecular clonining a laboratuary manual, 1”,
Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York,5.4-5.17 (2001).
185. Yang, L.-L., Lee, C.-Y., Yen, K.-Y., "Induction of apoptosis by hydrolyzable
tannins from Eugeniajambos L. on human leukemia cells", Cancer Letters,
157(1): 65-75 (2000).
186. Yi, J.-M., Kim, M.-S., Koo, H.-N., Song, B.-K., Yoo, Y.-H., Kim, H.-M.,
"Poncirus trifoliata fruit induces apoptosis in human promyelocytic leukemia
cells", Clinica Chimica Acta, 340(1-2): 179–185 (2004).
187. Knight, L., "The Cell", The Biology of Cancer, 2nd edition, Editor, Gabriel J.,
John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 39 (2007).
188. Akerman, B., Cole, K. D., “Electrophoretic capture of circular DNA in gels”,
Electrophoresis, 23:2549-2561 (2002).
189. Navarro, M., Cisneros-Fajardo, E. J., Fernandez-Mestre, M., Arrieche, D.,
Marchan, E., “S ynthesis, characterization, DNA binding study and biological
activity against Leishmania mexicana of [Cu(dppz)2]BF4”, Journal of
Inorganic Biochemistry, 97(4):364–369 (2003).
77
ÖZGEÇMİŞ
Kişisel Bilgiler
Soyadı, adı
: Orhan AVCI
Uyruğu
: T.C.
Doğum tarihi ve yeri
: 24.01.1976 Ankara
Medeni hali
: Evli
Telefon
: 0 (505) 203 26 46
Faks
: 0 (312) 218 31 36
e-mail
: orhan_avci@hotmail.com
Eğitim
Derece
Eğitim Birimi
Mezuniyet tarihi
Lisans
A.Ü. Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü
1999
Lise
Balgat E.M.L., Elektrik Bölümü
1993
Yıl
Yer
Görev
2011-……
Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu
Biyolog
2010-2011
Temple University,
School of Pharmacy
(Philadelphia, PA, USA)
Misafir Araştırmacı
2004-2010
Çankırı Devlet Hastanesi
Biyolog
2004-2004
Namazgâh İlköğretim Okulu
Öğretmen
2000-2004
Pazarlıoğlu İlköğretim Okulu
Öğretmen
1999-2000
Gökçebey İlköğretim Okulu
Öğretmen
İş Deneyimi
Yabancı Dil
İngilizce
Hobiler
Seyahat etmek, fotoğraf çekmek, müzik dinlemek, yüzmek, kitap okumak
Download